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From: Claudine Medigue <cmedigue@genoscope.cns.fr>
Date: 2013/1/7
Subject: [bioinfo] CDD bio-informaticien en métagénomique au CEA/IG/Genoscope
To: bioinfo@sfbi.fr

Poste d’ingénieur bio-informaticien en métagénomique au Laboratoire d’Analyses
Bioinformatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM)

Contexte :

Le Genoscope (http://www.genoscope.cns.fr - Institut de Génomique du Commissariat
à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives) est une grande plateforme de réputation
internationale dans le domaine de la génomique. A l'issue des étapes de séquençage et
d'analyse primaire de l'ADN, l'exploitation biologique des données originales et massives
nécessite des techniques informatiques de calcul intensif et des méthodes bioinformatiques
en constante évolution. Dans le cadre de l'Infrastructure France Génomique (Investissements
d'Avenir, https://www.france-genomique.org/), qui vise à intégrer à l'échelon national les capacités
d'analyse du génome et de traitement bio-informatique des données à haut débit ainsi générées,
un poste d'Ingénieur Bio-informaticien (CDD de 18 mois à 36 mois), spécialisation métagénomique,
est à pourvoir au sein du LABGeM (CEA/IG & CNRS UMR8030).

Missions :

- Veille technologique et mise en œuvre de programmes d’assemblage de métagénomes et
de métatranscriptomes
- Développement de workflows dédiés à l'analyse qualitative et quantitative de metagénomes
(prédiction de gènes, comparaison de métagénomes, taxonomie) dans le cadre de la PF
MicroScope (http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope) et des développements réalisés au
CCRT (Centre de calcul du CEA)
- Participation au développement d'une extension de la PF MicroScope dédiée à l'analyse de
métagénomes/métatranscriptomes s'appuyant sur une expertise interne issue du projet SynBioWatch
(http://www.genoscope.cns.fr/synbiowatch/).

Compétences/connaissances :

- Langages : Java, R, PHP
- Connaissance des SGBD (Mysql, PostgreSQL) ainsi que du langage SQL et des systèmes NoSQL (MongoDB)
- Maîtrise des systèmes Unix/Linux et des langages de scripts
- Connaissance des outils bioinformatiques utilisés pour l'analyse des données métagénomiques
- Expérience dans le domaine de l'analyse des données en métagénomique et métatranscriptomique.
- Connaissance des gestionnaires de workflow bioinformatiques (e.g., Galaxy, JBPM/Drools)

Durée du contrat : 18 à 36 mois

Candidature :

Pour postuler merci de nous faire parvenir une lettre de motivation, un CV, des copies de vos
principales productions scientifiques ainsi que trois référents
à scruveil@genoscope.cns.fr, flefevre@genoscope.cns.fr, et cmedigue@genoscope.cns.fr.

Date limite de dépôt des candidatures : 31/01/2013

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http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo