Dear all,

I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, galaxy version 2.7.1) from working with  GTF annotation files:

The pre-processing step that converts gtf  to the genepred format needs two extra parameters (marked red):

gtfToGenePred -genePredExt -geneNameAsName2 'test.gtf' refFlat.tab.raw

The format of my GTF is:


Seqname Source Feature Start End Score Strand Frame Attributes
3R FlyBase gene 722370 722621 . - . gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";


I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)

How's the best way to make this type of thing known...?

Cheers,
Christopher

--
Dr. Christopher Previti
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician

German Cancer Research Center (DKFZ)
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Im Neuenheimer Feld 580
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