---------- Forwarded message ----------
From:
<olivier.inizan@inra.fr>Date: 2017-03-20 12:13 GMT-07:00
Subject: [bioinfo] Formation détection et annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryote
To:
bioinfo@sfbi.frBonjour à tous,
L’URGI (Unité de Recherche en Génomique-Info) organise une formation sur la "détection et l'annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryotes", du 6 au 9 juin 2017, sur le site de l'INRA de Versailles.
Objectifs :
1. Acquérir des connaissances sur les éléments transposables.
2. Réaliser l’annotation des éléments transposables dans un génome en utilisant les pipelines REPET.
3. Pouvoir être autonome sur ces propres données.
Programme :
Partie 1 : REPET-Lite
- Introduction générale sur les éléments transposables
- Présentation des pipelines REPET et des différentes stratégies d’annotation
- Présentation et utilisation de l’environnement Galaxy
- TP : lancement de REPET-Lite sous Galaxy : paramètrage, analyse des résultats, masquage des répétitions dans un génome, ...
Partie 2 : Curation manuelle des éléments transposables
- Présentation des différentes démarches possibles pour la curation
- TP "curation manuelle" : lancement des outils sous Galaxy, analyse des résultats, visualisation des données sous IGV, ...
La journée du 9 juin est optionnelle : nous proposons aux participants qui le souhaitent d’analyser leurs propres données. Nous les accueillerons à l'URGI où ils pourront travailler de façon autonome sur leur machine, avec un support en cas de problème.
Public​ :
Cette formation ne nécessite pas de pré-requis. Elle est ouverte à la fois aux biologistes et aux bioinformaticiens.
La formation est gratuite; le nombre de place est limité (10 max).
Les inscriptions se font directement par mail auprès de :
nathalie.choisne@inra.fr "ET"
olivier.inizan@inra.fr
Lors de votre inscription, veuillez préciser si vous êtes intéressés par la journée du 9 juin. Dans ce cas, vous recevrez un questionnaire qui nous permettra d’évaluer la faisabilité de vos analyses.
​Bien cordialement,
Nathalie et Olivier
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Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster en priorité
sur le site de la SFBI. Elles seront ainsi présentes sur le site et la liste
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