Bonjour,
Super!! Merci beaucoup!!
Le 4 novembre 2014 09:56, Lermine Alban <alban.lermine(a)curie.fr> a écrit :
Salut,
Je te joins un outil Galaxy qui va permettre à un user ordinaire de
créer une librairie lui appartenant à partir d'un path local.
Cet outil est un peu particulier car il utilise une clef d'API Admin pour
fonctionner (attention dans le cadre d'une instance de production, cela
peut être potentiellement dangereux).
Pour faire fonctionner l'outil, il faut éditer le
fichier createLibraryForCurrentUser.py et ajouter les valeurs
correspondantes aux lignes:
36 #API var
37
38 api_key = ''
39 galaxy_url = ''
ex:
36 #API var
37
38 api_key = 'kjhj12123JIOJOJ'
39 galaxy_url = 'http://127.0.0:8080'
++,
Alban
------------------------------
*De :* galaxy-france-bounces(a)lists.bx.psu.edu [
galaxy-france-bounces(a)lists.bx.psu.edu] de la part de Julie Nocq [
julie.nocq(a)gmail.com]
*Envoyé :* mardi 4 novembre 2014 09:30
*À :* galaxy-france(a)lists.bx.psu.edu
*Objet :* Re: [Galaxy-france] fichiers vides
Bonjour,
Merci beaucoup pour vos réponses! J'apprécie énormément!
Mes fichiers sont bien inférieurs à 2GB, ils font en moyenne 500M... Par
contre, il est vrai que j'ai essayé de charger des fichiers en .gz, pas
tous, mais certains. Je n'ai pas trouvé le fichier galaxy_handler.log (j'ai
fait un find *.log et il n'y été pas). Par contre j'ai suivi ce que
Victoria et Julie m'ont dit et ça marche!! En passant par l'admin, mais ça
fonctionne et à l'heure actuelle c'est le principal. Je vais voir pour
arranger ça et faire en sorte que le upload puisse se faire par non-admin.
Encore une fois, merci beaucoup!
Julie
Le 4 novembre 2014 03:45, Philippe Moncuquet <philippe.mcqt(a)gmail.com> a
écrit :
> Bonjour,
>
> Si les fichiers sont vides, quelques choses a du mal se passer pendant
> le transfert. Lorsque tu cliques sur l'icone 'i' (infos) du fichier
charge,
> est ce que tu vois sa taille et les autres infos, si oui n'y a t il rien
> d'anormal ? Combien de temps mets l'execution du job lorsque tu charges un
> fichier ? Regarde les logs relatifs a l'execution de ce job (regarde just
> apres avoir lance le telechargement) pour verifer que rien d'anormal ne
> s'est produit, il me semble que tu dois regarder le fichier
> galaxy_handler.log
>
> Le conseil de Victoria semble egalement valide.
>
> Philip
>
> Le 4 novembre 2014 04:33, Victoria D Bohler <vdbohler(a)gmail.com> a écrit
> :
>
> Bonjour Julie,
>>
>> Quelle taille font tes fichiers? Plus de 2GB ? si c'est le cas,
>> utilise FTP ou DataLibraries (
>>
https://wiki.galaxyproject.org/Admin/DataLibraries/UploadingLibraryFiles)
>> pour charger tes fichiers.
>>
>> Cordialement,
>>
>> Victoria
>>
>> 2014-11-03 17:41 GMT+01:00 Julie Nocq <julie.nocq(a)gmail.com>:
>>
>>> Bonjour,
>>>
>>> J'ai installé Galaxy sur mon ordinateur, j'ai bien suivi toute la
>>> procédure et j'essaye depuis plusieurs jours de charger des fichiers
fastq
>>> sur mon compte galaxy. A chaque fois, galaxy m'informe que le job
s'est
>>> bien passé (le job est en vert) mais à chaque fois, je découvre que les
>>> fichiers sont vides et même quand je vais voir dans le dossier files les
>>> fichiers .dat sont vides. Je cherche à comprendre mais je ne vois pas
>>> pourquoi cela ne fonctionne pas... Pouvez vous m'aider?
>>>
>>> Merci,
>>>
>>> Julie
>>>
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>>>
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http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
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