Installation de l'outil Chip-seq SICER
Bonjour à tous, j'essaie d'installer sur notre serveur Galaxy l'outil de "peak calling" de Chip-seq *SICER*. J'ai installé via le tool shed de Galaxy avec toutes les dépendances, cependant j'ai une erreur sur le répertoire des fichiers temporaires crées :
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/NextGenSeqData/galaxy-data/database/tmp/tmpHPGhcN/input_bed_file-W200-G600-E0.01.scoreisland'
Je voudrais savoir si il y a une personne qui a pu installé cet outil, et si elle peut me dire comment le faire proprement. Merci pour votre aide, Mohamed - ***************************************************** Mohamed KASSAM Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS) CNRS UMR8197 - INSERM U1024 Arabidopsis Epigenetics & Epigenomics A2E Section 3 46 rue d'Ulm 75230 PARIS CEDEX 05 FRANCE Tel: +33 1 44 32 35 69 Fax: +33 1 44 32 39 35 kassam@biologie.ens.fr *****************************************************
Salut, Nous avons SICER installé sur notre instance et aucun problème à l’utilisation ne nous a été remonté jusqu’à maintenant.. L’ erreur décrites n’étant pas assez informative, pourrais tu modifier le wrapper python afin qu’il n’écrive pas dans un rep temporaire, mais un dans répertoire de ton choix.. En effet, il semblerait que l’outil ne génères pas le fichier ..scoreisland qui est mové en fin de process vers le dataset de sortie (d’ou l’erreur). Ecrire dans un répertoire non temporaire te permettra de vérifier l’existence ou non de ce fichier ainsi que sa nomenclature qui peut ne pas correspondre à celle décrite dans le python. Pour changer de répertoire de sortie, modifie la ligne 83: tmp_dir = tempfile.mkdtemp() -> tmp_dir = "/MON/PATH/NON/TEMPORAIRE/" ++, Alban -- Alban Lermine Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie " Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer" 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84 Le 29 avr. 2014 à 14:12, Kassam Mohamed <kassam@biologie.ens.fr> a écrit :
Bonjour à tous, j'essaie d'installer sur notre serveur Galaxy l'outil de "peak calling" de Chip-seq SICER. J'ai installé via le tool shed de Galaxy avec toutes les dépendances, cependant j'ai une erreur sur le répertoire des fichiers temporaires crées :
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/NextGenSeqData/galaxy-data/database/tmp/tmpHPGhcN/input_bed_file-W200-G600-E0.01.scoreisland'
Je voudrais savoir si il y a une personne qui a pu installé cet outil, et si elle peut me dire comment le faire proprement.
Merci pour votre aide,
Mohamed -
***************************************************** Mohamed KASSAM Institut de Biologie de l'Ecole Normale Supérieure (IBENS) CNRS UMR8197 - INSERM U1024 Arabidopsis Epigenetics & Epigenomics A2E Section 3
46 rue d'Ulm 75230 PARIS CEDEX 05 FRANCE Tel: +33 1 44 32 35 69 Fax: +33 1 44 32 39 35 kassam@biologie.ens.fr ***************************************************** _______________________________________________ Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
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