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From: Emmanuelle Beyne <emmanuelle.beyne@inserm.fr>
Date: 2013/10/8
Subject: [bioinfo] Stage Master 2 : Développement et intégrationd’outils pour la bioanalyse dans l’environnement Galaxy
To: bioinfo@sfbi.fr


Sujet : Développement et intégration d’outils pour la bioanalyse dans l’environnement Galaxy

Lieu : Laboratoire de Génétique des Maladies Rares, IURC UMR_S 827 /CHU Montpellier
Date : printemps – été 2014          Durée : 4-6 mois

Contexte :
Notre équipe a pour objectif la caractérisation moléculaire de maladies héréditaires (myopathie, mucoviscidose, dystrophinopathie, etc), au travers d'une approche intégrative incluant l'étude des causes et conséquences des mutations en relation avec les corrélations entre le génotype et le phénotype. Notre intérêt scientifique couvre les divers champs de la génétique des maladies mendéliennes : altérations de l'ADN en cause dans le phénotype ou dans la modulation de son expression, impact sur la régulation de l'ARN (notamment transcription et épissage), impact sur la fonction protéique, aspects épigénétiques et épidémiologiques (banques de données génétiques et phénotypiques). Notre matériel d'étude biologique est issu essentiellement des sujets malades et de leurs apparentés. Nous veillons à définir nos orientations de recherche en dialogue avec les équipes de diagnostic, afin de conserver un lien permanent avec la pathologie et les applications médicales potentielles.

L’objectif du stage est de faciliter les analyses bio-informatiques nécessaires aux différents projets du laboratoire via l’intégration d’outils dans la plate-forme Galaxy, installée en local.

Description du stage :
- Développer et implémenter des outils (scripts et pipeline) pour la bioanalyse
- Intégrer les outils (créés et existants) dans l’environnement Galaxy
- Documenter les outils et communiquer avec les équipes de recherche

Profil recherché :
- Familiarité du système d’exploitation Unix/Mac OS, ligne de commande, script shell, administration système
- Solides connaissances en langages de programmation Perl et/ou Python
- Bon relationnel
- Autonomie
- Aisance en anglais écrit et oral recommandée

Environnement de travail :
Le/la stagiaire travaillera sur un système d'exploitation de type Mac OS. Il/elle sera encadré(e) par une ingénieure en bio-informatique du laboratoire et sera en interaction avec les différentes équipes du laboratoire.

Rémunération : 436 euros.

Envoi des CV et lettre de motivation, contact :
Emmanuelle Beyne : emmanuelle.beyne@inserm.fr


Emmanuelle Beyne
CHRU Montpellier - INSERM
IURC UMR_S 827
Laboratoire de Génétique Moléculaire
641 avenue du Doyen Gaston Giraud
34093 Montpellier



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