OK merci, en effet cela m&#39;aide beaucoup !<div>Il ne reste plus qu&#39;à espérer que l&#39;EBI fasse toujours la conversion fastq, et que tous les fichiers sra soit dans EBI (je n&#39;ai pas de contre exemple pour le moment, c&#39;est vrai).</div>
<div>Cela dit, entre temps j&#39;ai regardé les échanges sur ce problème et je ne comprends pas trop pourquoi le format sra n&#39;est pas implémenté puisque il existe un wrapper de fastq-dump sur le toolshed principal.... Un truc a du m&#39;échapper.</div>
<div><br></div><div>En attendant, vive l&#39;EBI !</div><div><br></div><div>Chris</div><div><br><br><div class="gmail_quote">Le 29 novembre 2012 23:29, saci zohra <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zsaci@curie.fr" target="_blank">zsaci@curie.fr</a>&gt;</span> a écrit :<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div>Bonsoir,<br>
      Il est possible de télécharger les données directement fastq dans
      Galaxy à partir Get data puis directement sur le site de l&#39;EBI.<br>
      J&#39;espère que ça vous aidera<br>
      Zohra<br>
      <br>
      Le 29/11/2012 23:17, Christophe Antoniewski a écrit :<br>
    </div>
    <blockquote type="cite"><div><div class="h5">
      
      Bonsoir,
      <div><br>
      </div>
      <div>De plus en plus de datasets sont disponibles en format SRA.</div>
      <div>Il semble que Galaxy n&#39;accepte pas l&#39;upload de fichiers dans
        ce format (ça me donne une erreur de format binaire non
        reconnu), ce qui oblige à downloader le fichier, et le convertir
        en fastq en utilisant les sratools, puis enfin à le réintroduire
        dans le framework Galaxy.</div>
      <div>J&#39;ai noté que dans le toolshed principal il y a un outils de
        conversion SRA to fastq, ce qui est un peu étrange si le fichier
        n&#39;est pas accepté à la base par le framework...</div>
      <div>Peut-être avez vous une solution  à ce petit soucis ?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Christophe<br clear="all">
        <div><br>
        </div>
        -- <br>
        <p>Christophe Antoniewski</p>
        <p>Drosophila Genetics and Epigenetics<br>
          Laboratoire de Biolologie du Développement</p>
        <p>9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24<br>
          75252 Paris Cedex 05<br>
          <br>
          Tel<span> </span><span> </span><a href="tel:%2B33%201%2044%2027%2034%2039" value="+33144273439" target="_blank">+33 1 44 27 34 39</a><br>
          Fax<span> </span><span> </span><a href="tel:%2B33%201%2044%2027%2034%2045" value="+33144273445" target="_blank">+33 1 44 27 34 45</a><br>
          Mobile<span> </span><a href="tel:%2B33%206%2068%2060%2051%2050" value="+33668605150" target="_blank">+33 6 68 60 51 50</a></p>
        <p><a href="http://drosophile.org" target="_blank">http://drosophile.org</a></p>
        <br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
Galaxy-France mailing list
<a href="mailto:Galaxy-France@lists.bx.psu.edu" target="_blank">Galaxy-France@lists.bx.psu.edu</a>
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    <br>
  </div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>







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<p>Christophe Antoniewski<br>Drosophila Genetics and Epigenetics<br>Laboratoire de Biolologie du Développement</p>
<p>9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24<br>75252 Paris Cedex 05<br><br>Tel<span>	</span><span>	</span>+33 1 44 27 34 39<br>Fax<span>	</span><span>	</span>+33 1 44 27 34 45<br>Mobile<span>	</span>+33 6 68 60 51 50</p>
<p><a href="http://drosophile.org" target="_blank">http://drosophile.org</a></p><br>
</div>