[galaxy-dev] [hg] galaxy 2704: A tool for filtering SAM datasets on bitwise f...

details: http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/fc1be2626130 changeset: 2704:fc1be2626130 user: Anton Nekrutenko <anton@bx.psu.edu> date: Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 description: A tool for filtering SAM datasets on bitwise flag. 4 file(s) affected in this change: test-data/sam_bw_filter.sam test-data/sam_bw_filter_0002-yes.sam tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.py tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml diffs (1935 lines): diff -r 6555560039d6 -r fc1be2626130 test-data/sam_bw_filter.sam --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sam_bw_filter.sam Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 @@ -0,0 +1,1000 @@ +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915 99 chr9 58119878 60 36M = 58120234 392 GACCCCTACCCCACCGTGCTCTGGATCTCAGTGTTT IIIIIIIIIIIIIIIIEIIIIIII7IIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1670:915 147 chr9 58120234 60 36M = 58119878 -392 ATGAGTCGAATTCTATTTTCCAAACTGTTAACAAAA 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II8?8IFIEIIEII@=IIII4IIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:700:965 99 chr4 77364721 60 36M = 77365069 384 GTTCTTTATGCCTGGGCACTGGCAAGACAGGAGGGA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGI>IIIIDI5IB XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:700:965 147 chr4 77365069 60 36M = 77364721 -384 TTTTAAACTTGAACTGGTTTGGTAAAGCTTTACATT IF?GIIIG9IIIIGEIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:806:1149 83 chr22 45999765 60 36M = 45999385 -416 CAATAAGGGGTCGGCTATATCAAATGTGGTATGTTC +IIDIIIIIICFIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:806:1149 163 chr22 45999385 60 36M = 45999765 416 GACCAAGGAAGTAGTCATTGTGCATGATGCTCTGGG IIIIIIII?HIIIIII?IIFIAI.I<:IG9>I?,.< XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1452:1353 99 chr10 58807606 60 36M = 58807990 420 GAATTTAAAGTTCAGTATCCAGTTCATAAAAGATTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1452:1353 147 chr10 58807990 60 36M = 58807606 -420 CTCAGACCTATCTAAGCTGAAATGACAGGAAAGAAA 7?6III5E+III<IIDD7IIII3IIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:740:1110 99 chr26 28484134 60 36M = 28484454 356 GAAATGACTGTATTAAGTATTTAAGAACAACTTCGT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIFIII'I XT:A:U NM:i:1 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:8A27 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:740:1110 147 chr26 28484454 60 36M = 28484134 -356 CTGCGTTTTCCCTGAAGTGGCAGTTTGTGGAGAAAC 76I;I,I=2IHI2IIIIIIIIII=IIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1688:233 83 chr28 14171283 60 36M = 14170902 -417 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X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1461:1145 163 chrX 69768541 60 36M = 69768894 389 TAAAGGCAATTTGATTGGACAATATTGGCAATGCCT IIIIIIIIIIIIIIIII0IE?2IIHFIIII*IB@8+ XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1702:751 83 chr3 29339305 60 36M = 29338902 -439 TGCTCTTCTCCCACCCCTGGCTCCCTGGGGAGCTCC AHIEIIDIIIIIDIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1702:751 163 chr3 29338902 60 36M = 29339305 439 CAGCAGTTTGCAGCTGGCGCTGCCCGGCGCCGCCTA IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIHIIII.DI,III>D8/ XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:690:1215 99 chr4 46913196 60 36M = 46913525 365 GAAGTTTATTCACATGTGACAAATGAGATCAAAGTG IIIIIIIIIIIIIII7I3III8AII4EIIII>5&@- XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:690:1215 147 chr4 46913525 60 36M = 46913196 -365 CACAGATGAGCATATTCCTAAAAAGAAGGACAATGA *@;III+III.IIIII'E2IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1719:746 83 chr20 18695923 60 36M = 18695597 -362 CAAAACAAACATCCCAGGTATCTTAACTGACCATCC 1IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 +HWI-EAS91_1_30788AAXX:1:2:1719:746 163 chr20 18695597 60 36M = 18695923 362 TGCTTTTAAGAAGGAAAACTATGGTGCCAATAGTCT IIIIIIIIIIIIIIIII9IIIIII(I@I6-III(8I XT:A:U NM:i:0 SM:i:37 AM:i:37 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:36 diff -r 6555560039d6 -r fc1be2626130 tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.py Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 @@ -0,0 +1,177 @@ +#!/usr/bin/env python + +import sys +import optparse + +def stop_err( msg ): + sys.stderr.write( msg ) + sys.exit() + +def main(): + usage = """%prog [options] + +options (listed below) default to 'None' if omitted + """ + parser = optparse.OptionParser(usage=usage) + + parser.add_option( + '--0x0001','--is_paired', + choices = ( '0','1' ), + dest='is_paired', + metavar="<0|1>", + help='The read is paired in sequencing') + + parser.add_option( + '--0x0002','--is_proper_pair', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_proper_pair', + help='The read is mapped in a proper pair') + + parser.add_option( + '--0x0004','--is_unmapped', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_unmapped', + help='The query sequence itself is unmapped') + + parser.add_option( + '--0x0008','--mate_is_unmapped', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='mate_is_unmapped', + help='The mate is unmapped') + + parser.add_option( + '--0x0010','--query_strand', + dest='query_strand', + metavar="<0|1>", + choices = ( '0','1' ), + help='Strand of the query: 0 = forward, 1 = reverse.') + + parser.add_option( + '--0x0020','--mate_strand', + dest='mate_strand', + metavar="<0|1>", + choices = ('0','1'), + help='Strand of the mate: 0 = forward, 1 = reverse.') + + parser.add_option( + '--0x0040','--is_first', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_first', + help='The read is the first read in a pair') + + parser.add_option( + '--0x0080','--is_second', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_second', + help='The read is the second read in a pair') + + parser.add_option( + '--0x0100','--is_not_primary', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_not_primary', + help='The alignment for the given read is not primary') + + parser.add_option( + '--0x0200','--is_bad_quality', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_bad_quality', + help='The read fails platform/vendor quality checks') + + parser.add_option( + '--0x0400','--is_duplicate', + choices = ( '0','1' ), + metavar="<0|1>", + dest='is_duplicate', + help='The read is either a PCR or an optical duplicate') + + parser.add_option( + '-f','--input_sam_file', + metavar="INPUT_SAM_FILE", + dest='input_sam', + default = False, + help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default') + + parser.add_option( + '-c','--flag_column', + dest='flag_col', + default = '2', + help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based') + + parser.add_option( + '-d','--debug', + dest='debug', + action='store_true', + default = False, + help='Print debugging info') + + options, args = parser.parse_args() + + if options.input_sam: + infile = open ( options.input_sam, 'r') + else: + infile = sys.stdin + + option_values = { '0': False, '1': True, None: None } + + states = []; + states.append( option_values[ options.is_paired ] ) + states.append( option_values[ options.is_proper_pair ] ) + states.append( option_values[ options.is_unmapped ] ) + states.append( option_values[ options.mate_is_unmapped ] ) + states.append( option_values[ options.query_strand ] ) + states.append( option_values[ options.mate_strand ] ) + states.append( option_values[ options.is_first ] ) + states.append( option_values[ options.is_second ] ) + states.append( option_values[ options.is_not_primary ] ) + states.append( option_values[ options.is_bad_quality ] ) + states.append( option_values[ options.is_duplicate ] ) + + for line in infile: + line = line.rstrip( '\r\n' ) + if line and not line.startswith( '#' ): + fields = line.split( '\t' ) + sam_states = [] + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0001 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0002 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0004 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0008 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0010 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0020 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0040 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0080 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0100 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0200 ) ) + sam_states.append( bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0400 ) ) + + joined_states = zip(states,sam_states) + searchable_fields = [] + + for i in range( len( joined_states ) ): + if joined_states[i][0] != None: + searchable_fields.append( joined_states[ i ] ) + + valid_line = True + + for i in range( len( searchable_fields ) ): + if searchable_fields[i][0] != searchable_fields[i][1]: + valid_line = False + + if valid_line: + print line + if options.debug: + for i in range( len( joined_states ) ): + print i, joined_states[i][0], joined_states[i][1] + +# if skipped_lines > 0: +# print 'Skipped %d invalid lines' % skipped_lines + + +if __name__ == "__main__": main() + diff -r 6555560039d6 -r fc1be2626130 tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/tools/samtools/sam_bitwise_flag_filter.xml Wed Sep 16 15:19:35 2009 -0400 @@ -0,0 +1,96 @@ +<tool id="sam_bw_filter" name="Filter SAM" version="1.0.0"> + <description>on bitwise flag values</description> + <command interpreter="python"> + sam_bitwise_flag_filter.py + --input_sam_file=$input1 + --flag_column=2 + #for $bit in $bits + '${bit.flags}=${bit.states}' + #end for + > $out_file1 + </command> + <inputs> + <param format="sam" name="input1" type="data" label="Select dataset to filter"/> + <repeat name="bits" title="Flag"> + <param name="flags" type="select" label="Type"> + <option value="--0x0001">Read is paired</option> + <option value="--0x0002">Read is mapped in a proper pair</option> + <option value="--0x0004">The read is unmapped</option> + <option value="--0x0008">The mate is unmapped</option> + <option value="--0x0010">Read strand</option> + <option value="--0x0020">Mate strand</option> + <option value="--0x0040">Read is the first in a pair</option> + <option value="--0x0080">Read is the second in a pair</option> + <option value="--0x0100">The alignment or this read is not primary</option> + <option value="--0x0200">The read fails platform/vendor quality checks</option> + <option value="--0x0400">The read is a PCR or optical duplicate</option> + </param> + <param name="states" type="select" display="radio" label="Set the states for this flag"> + <option value="0">No</option> + <option value="1">Yes</option> + </param> + </repeat> + </inputs> + <outputs> + <data format="sam" name="out_file1" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="input1" value="sam_bw_filter.sam" ftype="sam"/> + <param name="flags" value="Read is mapped in a proper pair"/> + <param name="states" value="1"/> + <output name="out_file1" file="sam_bw_filter_0002-yes.sam" ftype="sam"/> + </test> + </tests> + <help> + +**What it does** + +Allows parsing SAM datasets using bitwise flag (the second column). The bits in the flag are defined as follows:: + + Bit Info + ------ -------------------------------------------------------------------------- + 0x0001 the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair + 0x0002 the read is mapped in a proper pair (depends on the protocol, normally + inferred during alignment) 1 + 0x0004 the query sequence itself is unmapped + 0x0008 the mate is unmapped 1 + 0x0010 strand of the query (0 for forward; 1 for reverse strand) + 0x0020 strand of the mate 1 + 0x0040 the read is the first read in a pair (see below) + 0x0080 the read is the second read in a pair (see below) + 0x0100 the alignment is not primary (a read having split hits may + have multiple primary alignment records) + 0x0200 the read fails platform/vendor quality checks + 0x0400 the read is either a PCR duplicate or an optical duplicate + +Note the following: + +- Flag 0x02, 0x08, 0x20, 0x40 and 0x80 are only meaningful when flag 0x01 is present. +- If in a read pair the information on which read is the first in the pair is lost in the upstream analysis, flag 0x01 should be present and 0x40 and 0x80 are both zero. + +----- + +**Example** + +Suppose the following dataset was generated with BWA mapper:: + + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * + r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 + r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +To select properly mapped pairs click the **Add new Flag** button and set *Read mapped in a proper pair* to **Yes**. The following two reads will be returned:: + + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +For more information please consult the `SAM format description`__. + +.. __: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19505943 + + + </help> +</tool>