Bonsoir,

De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA.
Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy.
J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à la base par le framework...
Peut-être avez vous une solution  à ce petit soucis ?

Christophe

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Christophe Antoniewski

Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement

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