Bonjour à toutes et à tous.

Je m'appelle Christophe Antoniewski.

Je suis Directeur de Recherche au CNRS et je suis responsable du groupe "Génétique et Epigénétique de la Drosophile" dans l'UMR7622 (Laboratoire de Biologie du Développement) situé sur le quai Saint-Bernard, Université Paris 6 Pierre & Marie Curie. Nous étudions la biogenèse et les fonctions des petits ARN: siRNA, miRNA et piRNA. Dans ce contexte, nous avons participé au développement des premiers séquenceurs Illumina à l'Institut Pasteur (2008), et nous avons été tôt confrontés à la difficulté d'intégrer les compétences des biologistes et des informaticiens pour parvenir à des analyses pertinentes.

Nous avons commencé à évaluer Galaxy pendant l'été 2010, en local, puis sur le cloud Amazon après la parution de l'article décrivant le système Cloudman. Nous utilisons Galaxy en configuration de production depuis notre arrivée à l'Université Pierre et Marie Curie, en janvier 2012.

A l'heure actuelle, nous travaillons également avec trois instances.

- Un serveur local de développement installé sous MacOS

- Un serveur distant installé sur le Cloud Amazon, également destiné à tester l'analyse en environnement déporté

- Un serveur de production sous Ubuntu, accessible depuis http://drosophile.org (onglet Galaxy). Cet accès est soumis à une demande de credentials, pour gérer la charge de la machine. Mais je souhaite vivement améliorer notre infrastructure (en local ou en cloud) pour que l'instance soit ouverte sans aucune restriction.

Nous utilisons Galaxy pour analyser les données de small RNAseq. A cet effet, nous avons développé un portefeuille d'outils et de workflows (Mississipi tools) disponibles pour tous les utilisateurs de l'instance. Ce portefeuille inclus des procédures d'établissement de cartes, d'annotation génomique des petits ARNs, d'analyse statistique de "signatures" (par exemple la signature ping-pong des piRNA) et enfin d'analyse statistique pour profiling (encapsulation de packages R pour unrooted clustering, DESeq, tests de fisher, etc...)

Nous n'utilisons pas encore ToolShed pour partager les outils, par manque de temps pour implémenter le "feature", mais nous souhaitons trouver du temps pour le faire !

Nos moyens en temps et personnels étant limités, notre priorité est d'améliorer nos outils d'analyses des petits ARN et de travailler à l'implementation de Trackster car nous pensons que ce génome browser intégré à Galaxy est une excellente opportunité pour améliorer le travail de recherche en collaboration.

Je suis partisan de l'open source - open science, et je pense que ce modèle, pas toujours partagé, peux faire avancer la recherche plus rapidement.

Il me semble que la recherche en biologie et en médecine est aujourd'hui sérieusement freinée à cause de la difficulté de communication entre les biologistes et les informaticiens. Comme Alban, je crois que Galaxy représente une belle opportunité (parmi d'autres) pour partager savoir-faire et connaissances, pour le bénéfice de tous.

Il m'arrive d'intervenir sur la liste galaxy-dev (christophe - drosofff@gmail.com), et je me demande déjà si discuter de Galaxy en français ce n'est pas se couper un peu d'une source majeure de solutions.

Mais, je suis un bavard invétéré et tous les moyens pour chatter à propos de bio, de médecine, de codes, de projets collaboratifs, sont bons...

Christophe