Pour avoir l’équivalent d’un alignement global, il faudrait que tu mettes -l <readSize> en adaptant le nombre de mismatches autorisés dans ta seed (qui fait maintenant l’intégralité de ton read). Je mettrais donc l’option -k 5 (par ex.)

Alban Lermine

Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie

" Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer"

11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France

Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84

Le 18 févr. 2014 à 17:39, Thierry Grange <thierry.grange@univ-paris-diderot.fr> a écrit :

Bonjour à tous

I would like to disable seeding when doing a sequence mapping using bwa. Apparently, this is commonly performed using the aln –l option set at a value higher than the read length, and is often set at values above 1000. In Galaxy, the default option is -1 for this parameter, and it is indicated that -1 corresponds to infinity. Does that mean that seeding can be disabled using -1, and that it is disabled by default on Galaxy? I don’t obtain exactly the same thing using -1 or 16000 for this parameter, even though the difference is marginal.

Thanks for your insights

Thierry
Institut Jacques MONOD
Paris

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