Hi Jelle,
 
Thank you very much for your help !
 
Best!
 
Yan-Hui  Li


At 2011-08-26 16:09:16,"Jelle Scholtalbers" <j.scholtalbers@gmail.com> wrote: >Dear Yan-Hui Li, > >you have to make sure the output files (and location) are named by >Galaxy. It isn't enough to just have the output files in the right >output directory. Looking at the documentation of phyml it seems you >can't set your own output file names. This means you will have to >write a wrapper that renames the files after the tool has run - or >contact the author to include options to specify output file names. > >A wrapper can be as simple as a bashscript that executes the tool and >after a succesful finish renames the output files to the output file >names Galaxy provides (as described in the tool configuration xml - >http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Tools/Tool%20Config%20Syntax#A.3Coutputs.3E_tag_set) > >Cheers, >Jelle > > >2011/8/26 liyanhui607 <liyanhui607@163.com>: >>  ===> Please use "Reply All" when responding to this email! <=== >> >> >> Hi All, >> >> >> >> We want to add a program ¡°PhyML 3.0¡± to galaxy system. This software was for phylogenetic developed by http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/binaries.php. It can run normally in Linux environment with a file for example named ¡°sample¡± as input and two files automatically named ¡°sample.phy_phyml_stats.txt¡± and ¡°sample.phy_phyml_tree.txt¡± as outputs. >> >> >> >> However, after added it to galaxy system, we found that it can produce the right result files in directory "/var/we/galaxy-dist/database/files/000¡±, but they did not return to the web page where they are empty. So who can tell me what is wrong? >> >> >> >> Another question, is java applet supported by galaxy system? >> >> >> >> Thank you very much! >> >> >> >> Best Wishes! >> >> >> >> Yan-Hui Li >> >> >> ___________________________________________________________ >> The Galaxy User list should be used for the discussion of >> Galaxy analysis and other features on the public server >> at usegalaxy.org.  Please keep all replies on the list by >> using "reply all" in your mail client.  For discussion of >> local Galaxy instances and the Galaxy source code, please >> use the Galaxy Development list: >> >>  http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-dev >> >> To manage your subscriptions to this and other Galaxy lists, >> please use the interface at: >> >>  http://lists.bx.psu.edu/ >>