Hi,

the best way is to fix the upstream tool definition.

https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/blob/master/tools/picard/picard_CollectRnaSeqMetrics.xml

A pull request would be great!
Thanks,
Bjoern

Am 29.01.19 um 11:21 schrieb Previti:

Dear all,

I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:

The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format needs two extra parameters (marked red):

gtfToGenePred-genePredExt -geneNameAsName2  'test.gtf' refFlat.tab.raw


The format of my GTF is:


Seqname     Source     Feature     Start     End     Score     Strand     Frame     Attributes
3R     FlyBase     gene     722370     722621     .     -     .     gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";



I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)

How's the best way to make this type of thing known...?

Cheers,
Christopher

-- 
*Dr. Christopher Previti*
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician

German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
Germany
Room: B2.102 (INF580/TP3)
Phone: +49 6221 42-4661

christopher.previti@dkfz.de <http://www.dkfz.de/>
www.dkfz.de <http://www.dkfz.de/>

Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta
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