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Dave C.

---------- Forwarded message ---------- From: benjamin dartigues benjamin.dartigues@u-bordeaux.fr Date: 2017-05-09 1:01 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] [Formation] Bioinformatique - Analyse avancée de séquences (Du 6 Juin 2017 au 8 Juin 2017) To: bioinfo@sfbi.fr

Bonjour,

Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) organise une formation en Bio-informatique intitulée : "Analyse avancée de séquences" à Bordeaux sur 3 jours du Mardi 06/06/2017 au Jeudi 08/06/2017:

Adresse:

Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l'Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin.

Objectifs:

- Savoir rechercher des informations dans les banques de données - Maitriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats - Maitriser les stratégies d'annotation de génomes bactériens - Maitriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS)

Prérequis:

Aucun - Afin d'adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire qui sera prochainement téléchargeable sur le site du CNRS formation.

Problématique: Comprendre comment les données sont générées (NGS technologies), traitées (filtrage, alignement, annotation), stockées (bases de données publiques)

Programme:

1er jour

- Etat de l'art du séquençage haut débit - Formats et manipulation des données NGS - Analyse avancée à partir de données NGS

2ème jour

Matin: - Organisation des banques de données publiques - Recherche d'information dans les banques de données publiques - Galaxy 101: premier pas avec Galaxy

Après-midi: - Comparaison et alignement multiple de séquences - Familles de protéines et domaines fonctionnels - Stratégie et enjeux de l'annotation de génomes

3ème jour

Matin: - Découverte des logiciels de prédiction - Découverte des plateformes d'annotation en ligne - Annotation d'un génome

Après midi: - présentation des données des participants

Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h)

Une partie des analyses sera effectuée dans l'environnement Galaxy.

Les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées, à des fins pédagogiques, pour les exercices de la dernière demi-journée.

Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation indiqué ci-dessous:

https://cnrsformation.cnrs.fr/stage.php?stage=15274&axe=77

Pour toute information complémentaire (public visé, niveau, cout, ...), merci de contacter:

- Aurélien Barré (aurelien.barre@u-bordeaux.fr) - Raluca Uricaru (ruricaru@labri.fr) - Benjamin Dartigues (benjamin.dartigues@u-bordeaux.fr)

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster via le site de la SFBI. Elles seront ainsi présentes sur le site et la liste ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ http://www.sfbi.fr Abonnements et archives : http://listes.sfbi.fr/sympa/info/bioinfo