Hello all, Forwarding from the bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets@moulon.inra.fr> Date: 2013/10/29 Subject: [bioinfo] CDD - Ingénieur de Recherche, Gif-sur-Yvette To: bioinfo@sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets. joets@moulon.inra.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS. le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Des connaissance de base en analyse des données NGS sont demandées. Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets@moulon.inra.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/