OK merci, en effet cela m'aide beaucoup !
Bonsoir,
Il est possible de télécharger les données directement fastq dans Galaxy à partir Get data puis directement sur le site de l'EBI.
J'espère que ça vous aidera
Zohra
Le 29/11/2012 23:17, Christophe Antoniewski a écrit :
Bonsoir,
De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA.Il semble que Galaxy n'accepte pas l'upload de fichiers dans ce format (ça me donne une erreur de format binaire non reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire dans le framework Galaxy.J'ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier n'est pas accepté à la base par le framework...Peut-être avez vous une solution à ce petit soucis ?
Christophe
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Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24
75252 Paris Cedex 05
Tel +33 1 44 27 34 39
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