Bonjour, J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider? Merci, Julie
Bonjour Julie, Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries ( https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers. Cordialement, Victoria 2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <julie.nocq@gmail.com>:
Bonjour,
J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
Merci,
Julie
_______________________________________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifiée à l'adresse: http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
Bonjour, Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log Le conseil de Victoria semble egalement valide. Philip Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <vdbohler@gmail.com> a écrit :
Bonjour Julie,
Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries ( https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.
Cordialement,
Victoria
2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <julie.nocq@gmail.com>:
Bonjour,
J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
Merci,
Julie
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Bonjour, Merci beaucoup pour vos réponses! J'apprécie énormément! Mes fichiers sont bien inférieurs à 2GB, ils font en moyenne 500M... Par contre, il est vrai que j'ai essayé de charger des fichiers en .gz, pas tous, mais certains. Je n'ai pas trouvé le fichier galaxy_handler.log (j'ai fait un find *.log et il n'y été pas). Par contre j'ai suivi ce que Victoria et Julie m'ont dit et ça marche!! En passant par l'admin, mais ça fonctionne et à l'heure actuelle c'est le principal. Je vais voir pour arranger ça et faire en sorte que le upload puisse se faire par non-admin. Encore une fois, merci beaucoup! Julie Le 4 novembre 2014 03:45, Philippe Moncuquet <philippe.mcqt@gmail.com> a écrit :
Bonjour,
Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log
Le conseil de Victoria semble egalement valide.
Philip
Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <vdbohler@gmail.com> a écrit :
Bonjour Julie,
Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries ( https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.
Cordialement,
Victoria
2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <julie.nocq@gmail.com>:
Bonjour,
J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
Merci,
Julie
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Salut, Je te joins un outil Galaxy qui va permettre à un user ordinaire de créer une librairie lui appartenant à partir d'un path local. Cet outil est un peu particulier car il utilise une clef d'API Admin pour fonctionner (attention dans le cadre d'une instance de production, cela peut être potentiellement dangereux). Pour faire fonctionner l'outil, il faut éditer le fichier createLibraryForCurrentUser.py et ajouter les valeurs correspondantes aux lignes: 36 #API var 37 38 api_key = '' 39 galaxy_url = '' ex: 36 #API var 37 38 api_key = 'kjhj12123JIOJOJ' 39 galaxy_url = 'http://127.0.0:8080' ++, Alban ________________________________ De : galaxy-france-bounces@lists.bx.psu.edu [galaxy-france-bounces@lists.bx.psu.edu] de la part de Julie Nocq [julie.nocq@gmail.com] Envoyé : mardi 4 novembre 2014 09:30 À : galaxy-france@lists.bx.psu.edu Objet : Re: [Galaxy-france] fichiers vides Bonjour, Merci beaucoup pour vos réponses! J'apprécie énormément! Mes fichiers sont bien inférieurs à 2GB, ils font en moyenne 500M... Par contre, il est vrai que j'ai essayé de charger des fichiers en .gz, pas tous, mais certains. Je n'ai pas trouvé le fichier galaxy_handler.log (j'ai fait un find *.log et il n'y été pas). Par contre j'ai suivi ce que Victoria et Julie m'ont dit et ça marche!! En passant par l'admin, mais ça fonctionne et à l'heure actuelle c'est le principal. Je vais voir pour arranger ça et faire en sorte que le upload puisse se faire par non-admin. Encore une fois, merci beaucoup! Julie Le 4 novembre 2014 03:45, Philippe Moncuquet <philippe.mcqt@gmail.com<mailto:philippe.mcqt@gmail.com>> a écrit : Bonjour, Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log Le conseil de Victoria semble egalement valide. Philip Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <vdbohler@gmail.com<mailto:vdbohler@gmail.com>> a écrit : Bonjour Julie, Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries (https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers. Cordialement, Victoria 2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <julie.nocq@gmail.com<mailto:julie.nocq@gmail.com>>: Bonjour, J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider? Merci, Julie _______________________________________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu<mailto:Galaxy-France@lists.bx.psu.edu> http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifiée à l'adresse: http://galaxyproject.org/search/mailinglists/ _______________________________________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu<mailto:Galaxy-France@lists.bx.psu.edu> http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifiée à l'adresse: http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
Bonjour, Super!! Merci beaucoup!! Le 4 novembre 2014 09:56, Lermine Alban <alban.lermine@curie.fr> a écrit :
Salut,
Je te joins un outil Galaxy qui va permettre à un user ordinaire de créer une librairie lui appartenant à partir d'un path local. Cet outil est un peu particulier car il utilise une clef d'API Admin pour fonctionner (attention dans le cadre d'une instance de production, cela peut être potentiellement dangereux).
Pour faire fonctionner l'outil, il faut éditer le fichier createLibraryForCurrentUser.py et ajouter les valeurs correspondantes aux lignes:
36 #API var 37 38 api_key = '' 39 galaxy_url = ''
ex:
36 #API var 37 38 api_key = 'kjhj12123JIOJOJ' 39 galaxy_url = 'http://127.0.0:8080'
++,
Alban
------------------------------ *De :* galaxy-france-bounces@lists.bx.psu.edu [ galaxy-france-bounces@lists.bx.psu.edu] de la part de Julie Nocq [ julie.nocq@gmail.com] *Envoyé :* mardi 4 novembre 2014 09:30 *À :* galaxy-france@lists.bx.psu.edu *Objet :* Re: [Galaxy-france] fichiers vides
Bonjour,
Merci beaucoup pour vos réponses! J'apprécie énormément!
Mes fichiers sont bien inférieurs à 2GB, ils font en moyenne 500M... Par contre, il est vrai que j'ai essayé de charger des fichiers en .gz, pas tous, mais certains. Je n'ai pas trouvé le fichier galaxy_handler.log (j'ai fait un find *.log et il n'y été pas). Par contre j'ai suivi ce que Victoria et Julie m'ont dit et ça marche!! En passant par l'admin, mais ça fonctionne et à l'heure actuelle c'est le principal. Je vais voir pour arranger ça et faire en sorte que le upload puisse se faire par non-admin.
Encore une fois, merci beaucoup!
Julie
Le 4 novembre 2014 03:45, Philippe Moncuquet <philippe.mcqt@gmail.com> a écrit :
Bonjour,
Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier charge, est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier galaxy_handler.log
Le conseil de Victoria semble egalement valide.
Philip
Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <vdbohler@gmail.com> a écrit :
Bonjour Julie,
Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas, utilise FTP ou DataLibraries ( https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles) pour charger tes fichiers.
Cordialement,
Victoria
2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <julie.nocq@gmail.com>:
Bonjour,
J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers fastq sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job s'est bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
Merci,
Julie
_______________________________________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
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participants (4)
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Julie Nocq -
Lermine Alban -
Philippe Moncuquet -
Victoria D Bohler