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From: <celine.brulard@gmail.com>
Date: 2013/4/4
Subject: [bioinfo] Ingénieur Maturation Bioinformaticien H/F - Institut Bergonié - Bordeaux
To: bioinfo@sfbi.fr


Intitulé de poste : Ingénieur Maturation Bioinformaticien H/F

Nature de l'emploi : CDD de 6 mois éventuellement renouvelable.
Date de début du contrat : à partir de mai 2013

Localisation : Laboratoire VINCO « Validation et Identification de Nouvelles Cibles en Oncologie » à l’Institut Bergonié (Centre régional de Lutte Contre le Cancer de Bordeaux et du Sud-Ouest).

Contexte : S.A.S au capital de 1M€, constituée par des actionnaires publics, le PRES Université de Bordeaux, l’Université de Pau et des Pays de l’Adour, le CNRS, l’INSERM et la Caisse des Dépôts et Consignations, Aquitaine Science Transfert a vocation à mettre en lumière, à l’échelle nationale et internationale, le potentiel et l’expertise universitaire de ses associés (7.000 chercheurs, 400 M€ de budget recherche cumulé) vers les PME/PMI et les grands groupes par le développement et la commercialisation des compétences et du portefeuille de titres.
Grâce à une équipe pluridisciplinaire, son intervention prend la forme, pour les chercheurs et les entreprises clientes, de prestations de services (gestion de portefeuilles de PI, négociation de contrats de recherche, stimulation au transfert de technologie, incubation....) et d’investissements (détection d’inventions et de besoins du marché, maturation technique, PI et économique, licencing/cession de droits de PI, gestion de portefeuilles de licences…). La structure s’attache en Aquitaine à conforter les filières régionales (aéronautique, spatial, défense, santé, instrumentation…) et l’émergence de nouvelles, (énergie, filières vertes, économie créative…). Dans cette perspective, elle recherche un(e) ingénieur(e) en bioinformatique dédié(e) à l’analyse bioinformatique de résultats de séquençage d’ARN au sein de l’équipe « Génétique et Biologie des Sarcomes », Inserm U916, Institut Bergonié, Bordeaux

Situation du poste : En tant qu’Ingénieur Maturation, vous contribuerez à l’analyse bioinformatique de séquences d’ARN issues de séquençage NGS dans le cadre du développement d’une signature moléculaire pronostique de la survenue de métastases dans des cancers de type sarcome.
Ce type de projets fournit une passerelle de qualité pour un jeune ingénieur soucieux de valoriser ses compétences et d’évoluer vers le milieu industriel.

Mission principale : Sous la responsabilité du chef de projet d’Aquitaine Sciences Transfert et du responsable scientifique du projet vous participez au transfert technologique d’une signature moléculaire pronostique de la survenue de métastases dans des cancers de type sarcome.
Vous travaillerez dans l’environnement d’une équipe projet qui vous fournira l’accompagnement et les moyens nécessaires à la réalisation de votre mission.

Activité principales : 1) Développement d’outils permettant l’analyse et la gestion de données issues du séquençage haut débit,
2) Application de méthodes statistiques et bioinformatique pour l’analyse de données génomiques et transcriptomiques (RNASeq),
3) Proposer des solutions adaptées à la problématique de l’analyse des ARN extraits de blocks de tumeurs FFPE,
4) Rendu du résultat des projets analysés,
5) Veille scientifique et technique pour l’analyse du séquençage haut débit
6) Assurer le lien entre l’analyse bioinformatique et les biologistes

Champ relationnel du poste en interne :
Chef de projet AST
Responsable scientifique
Equipe de recherche impliquée (biologistes et bioinformaticien)


Champ relationnel du poste en externe :
Collaborateur scientifiques et médicaux
Fournisseurs

Niveau de qualification : Master 2 en bioinformatique/diplôme d’ingénieur ou équivalent en bioinformatique avec une première expérience en Next Generation Sequencing.

Compétences :
Savoirs :
Solide expérience en analyse bioinformatique de données NGS,
Maîtrise écrite et orale de l’anglais,
Des connaissances biologiques en séquençage NGS seront un plus.

Savoir-faire :
Maitriser les outils d’analyse de données NGS (BWA, BOWTY2, Samtools, FASTQC, etc...),
Maitriser l’environnement informatique Linux,
Maitriser un ou plusieurs langages communément utilisés en bioinformatique (perl, python, shell, etc....),
Maitriser les analyses statistique et bioinformatique avec R et bioconductor,
Connaissance de l’environnement Galaxy,
Connaissance des langages de programmation objet (java, C++).

Savoir-être :
Autonomie, disponibilité et apprécier le travail en équipe,
Réactivité, rigueur, discrétion,
Grand sens de l’organisation,
Bon relationnel, être à l’écoute,
Capacité d’adaptation.

Rémunération : Fonction de l’expérience du candidat

Candidature : Merci d’adresser votre candidature (CV + lettre de motivation), soit par mail : recrutement@ast-innovations.com ou par courrier :
Aquitaine Science Transfert
Centre Condorcet
162 avenue Albert Schweitzer
33600 Pessac






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