Update:
The bam file is usable as long as the correct sorting order is
specified. The new datatype "qname_sorted.bam" is not automatically set
if the sorting order is
by "queryname" (Read identifier).
As long as the bam is not mapped I get:
/Could not display BAM file, error was:file has no sequences defined
(mode='rb') - is it SAM/BAM format? Consider opening with check_sq=False//
/
When I try to visualize it.
I hope I helped somebody with these infos.
Christopher
On 3/15/19 4:43 PM, Previti wrote:
Dear all,
I'm having serious issues with picard tools (latest Galaxy version
2.18.2.1 by devteam) after upgrading our galaxy to version 19.01
I've been running fastqtoSam on paired-end data:
_JAVA_OPTIONS=${_JAVA_OPTIONS:-'-Xmx200g -Xms256m'} && export
_JAVA_OPTIONS &&
picard FastqToSam
FASTQ="/opt/galaxy/galaxy/database/files/039/dataset_39081.dat"
FASTQ2="/opt/galaxy/galaxy/database/files/039/dataset_39082.dat"
QUALITY_FORMAT="Standard"
OUTPUT="/opt/galaxy/galaxy/database/files/039/dataset_39441.dat"
READ_GROUP_NAME="A" SAMPLE_NAME="sample-a"
MIN_Q="0" MAX_Q="93"
STRIP_UNPAIRED_MATE_NUMBER="false"
ALLOW_AND_IGNORE_EMPTY_LINES="false"
SORT_ORDER=coordinate
VALIDATION_STRINGENCY="LENIENT"
QUIET=true VERBOSITY=ERROR `if [ -n "$TMPDIR" ] ; then echo
'TMP_DIR=$TMPDIR' ; else if [ -n "$TEMP" ] ; then echo
'TMP_DIR=$TEMP' ; fi ; fi`
But the bam file I get is not readable and I also get following message:
Picked up _JAVA_OPTIONS: -Xmx200g -Xms256m
14:16:29.629 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so
from
jar:file:/opt/galaxy/galaxy/database/dependencies/_conda/envs/__picard@2.18.2/share/picard-2.18.2-0/picard.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so
does anybody know what's going on?
The output "bam" file is the correct size (>20GB) but not readable...
Thanks and best regards,
Christopher Previti
*Dr. Christopher Previti*
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician
German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
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Phone: +49 6221 42-4661
christopher.previti(a)dkfz.de <
http://www.dkfz.de/>
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