Hello,

I am having some trouble compiling  SAMtools on a Solaris10 X86 platform using gcc compiler version 3.4.6. Using the Makefile I get some link errors and have not been successful in creating the binary or the associated libraries. It seemed to me that it was missing the socket library. I tried adding -lsocket to the compile directive but landed up with no resolution. Here is a transcript of the make command used to build the binary file. I'd sure appreciate some help/pointers from experienced people of this list. Thanks in advance.

root >> make
make[1]: Entering directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a'
make[2]: Entering directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a'
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bgzf.c -o bgzf.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. kstring.c -o kstring.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_aux.c -o bam_aux.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam.c -o bam.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_import.c -o bam_import.o
bam_import.c: In function `append_text':
bam_import.c:179: warning: long int format, size_t arg (arg 3)
bam_import.c:186: warning: long int format, size_t arg (arg 3)
bam_import.c:186: warning: long int format, size_t arg (arg 4)
bam_import.c:186: warning: long int format, size_t arg (arg 5)
bam_import.c:186: warning: long int format, size_t arg (arg 6)
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. sam.c -o sam.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_index.c -o bam_index.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_pileup.c -o bam_pileup.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_lpileup.c -o bam_lpileup.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_md.c -o bam_md.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. glf.c -o glf.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. razf.c -o razf.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. faidx.c -o faidx.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. knetfile.c -o knetfile.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_sort.c -o bam_sort.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. sam_header.c -o sam_header.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_reheader.c -o bam_reheader.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. kprobaln.c -o kprobaln.o
ar -cru libbam.a bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
make[2]: Leaving directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a'
make[2]: Entering directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a/bcftools'
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. bcf.c -o bcf.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. vcf.c -o vcf.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. bcfutils.c -o bcfutils.o
bcfutils.c: In function `bcf_shrink_alt':
bcfutils.c:64: warning: implicit declaration of function `alloca'
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. prob1.c -o prob1.o
prob1.c: In function `cal_pdg':
prob1.c:189: warning: implicit declaration of function `alloca'
prob1.c: In function `mc_cal_afs':
prob1.c:340: warning: implicit declaration of function `isinf'
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. ld.c -o ld.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. kfunc.c -o kfunc.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. index.c -o index.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. fet.c -o fet.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I.. -I. bcf2qcall.c -o bcf2qcall.o
ar -cru libbcf.a bcf.o vcf.o bcfutils.o prob1.o ld.o kfunc.o index.o fet.o bcf2qcall.o
make[2]: Leaving directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a/bcftools'
make[2]: Entering directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a/misc'
make[2]: Nothing to be done for `lib'.
make[2]: Leaving directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a/misc'
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_tview.c -o bam_tview.o
bam_tview.c:7:2: warning: #warning "_CURSES_LIB=1 but NCURSES_VERSION not defined; tview is NOT compiled"
bam_tview.c:418:2: warning: #warning "No curses library is available; tview is disabled."
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_maqcns.c -o bam_maqcns.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_plcmd.c -o bam_plcmd.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. sam_view.c -o sam_view.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_rmdup.c -o bam_rmdup.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_rmdupse.c -o bam_rmdupse.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_mate.c -o bam_mate.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_stat.c -o bam_stat.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam_color.c -o bam_color.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bamtk.c -o bamtk.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. kaln.c -o kaln.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam2bcf.c -o bam2bcf.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. bam2bcf_indel.c -o bam2bcf_indel.o
bam2bcf_indel.c: In function `bcf_call_gap_prep':
bam2bcf_indel.c:326: warning: implicit declaration of function `alloca'
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. errmod.c -o errmod.o
gcc -c -g -Wall -O2  -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 -I. sample.c -o sample.o
gcc -g -Wall -O2  -o samtools bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o libbam.a -lm  -lcurses  -lz -Lbcftools -lbcf
Undefined                       first referenced
 symbol                             in file
socket                              libbam.a(knetfile.o)
setsockopt                          libbam.a(knetfile.o)
connect                             libbam.a(knetfile.o)
getaddrinfo                         libbam.a(knetfile.o)
freeaddrinfo                        libbam.a(knetfile.o)
ld: fatal: Symbol referencing errors. No output written to samtools
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [samtools] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/zkzac/samtools-0.1.12a'
make: *** [all-recur] Error 1