Bonjour à tous,

Je m'appelle Olivier Inizan et je travaille à l'Unité de Recherche en génomique info de l'INRA de Versailles (http://urgi.versailles.inra.fr/) où je m'occupe des aspects développement logiciel liés aux chaînes de bioanalyse (pipelines & workflows).

Nous disposons actuellement de deux type d'instances Galaxy:

-Un serveur de production avec des accès publics et des accès privés (http://urgi.versailles.inra.fr/galaxy)
-Des instances locales de développement

Nous avons débuté le développement en 2010 avec l'intégration d'un pipeline de détection de SNP et d'indels (MAPHITS: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/MAPHiTS).

Une boîte à outils dédiée à l'analyse de données RNA-Seq à également été intégrée (S-MART: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart).

Nous travaillons actuellement, dans le cadre du projet AppliBio, et en collaboration avec d'autre plateforme d'Ile de france, à la mise au point de divers pipelines (analyse d'expression différentielle, détection de petits ARN).

Nous envisageons également la mise à disposition dans le ToolShed de ces outils, mais actuellement le temps nous manque ...

Galaxy me parait être un outil puissant pour la mise à disposition et le partage des outils et des données.
L'ambition accessibilité/reproductibilité/transparence affichée par l'équipe Galaxy, la constitution d'un environnement d'analyse intégré, le rapprochement des différents acteurs des disciplines (informatique, bioinformatique et biologie), tous ces aspects me paraissent cruciaux et à expérimenter.

Et la communauté française Galaxy est un lieu possible pour justement, expérimenter :)



A très bientôt,



Olivier
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Olivier Inizan
Unité de Recherche en Génomique Info
INRA URGI - Bat 18
Route de Saint Cyr,
78026 Versailles
oinizan@versailles.inra.fr
01 30 83 38 25

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Galaxy-France mailing list
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http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france

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Alban Lermine 
Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
« Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84