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From: <abarre@u-bordeaux2.fr>
Date: 2013/11/7
Subject: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de l’esturgeon"
To: bioinfo@sfbi.fr


Sujet : Première annotation du transcriptome de l’esturgeon européen (Acipenser sturio)

L’esturgeon européen est une espèce en danger critique d’extinction. La dernière population sauvage vit actuellement dans le bassin versant de la Gironde. La surpêche, la destruction des zones de frayères, la construction de barrages … ont sans doute historiquement contribué au déclin de cette espèce. L’impact de la pollution des eaux et du réchauffement climatique sur la dynamique de la population n’a jamais été étudié. Ces facteurs pourraient compromettre la reconstitution des effectifs de cette espèce en Gironde et dans d’autres estuaires européens.

Un ambitieux projet de recherche financé par L’Agence National de la Recherche (ANR CESA) et la région Aquitaine a été récemment lancé  pour étudier la vulnérabilité et l’adaptabilité de l’esturgeon européen à la pollution, à l’hypoxie et à la l’hyperthermie (projet SturTOP). Il est prévu notamment d’étudier les réponses biologiques de larves d’esturgeon soumises à des stress multiples d’ordre chimique, thermique ou hypoxique afin de déterminer précisément leur gamme de tolérance à ces facteurs. Le séquençage et l’analyse du transcriptome des larves d’esturgeon européen doit permettre d’identifier les gènes exprimés à ce stade de développement et de caractériser les séquences traduites.

Quatre échantillons de larves provenant de deux couples de géniteurs ont été soumis à un séquençage haut débit (RNA-Seq) de type Illumina GAIIx. Les séquences obtenues feront l'objet d'un assemblage ab initio car il n'existe pas de génome de référence. A la suite de cet assemblage le principal défi est d'annoter les séquences obtenues.

Le stage proposé se situe dans cette dernière étape et vise à définir et mettre en place des méthodes bioinformatiques permettant de réaliser l'annotation fonctionnelle des séquences. En liaison avec les biologistes, le candidat devra analyser précisément les besoins, réaliser un cahier des charges, proposer et mettre en œuvre une solution logicielle intégrée répondant à la demande.
La solution mise en œuvre pourra être intégrée sur la plateforme web GALAXY (http://galaxyproject.org/) du CBiB afin de permettre aux biologistes de visualiser et de valider les résultats obtenus.

Ce stage est susceptible de faire appel aux concepts et langage de programmation suivants : base de données, python, interface web, shell script, perl.

Le stage sera réalisé au sein du Centre de de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB – http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/). Cette plate-forme scientifique et technologique située sur le campus de l'Université Bordeaux Segalen (campus Carreire) est adossée à l'équipe MaBioVis du LaBRI (UMR 5800). Elle regroupe des compétences d'ingénieurs et de chercheurs entre autre dans le domaine de l'analyse de séquences NGS et de la comparaison des génomes.


Durée du stage : 6 mois
Début du stage : mars 2014
Rémunération : application de la convention pour la rémunération des stagiaires

Laboratoire d'accueil :
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
Plateforme Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB)
Université Bordeaux Segalen
146 Rue Léo Saignat
33076 Bordeaux - France

Les candidatures ou demandes de renseignement sont à envoyer en format électronique à: Aurélien BARRE (abarre@u-bordeaux2.fr)


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