At 2011-08-26 16:09:16,"Jelle Scholtalbers" <j.scholtalbers@gmail.com> wrote:
>Dear Yan-Hui Li,
>
>you have to make sure the output files (and location) are named by
>Galaxy. It isn't enough to just have the output files in the right
>output directory. Looking at the documentation of phyml it seems you
>can't set your own output file names. This means you will have to
>write a wrapper that renames the files after the tool has run - or
>contact the author to include options to specify output file names.
>
>A wrapper can be as simple as a bashscript that executes the tool and
>after a succesful finish renames the output files to the output file
>names Galaxy provides (as described in the tool configuration xml -
>http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Tools/Tool%20Config%20Syntax#A.3Coutputs.3E_tag_set)
>
>Cheers,
>Jelle
>
>
>2011/8/26 liyanhui607 <liyanhui607@163.com>:
>>  ===> Please use "Reply All" when responding to this email! <===
>>
>>
>> Hi All,
>>
>>
>>
>> We want to add a program ¡°PhyML 3.0¡± to galaxy system. This software was for phylogenetic developed by http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/binaries.php. It can run normally in Linux environment with a file for example named ¡°sample¡± as input and two files automatically named ¡°sample.phy_phyml_stats.txt¡± and ¡°sample.phy_phyml_tree.txt¡± as outputs.
>>
>>
>>
>> However, after added it to galaxy system, we found that it can produce the right result files in directory "/var/we/galaxy-dist/database/files/000¡±, but they did not return to the web page where they are empty. So who can tell me what is wrong?
>>
>>
>>
>> Another question, is java applet supported by galaxy system?
>>
>>
>>
>> Thank you very much!
>>
>>
>>
>> Best Wishes!
>>
>>
>>
>> Yan-Hui Li
>>
>>
>> ___________________________________________________________
>> The Galaxy User list should be used for the discussion of
>> Galaxy analysis and other features on the public server
>> at usegalaxy.org.  Please keep all replies on the list by
>> using "reply all" in your mail client.  For discussion of
>> local Galaxy instances and the Galaxy source code, please
>> use the Galaxy Development list:
>>
>>  http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-dev
>>
>> To manage your subscriptions to this and other Galaxy lists,
>> please use the interface at:
>>
>>  http://lists.bx.psu.edu/
>>