Bonjour à tous, Affecté à l'Unité de Nutrition Humaine, sur la plate-forme d'Exploration du Métabolisme (PFEM) - INRA de Clermont-Ferrand/Theix , je m'occupe principalement des développements logiciel liés aux chaînes de traitement des données de métabolomique.

Nous avons commencé à évaluer la plate-forme Galaxy pendant l'été 2012 en collaboration avec la PF CNRS ABIMS. Ne pouvant exploiter les fonctionnalités déjà fournies pour la génomique, nous développons une instance de Galaxy utilisable en analyse métabolomique avec des modules d'analyses de signaux, d'extraction de données, d'analyses statistiques, d'identification de composés chimiques et d'intégration dans les réseaux biologiques. En parallèle des modules "métiers", nous avons à réfléchir à de nouveaux formats d'entrée et de sortie.

Actuellement, nous disposons d'une instance locale de Galaxy pour le développement (déployée en juin 2012) et à moyen terme, nous souhaitons mettre en place une instance locale de Galaxy de production (déploiement début 2013) et un ToolShed (juin 2013).

Membre du réseau français de Métabolomique et de Fluxomique et co-fondateur du projet d'infrastructure d'avenir MEtaboHUB, la plate-forme PFEM veut jouer un rôle central dans la mise à disposition d'outils et dans le partage des développements avec sa communauté. Nos moyens en terme de temps et de personnels étant en train d'évoluer favorablement, 2013-2014 devraient voir émerger bon nombre de fonctionnalités dans le traitement des données LC-MS / GC-MS.

Je suis aussi d'avis que Galaxy peut jouer un rôle dans le rapprochement des domaines de la biologie, de la chimie et de l'informatique voir des mathématiques. Une communauté française de Galaxy : j'y suis fortement favorable et je vais y oeuvrer du côté des volcans d'Auvergne.

A bientôt...