Mais en fait....
C'est tellement évident et utile pour annoter en détail les analyses que ça
existe peut-être déjà:
Existe t il un outil Galaxy pour créer et éditer des textes html ?
Christophe
Le 14 septembre 2012 16:38, Olivier Inizan <
olivier.inizan(a)versailles.inra.fr> a écrit :
Boujour à tous,
Je crois qu'on peut aussi penser à utiliser les "galaxy pages" pour écrire
l'énoncé du workshop avec l'accès aux datasets, aux workflows, ... bref au
ressources galaxy.
L'utilisateur à la sortie du workshop peut donc tout rejouer en toute
indépendance.
++
O.
On Fri, 14 Sep 2012, Alban Lermine wrote:
Bonjour à tous,
>
> Nous allons avoir à préparer différents workshops avec Galaxy dans les
> mois à venir, et d'après ma très petite experience (1 workshop 40
> personnes), quelques limitations peuvent intervenir et géner la bonne
> marche du workshop.
>
> En effet, la première limitation que j'ai pu identifier concerne les
> accès serveurs (x personnes cliquant simultanément, ça fait quelques
> embouteillages!).
> Quoi faire?
>
> - Paramétrer son serveur en fonction du nombre de participants
> (efficacité?)
> - Changer de serveur web pour G-WAN (
http://gwan.com/) qui permet
> de gérer plus d'accès concurrents
> - La solution qui me semble la plus indiquée est de passer par un
> système de machines virtuelles (OS + Galaxy préinstallé et
> préconfiguré), ce qui permet de s'affranchir completement des problèmes
> serveurs (1 instance par participant) + la possibilité pour chaque
> participant de repartir avec sa machine virtuelle Galaxy sous le bras et
> réappliquer ce qu'il aura appris durant le workshop à la maison.
>
> Deuxième limitation, les temps de calcul.
>
> - Doit on laisser la possibilité aux participants d'analyser leurs
> propres données (moins de contrôle sur les temps de calcul mais plus
> interressant pour le participant)
> - Préparer un set de données ciblées. Par ex, réduire un alignement
> à la zone ou des variants sont clairement identifiés. Le but est
> clairement didactique et moins interressant du point de vue des résultats.
> - Précomputer tous les résultats et finalement n'effectuer aucun
> calcul. Aucune charge serveur, mais impossible de faire varier les
> paramètres (et donc difficile de montrer l'impact de ceux ci sur le
> résultat).
>
> Bref, je pense que ça vaut le coup de bien préparer sa stratégie pour
> un workshop réussit (ou les participants ne sont pas interrompu par un
> serveur qui tombe ou des temps de calculs trop long).
>
> Pour compléter cette petite réflexion, un petit lien vers les notes
> prises par Dave Clements lors d'un brainstorming qui a eut lieu en off
> de la GCC2012 sur "comment bien organiser une formation avec Galaxy".
> Lien:
>
http://wiki.g2.bx.psu.edu/**Events/GCC2012/Program/**Breakouts/**
>
BioinformaticsTraining<http://wiki.g2.bx.psu.edu/Events/GCC2012/Progra...
>
> Donnez moi votre avis et solutions envisagées, la compilation de toutes
> vos reflexions aidera très certainement à la mise en place d'une
> stratégie robuste.
>
> Bonne journée,
>
> Alban
>
> NB: petite anecdote entendue lors du brainstorming avec Dave Clements,
> un labo situé en Inde a organisé un workshop pour 200 personnes sur le
> site principal de Galaxy. Résultat des courses: le site est resté
> offline pendant 48h!
>
>
> --
> Alban Lermine
> Unité 900 : Inserm - Mines ParisTech - Institut Curie
> « Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer »
> 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France
> Tel : +33 (0) 1 56 24 69 84
>
> ______________________________**_________________
> Galaxy-France mailing list
> Galaxy-France(a)lists.bx.psu.edu
>
http://lists.bx.psu.edu/**listinfo/galaxy-france<http://lists.bx.psu.e...
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Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement
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