2 new changesets in galaxy-central: http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/changeset/bdcc4ca64eee/ changeset: r5080:bdcc4ca64eee user: kellyv date: 2011-02-17 19:46:40 summary: Fixed BFAST functional tests (corrected problem with chromosome names in test files) affected #: 4 files (4.4 KB) --- a/test-data/bfast_out1.sam Thu Feb 17 12:05:39 2011 -0500 +++ b/test-data/bfast_out1.sam Thu Feb 17 13:46:40 2011 -0500 @@ -1,23 +1,23 @@ @HD VN:0.1.2 SO:unsorted GO:none -@SQ SN:phiX LN:5386 +@SQ SN:phiX174 LN:5386 @PG ID:bfast VN:0.6.4d -random_phiX_region_0 0 phiX 553 255 50M * 0 0 TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_1 0 phiX 3693 255 50M * 0 0 GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_2 0 phiX 375 255 50M * 0 0 AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_3 0 phiX 3168 255 50M * 0 0 GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_4 0 phiX 5254 255 50M * 0 0 ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_5 0 phiX 5066 255 50M * 0 0 AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_6 0 phiX 1226 255 50M * 0 0 CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_7 0 phiX 1096 255 50M * 0 0 AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_8 0 phiX 535 255 50M * 0 0 CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_9 0 phiX 3669 255 50M * 0 0 CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_10 0 phiX 4887 255 50M * 0 0 TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_11 0 phiX 1849 255 50M * 0 0 TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_12 0 phiX 4145 255 50M * 0 0 AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_13 0 phiX 1853 255 50M * 0 0 TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_14 0 phiX 2800 255 50M * 0 0 CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_15 0 phiX 1910 255 50M * 0 0 AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_16 0 phiX 3366 255 50M * 0 0 GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_17 0 phiX 2165 255 50M * 0 0 CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_18 0 phiX 2051 255 50M * 0 0 TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 -random_phiX_region_19 0 phiX 5099 255 50M * 0 0 GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_0 0 phiX174 553 255 50M * 0 0 TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_1 0 phiX174 3693 255 50M * 0 0 GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_2 0 phiX174 375 255 50M * 0 0 AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_3 0 phiX174 3168 255 50M * 0 0 GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_4 0 phiX174 5254 255 50M * 0 0 ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_5 0 phiX174 5066 255 50M * 0 0 AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_6 0 phiX174 1226 255 50M * 0 0 CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_7 0 phiX174 1096 255 50M * 0 0 AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_8 0 phiX174 535 255 50M * 0 0 CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_9 0 phiX174 3669 255 50M * 0 0 CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_10 0 phiX174 4887 255 50M * 0 0 TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_11 0 phiX174 1849 255 50M * 0 0 TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_12 0 phiX174 4145 255 50M * 0 0 AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_13 0 phiX174 1853 255 50M * 0 0 TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_14 0 phiX174 2800 255 50M * 0 0 CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2300 NM:i:1 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:11T38 XA:i:0 +random_phiX_region_15 0 phiX174 1910 255 50M * 0 0 AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_16 0 phiX174 3366 255 50M * 0 0 GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_17 0 phiX174 2165 255 50M * 0 0 CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_18 0 phiX174 2051 255 50M * 0 0 TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_19 0 phiX174 5099 255 50M * 0 0 GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 --- a/test-data/bfast_out2.sam Thu Feb 17 12:05:39 2011 -0500 +++ b/test-data/bfast_out2.sam Thu Feb 17 13:46:40 2011 -0500 @@ -1,23 +1,23 @@ @HD VN:0.1.2 SO:unsorted GO:none -@SQ SN:phiX LN:5386 +@SQ SN:phiX174 LN:5386 @PG ID:bfast VN:0.6.4d -random_phiX_region_0 0 phiX 553 255 50M * 0 0 TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G10122032013310033101313321021200111002331002233200 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_1 0 phiX 3693 255 50M * 0 0 GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G01032113212201012120321021321231001331220321233013 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_2 0 phiX 375 255 50M * 0 0 AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G20332013022003213122121021031212011032031313100201 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_3 0 phiX 3168 255 50M * 0 0 GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G00130020212022012020131310131203210311202213031002 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_4 0 phiX 5254 255 50M * 0 0 ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G21331000022222231222301220321002000210312113230321 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_5 0 phiX 5066 255 50M * 0 0 AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G22323002203102011012211230000101023211233231202001 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_6 0 phiX 1226 255 50M * 0 0 CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G31131003310112011211023030210213120202310111030313 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_7 0 phiX 1096 255 50M * 0 0 AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G20123122030103323321033212202023222310213303101033 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_8 0 phiX 535 255 50M * 0 0 CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G32231132231233213310122032013310033101313321021200 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_9 0 phiX 3669 255 50M * 0 0 CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G31003210022003121223310201032113212201012120321021 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_10 0 phiX 4887 255 50M * 0 0 TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G13112133130013233121023323111331202133200002113102 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_11 0 phiX 1849 255 50M * 0 0 TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G13311003122201333201102310002033023121332123002222 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_12 0 phiX 4145 255 50M * 0 0 AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G22222302211220002313313120033101221023233031011233 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_13 0 phiX 1853 255 50M * 0 0 TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G10031222013332011023100020330231213321230022223021 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_14 0 phiX 2800 255 50M * 0 0 CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G30300310330131003311010100213101001012230120031033 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_15 0 phiX 1910 255 50M * 0 0 AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G20133230020113200121203331032333013210332100211000 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_16 0 phiX 3366 255 50M * 0 0 GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G03030230012220321000022232031230003131012102110321 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_17 0 phiX 2165 255 50M * 0 0 CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G31312303312101211100201212031021210110131211020332 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_18 0 phiX 2051 255 50M * 0 0 TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G11013323103313330202313311002220213203321102022012 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- -random_phiX_region_19 0 phiX 5099 255 50M * 0 0 GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G03211233231202001022023211021220321220312230331012 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_0 0 phiX174 553 255 50M * 0 0 TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G10122032013310033101313321021200111002331002233200 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_1 0 phiX174 3693 255 50M * 0 0 GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G01032113212201012120321021321231001331220321233013 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_2 0 phiX174 375 255 50M * 0 0 AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G20332013022003213122121021031212011032031313100201 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_3 0 phiX174 3168 255 50M * 0 0 GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G00130020212022012020131310131203210311202213031002 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_4 0 phiX174 5254 255 50M * 0 0 ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G21331000022222231222301220321002000210312113230321 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_5 0 phiX174 5066 255 50M * 0 0 AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G22323002203102011012211230000101023211233231202001 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_6 0 phiX174 1226 255 50M * 0 0 CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G31131003310112011211023030210213120202310111030313 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_7 0 phiX174 1096 255 50M * 0 0 AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G20123122030103323321033212202023222310213303101033 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_8 0 phiX174 535 255 50M * 0 0 CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G32231132231233213310122032013310033101313321021200 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_9 0 phiX174 3669 255 50M * 0 0 CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G31003210022003121223310201032113212201012120321021 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_10 0 phiX174 4887 255 50M * 0 0 TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G13112133130013233121023323111331202133200002113102 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_11 0 phiX174 1849 255 50M * 0 0 TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G13311003122201333201102310002033023121332123002222 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_12 0 phiX174 4145 255 50M * 0 0 AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G22222302211220002313313120033101221023233031011233 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_13 0 phiX174 1853 255 50M * 0 0 TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G10031222013332011023100020330231213321230022223021 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_14 0 phiX174 2800 255 50M * 0 0 CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2300 NM:i:1 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:11T38 CS:Z:G30300310330131003311010100213101001012230120031033 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_15 0 phiX174 1910 255 50M * 0 0 AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G20133230020113200121203331032333013210332100211000 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_16 0 phiX174 3366 255 50M * 0 0 GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G03030230012220321000022232031230003131012102110321 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_17 0 phiX174 2165 255 50M * 0 0 CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G31312303312101211100201212031021210110131211020332 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_18 0 phiX174 2051 255 50M * 0 0 TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G11013323103313330202313311002220213203321102022012 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- +random_phiX_region_19 0 phiX174 5099 255 50M * 0 0 GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT """""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""""` PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 CS:Z:G03211233231202001022023211021220321220312230331012 CQ:Z:~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ CM:i:0 XA:i:0 XE:Z:-------------------------------------------------- --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/bfast_out3.sam Thu Feb 17 13:46:40 2011 -0500 @@ -0,0 +1,23 @@ +@HD VN:0.1.2 SO:unsorted GO:none +@SQ SN:phiX LN:5386 +@PG ID:bfast VN:0.6.4d +random_phiX_region_0 0 phiX 553 255 50M * 0 0 TTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTTGTGGGATACCCTCGCTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_1 0 phiX 3693 255 50M * 0 0 GTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_2 0 phiX 375 255 50M * 0 0 AATAGGTAAGAAATCATGAGTCAAGTTACTGAACAATCCGTACGTTTCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_3 0 phiX 3168 255 50M * 0 0 GGTAAAGGACTTCTTGAAGGTACGTTGCAGGCTGGCACTTCTGCCGTTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_4 0 phiX 5254 255 50M * 0 0 ACGCAAAAAGAGAGATGAGATTGAGGCTGGGAAAAGTTACTGTAGCCGAC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_5 0 phiX 5066 255 50M * 0 0 AGCTAAAGAATGGAACAACTCACTAAAAACCAAGCTGTCGCTACTTCCCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_6 0 phiX 1226 255 50M * 0 0 CACGTTTATGGTGAACAGTGGATTAAGTTCATGAAGGATGGTGTTAATGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_7 0 phiX 1096 255 50M * 0 0 AACTACTCCGGTTATCGCTGGCGACTCCTTCGAGATGGACGCCGTTGGCG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_8 0 phiX 535 255 50M * 0 0 CTCGTGCTCGTCGCTGCGTTGAGGCTTGCGTTTATGGTACGCTGGACTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_9 0 phiX 3669 255 50M * 0 0 CAAATCAAAGAAATGACTCGCAAGGTTAGTGCTGAGGTTGACTTAGTTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_10 0 phiX 4887 255 50M * 0 0 TACAGTATGCCCATCGCAGTTCGCTACACGCAGGACGCTTTTTCACGTTC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_11 0 phiX 1849 255 50M * 0 0 TATGTTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_12 0 phiX 4145 255 50M * 0 0 AGAGATTCTGTCTTTTCGTATGCAGGGCGTTGAGTTCGATAATGGTGATA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_13 0 phiX 1853 255 50M * 0 0 TTTACTCTTGCGCTTGTTCGTTTTCCGCCTACTGCGACTAAAGAGATTCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_14 0 phiX 2800 255 50M * 0 0 CCGGGCAATAACGTTTATGTTGGTTTCATGGTTTGGTCTAACTTTACCGC ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2300 NM:i:1 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:11T38 XA:i:0 +random_phiX_region_15 0 phiX 1910 255 50M * 0 0 AACGCTAAAGGTGCTTTGACTTATACCGATATTGCTGGCGACCCTGTTTT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_16 0 phiX 3366 255 50M * 0 0 GCCGGATTTGAGAATCAAAAAGAGCTTACTAAAATGCAACTGGACAATCA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_17 0 phiX 2165 255 50M * 0 0 CATGATTATGACCAGTGTTTCCAGTCCGTTCAGTTGTTGCAGTGGAATAG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_18 0 phiX 2051 255 50M * 0 0 TGGTATCGTTATGCGCCTTCGTATGTTTCTCCTGCTTATCACCTTCTTGA ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 +random_phiX_region_19 0 phiX 5099 255 50M * 0 0 GCTGTCGCTACTTCCCAAGAAGCTGTTCAGAATCAGAATGAGCCGCAACT ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ PG:Z:bfast AS:i:2500 NM:i:0 NH:i:1 IH:i:1 HI:i:1 MD:Z:50 XA:i:0 --- a/tools/sr_mapping/bfast_wrapper.xml Thu Feb 17 12:05:39 2011 -0500 +++ b/tools/sr_mapping/bfast_wrapper.xml Thu Feb 17 13:46:40 2011 -0500 @@ -370,7 +370,7 @@ <param name="suppressHeader" value="False" /><param name="indexing_repeatmasker" value="" /><param name="indexing_option_selector" value="default" /> - <output name="output" ftype="sam" file="bfast_out1.sam" lines_diff="2" /><!-- MD:Z:11T38 instead of MD:Z:50 on one line--> + <output name="output" ftype="sam" file="bfast_out3.sam" lines_diff="2" /><!-- MD:Z:11T38 instead of MD:Z:50 on one line--></test></tests></tool> http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/changeset/885f04ae671e/ changeset: r5081:885f04ae671e user: kellyv date: 2011-02-17 20:48:53 summary: merge affected #: 0 files (0 bytes) --- a/templates/library/common/ldda_info.mako Thu Feb 17 13:46:40 2011 -0500 +++ b/templates/library/common/ldda_info.mako Thu Feb 17 14:48:53 2011 -0500 @@ -117,14 +117,14 @@ </div> %if ldda.creating_job_associations: <% job = ldda.creating_job_associations[0].job %> - %if job.stdout.strip() != '': + %if job.stdout and job.stdout.strip() != '': <div class="form-row"><label>Job Standard Output</label><pre>${job.stdout}</pre><div style="clear: both"></div></div> %endif - %if job.stderr.strip() != '': + %if job.stderr and job.stderr.strip() != '': <div class="form-row"><label>Job Standard Error</label><pre>${job.stderr}</pre> --- a/tools/ngs_rna/cuffdiff_wrapper.xml Thu Feb 17 13:46:40 2011 -0500 +++ b/tools/ngs_rna/cuffdiff_wrapper.xml Thu Feb 17 14:48:53 2011 -0500 @@ -90,7 +90,7 @@ <param name="fdr" type="float" value="0.05" label="False Discovery Rate" help="The allowed false discovery rate."/><param name="min_mapqual" type="integer" value="0" label="Min SAM Mapping Quality" help="Instructs Cufflinks to ignore alignments with a SAM mapping quality lower than this number."/> - <param name="min_alignment_count" type="integer" value="0" label="Min Alignment Count" help="The minimum number of alignments in a locus for needed to conduct significance testing on changes in that locus observed between samples."/> + <param name="min_alignment_count" type="integer" value="1000" label="Min Alignment Count" help="The minimum number of alignments in a locus for needed to conduct significance testing on changes in that locus observed between samples."/><param name="do_normalization" type="select" label="Perform quartile normalization" help="Removes top 25% of genes from FPKM denominator to improve accuracy of differential expression calls for low abundance transcripts."><option value="No">No</option><option value="Yes">Yes</option> Repository URL: https://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/ -- This is a commit notification from bitbucket.org. You are receiving this because you have the service enabled, addressing the recipient of this email.