[APPEL A EXPERIENCE] Solutions techniques pour gérer un workshop de plus de 20 personnes avec Galaxy
Bonjour à tous, Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40 personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne marche du workshop. En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les accès serveurs (x personnes cliquant simultanément, ça fait quelques embouteillages!). Quoi faire? - Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants (efficacité?) - Changer de serveur web pour G-WAN (http://gwan.com/) qui permet de gérer plus d'accès concurrents - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un système de machines virtuelles (OS + Galaxy préinstallé et préconfiguré), ce qui permet de s'affranchir completement des problèmes serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison. Deuxième limitation, les temps de calcul. - Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus interressant pour le participant) - Préparer un set de données ciblées. Par ex, réduire un alignement à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats. - Précomputer tous les résultats et finalement n'effectuer aucun calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le résultat). Bref, je pense que ça vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long). Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes prises par Dave Clements lors d'un brainstorming qui a eut lieu en off de la GCC2012 sur "comment bien organiser une formation avec Galaxy". Lien: http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GCC2012/Program/Breakouts/BioinformaticsTra... Donnez moi votre avis et solutions envisagées, la compilation de toutes vos reflexions aidera très certainement à la mise en place d'une stratégie robuste. Bonne journée, Alban NB: petite anecdote entendue lors du brainstorming avec Dave Clements, un labo situé en Inde a organisé un workshop pour 200 personnes sur le site principal de Galaxy. Résultat des courses: le site est resté offline pendant 48h! -- Alban Lermine Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie « Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer » 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84
Boujour à tous, Je crois qu'on peut aussi penser à utiliser les "galaxy pages" pour écrire l'énoncé du workshop avec l'accès aux datasets, aux workflows, ... bref au ressources galaxy. L'utilisateur à la sortie du workshop peut donc tout rejouer en toute indépendance. ++ O. On Fri, 14 Sep 2012, Alban Lermine wrote:
Bonjour à tous,
Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40 personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne marche du workshop.
En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les accès serveurs (x personnes cliquant simultanément, ça fait quelques embouteillages!). Quoi faire?
- Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants (efficacité?) - Changer de serveur web pour G-WAN (http://gwan.com/) qui permet de gérer plus d'accès concurrents - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un système de machines virtuelles (OS + Galaxy préinstallé et préconfiguré), ce qui permet de s'affranchir completement des problèmes serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison.
Deuxième limitation, les temps de calcul.
- Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus interressant pour le participant) - Préparer un set de données ciblées. Par ex, réduire un alignement à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats. - Précomputer tous les résultats et finalement n'effectuer aucun calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le résultat).
Bref, je pense que ça vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long).
Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes prises par Dave Clements lors d'un brainstorming qui a eut lieu en off de la GCC2012 sur "comment bien organiser une formation avec Galaxy". Lien: http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GCC2012/Program/Breakouts/BioinformaticsTra...
Donnez moi votre avis et solutions envisagées, la compilation de toutes vos reflexions aidera très certainement à la mise en place d'une stratégie robuste.
Bonne journée,
Alban
NB: petite anecdote entendue lors du brainstorming avec Dave Clements, un labo situé en Inde a organisé un workshop pour 200 personnes sur le site principal de Galaxy. Résultat des courses: le site est resté offline pendant 48h!
-- Alban Lermine Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie « Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer » 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84
_______________________________________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Mais en fait.... C'est tellement évident et utile pour annoter en détail les analyses que ça existe peut-être déjà: Existe t il un outil Galaxy pour créer et éditer des textes html ? Christophe Le 14 septembre 2012 16:38, Olivier Inizan < olivier.inizan@versailles.inra.fr> a écrit :
Boujour à tous,
Je crois qu'on peut aussi penser à utiliser les "galaxy pages" pour écrire l'énoncé du workshop avec l'accès aux datasets, aux workflows, ... bref au ressources galaxy. L'utilisateur à la sortie du workshop peut donc tout rejouer en toute indépendance.
++ O.
On Fri, 14 Sep 2012, Alban Lermine wrote:
Bonjour à tous,
Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40 personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne marche du workshop.
En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les accès serveurs (x personnes cliquant simultanément, ça fait quelques embouteillages!). Quoi faire?
- Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants (efficacité?) - Changer de serveur web pour G-WAN (http://gwan.com/) qui permet de gérer plus d'accès concurrents - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un système de machines virtuelles (OS + Galaxy préinstallé et préconfiguré), ce qui permet de s'affranchir completement des problèmes serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison.
Deuxième limitation, les temps de calcul.
- Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus interressant pour le participant) - Préparer un set de données ciblées. Par ex, réduire un alignement à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats. - Précomputer tous les résultats et finalement n'effectuer aucun calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le résultat).
Bref, je pense que ça vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long).
Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes prises par Dave Clements lors d'un brainstorming qui a eut lieu en off de la GCC2012 sur "comment bien organiser une formation avec Galaxy". Lien: http://wiki.g2.bx.psu.edu/**Events/GCC2012/Program/**Breakouts/** BioinformaticsTraining<http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GCC2012/Program/Breakouts/BioinformaticsTraining>
Donnez moi votre avis et solutions envisagées, la compilation de toutes vos reflexions aidera très certainement à la mise en place d'une stratégie robuste.
Bonne journée,
Alban
NB: petite anecdote entendue lors du brainstorming avec Dave Clements, un labo situé en Inde a organisé un workshop pour 200 personnes sur le site principal de Galaxy. Résultat des courses: le site est resté offline pendant 48h!
-- Alban Lermine Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie « Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer » 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84
______________________________**_________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/**listinfo/galaxy-france<http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france>
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-- ¡ Note that my email address has changed ! ¡ Please update your records with ! ¡ *christophe.antoniewski@snv.jussieu.fr*<christophe.antoniewski@snv.jussieu.fr>! -- Christophe Antoniewski Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biolologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 Tel +33 1 44 27 34 39 Fax +33 1 44 27 34 45 Mobile +33 6 68 60 51 50 http://drosophile.org
participants (3)
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Alban Lermine -
Christophe Antoniewski -
Olivier Inizan