# HG changeset patch -- Bitbucket.org # Project galaxy-dist # URL http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist/overview # User Kelly Vincent kpvincent@bx.psu.edu # Date 1279744462 14400 # Node ID 1acae496c2200747aa79e7ac52cce74f5a3a3c83 # Parent 1dc82a345db24860b31b73624030fa2644c18d38 Added sam_indel_filter tool test files
--- a/test-data/sam_indel_filter_in2.sam +++ b/test-data/sam_indel_filter_in2.sam @@ -1,12 +1,16 @@ -081017-and-081020:1:6:774:1836 0 PHIX174 4973 37 26M1I9M * 0 0 GCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTTGGTTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII@III/IE;%II;I= XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:33C1 -081017-and-081020:1:6:1193:793 0 PHIX174 4971 37 27M1I8M * 0 0 CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGGTTGTTTT IIIIIIIIIIIIIII7IIIDIIIIIIII,=(>%II? XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 +081017-and-081020:1:6:774:1836 0 PHIX174 4973 37 26M1I9M * 0 0 GCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTTGGTTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII@IIIDIE;%II;I= XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:33C1 +081017-and-081020:1:6:1193:793 0 PHIX174 4971 37 27M1I8M * 0 0 CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGGTTGTTTT IIIIIIIIIIIIIII7IIIDIIIIIIII&=(>%II? XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 081017-and-081020:1:8:753:970 0 PHIX174 2974 37 29M1I6M * 0 0 GTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGGTCAA IIIIIIIIIIIIIIII4IIIIII3I&IIIII*%%&' XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:35 -081017-and-081020:1:17:361:871 0 PHIX174 4739 37 30M1I5M * 0 0 TGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTTATTTTCC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIII%II&'III%/# XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28C6 -081017-and-081020:1:18:1164:1678 0 PHIX174 4971 37 27M1I8M * 0 0 CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGGTTGTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIII;IIII1I0I)II.I- XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 -081017-and-081020:1:20:754:1256 16 PHIX174 4772 37 4M1I31M * 0 0 CCCTGGCGGTGCATTTTATGCGGACACTTCCTACAG &II(IIIII3IIIII7II,IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:2A32 -081017-and-081020:1:24:1326:917 0 PHIX174 188 37 25M1D11M * 0 0 TTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAACCTGACGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII2/&II>'IEI XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:25^A3A7 -081017-and-081020:1:25:1466:511 16 PHIX174 1179 37 21M1D15M * 0 0 CTATTGACTCTACTGTAGACATTTTACTTTTTATGT :I<=IIIIII5IIGI5IIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:21^T15 -081017-and-081020:1:27:1267:1275 0 PHIX174 3716 37 28M1D8M * 0 0 TCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGCTCTTCT IIIIIIIIIIIIIIIII;IIIIIII87III%I(@I. XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28^G8 -081017-and-081020:1:94:1649:147 16 PHIX174 2755 37 15M2D21M * 0 0 TATACCGTCAAGGACTGTGACTATTGACGTCCTTCC 4IIIIII@I7IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:15^TG21 -081017-and-081020:1:95:74:43 0 PHIX174 4038 37 29M1I6M * 0 0 ATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTTTTGG IIIIIIIIIIIIIIIIICI;8I,I>IIIIII1I%5& XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 +081017-and-081020:1:11:761:901 4 * 0 0 * * 0 0 GACCTGTGATCCATCGTGATGT CBBAB/$3BB<AB/,CBCABCA +081017-and-081020:1:17:361:871 0 PHIX174 4739 37 30M1I5M * 0 0 TGAGTATGGTACAGCTAATGGCCGTCTTTATTTTCC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIII%II&I'II%/# XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28C6 +081017-and-081020:1:18:1164:1678 0 PHIX174 4971 37 27M1I8M * 0 0 CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGGTTGTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIII;IIII1#I)II.I-I XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 +081017-and-081020:1:20:754:1256 16 PHIX174 4772 37 4M1I31M * 0 0 CCCTGGCGGTGCATTTTATGCGGACACTTCCTACAG &IIII(III3IIIII7II,IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:2A32 +081017-and-081020:1:24:1326:917 0 PHIX174 188 37 25M1D11M * 0 0 TTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAACCTGACGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIA/&II>'IEI XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:25^A3A7 +081017-and-081020:1:24:1567:1780 0 PHIX174 3716 37 28M1D8M * 0 0 TCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGCTCTTCT IIIIIIIIIIIIIIIII;IIIIIII87IFII%I(@I. XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28^G8 +081017-and-081020:1:25:1466:511 16 PHIX174 1179 37 21M1D15M * 0 0 CTATTGACTCTACTGTAGACATTTTACTTTTTATGT :I<=IIIIII5IIGI5IIIIAIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:21^T15 +081017-and-081020:1:27:1267:1275 0 PHIX174 3716 37 28M1D8M * 0 0 TCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGCTCTTCT IIIIIIIIIIIIIIIII;IIIIIII87!II%I(@I. XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28^G8 +081017-and-081020:1:56:7924:8122 4 * 0 0 * * 0 0 GACCTGTGATCCATCGTGATGT CBBAB/$3BB<AB/,CBCABCA +081017-and-081020:1:94:1649:147 16 PHIX174 2755 37 15M2D21M * 0 0 TATACCGTCAAGGACTGTGACTATTGACGTCCTTCC 4IIIIII@I7IIIIDEIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:15^TG21 +081017-and-081020:1:95:74:43 0 PHIX174 4038 37 29M3I4M * 0 0 ATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCCCTTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIICI;8I,I>II#####I1I% XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 +081017-and-081020:1:95:182:353 4 * 0 0 * * 0 0 GACCTGTGATCCATCGTGATGT CBBAB/$3BB<AB/,CBCABCA 081017-and-081020:1:95:58:307 16 PHIX174 3859 37 2M1I33M * 0 0 ACAAATGTCTGGAAAGACGGTAAAGCTGATGGTATT I&*IIIIIIII;IIIBIII>IICIIIIIIFII:III XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:5T29
--- a/test-data/sam_indel_filter_out1.sam +++ b/test-data/sam_indel_filter_out1.sam @@ -1,3 +1,4 @@ -1378_28_770 89 chr11.nib:1-134452384 72131356 37 17M1I5M = 72131356 0 CACACTGTGACAGACAGCGCAGC 00/02!!0//1200210AA44/1 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 -1378_69_800 16 chr11.nib:1-125234658 241 255 15M1D8M * 0 0 CGTGGCCGGCGGGCCGAAGGCAT IIIIIIIIIICCCCIII?IIIII -1378_72_1612 151 chrY.nib:1-124295114 190342418 37 19M1I3M = 190342418 0 TCTAACTTAGCCTCATAATAGCT /<<!"0/4//7//00/BC0121/ XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_28_770 89 chr11.nib:1-134452384 72131356 37 16M1I5M = 72131356 0 CACACTGTGACAGACAGCGCAGC 00/02!!0//1200210AA44/1 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_56_324 153 chr2.nib:1-242951149 80324999 37 7M1I14M = 80324999 0 TTTAGCCCGAAATGCCTAGAGCA 4;?AA@@IE@GGI0110////00 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_69_800 16 chr11.nib:1-125234658 241 255 14M1D8M * 0 0 CGTGGCCGGCGGGCCGAAGGCAT IIIIIIIIIICCCCIII?!IIII +1378_72_1612 151 chrY.nib:1-124295114 190342418 37 18M1I3M = 190342418 0 TCTAACTTAGCCTCATAATAGCT /<<!"0/4//7//@@?BCIIIII XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22
--- a/test-data/sam_indel_filter_out3.sam +++ b/test-data/sam_indel_filter_out3.sam @@ -1,10 +1,7 @@ -081017-and-081020:1:6:774:1836 0 PHIX174 4973 37 26M1I9M * 0 0 GCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTTGGTTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII@III/IE;%II;I= XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:33C1 -081017-and-081020:1:6:1193:793 0 PHIX174 4971 37 27M1I8M * 0 0 CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGGTTGTTTT IIIIIIIIIIIIIII7IIIDIIIIIIII,=(>%II? XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 +081017-and-081020:1:6:774:1836 0 PHIX174 4973 37 26M1I9M * 0 0 GCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGTTTGGTTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII@IIIDIE;%II;I= XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:33C1 081017-and-081020:1:8:753:970 0 PHIX174 2974 37 29M1I6M * 0 0 GTGGCGCCATGTCTAAATTGTTTGGAGGCGGGTCAA IIIIIIIIIIIIIIII4IIIIII3I&IIIII*%%&' XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:35 -081017-and-081020:1:18:1164:1678 0 PHIX174 4971 37 27M1I8M * 0 0 CCGCTTAAAGCTACCAGTTATATGGCTGGTTGTTTT IIIIIIIIIIIIIIIIIIIII;IIII1I0I)II.I- XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 -081017-and-081020:1:20:754:1256 16 PHIX174 4772 37 4M1I31M * 0 0 CCCTGGCGGTGCATTTTATGCGGACACTTCCTACAG &II(IIIII3IIIII7II,IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:2A32 -081017-and-081020:1:24:1326:917 0 PHIX174 188 37 25M1D11M * 0 0 TTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAACCTGACGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII2/&II>'IEI XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:25^A3A7 -081017-and-081020:1:25:1466:511 16 PHIX174 1179 37 21M1D15M * 0 0 CTATTGACTCTACTGTAGACATTTTACTTTTTATGT :I<=IIIIII5IIGI5IIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:21^T15 -081017-and-081020:1:27:1267:1275 0 PHIX174 3716 37 28M1D8M * 0 0 TCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGCTCTTCT IIIIIIIIIIIIIIIII;IIIIIII87III%I(@I. XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28^G8 -081017-and-081020:1:94:1649:147 16 PHIX174 2755 37 15M2D21M * 0 0 TATACCGTCAAGGACTGTGACTATTGACGTCCTTCC 4IIIIII@I7IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:15^TG21 -081017-and-081020:1:95:74:43 0 PHIX174 4038 37 29M1I6M * 0 0 ATCGAGGCTCTTAAACCTGCTATTGAGGCTTTTTGG IIIIIIIIIIIIIIIIICI;8I,I>IIIIII1I%5& XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:31G3 +081017-and-081020:1:20:754:1256 16 PHIX174 4772 37 4M1I31M * 0 0 CCCTGGCGGTGCATTTTATGCGGACACTTCCTACAG &IIII(III3IIIII7II,IIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:2A32 +081017-and-081020:1:24:1326:917 0 PHIX174 188 37 25M1D11M * 0 0 TTCGCCATCAACTAACGATTCTGTCAAACCTGACGC IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIA/&II>'IEI XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:25^A3A7 +081017-and-081020:1:24:1567:1780 0 PHIX174 3716 37 28M1D8M * 0 0 TCATCAGCAAACGCAGAATCAGCGGTATGCTCTTCT IIIIIIIIIIIIIIIII;IIIIIII87IFII%I(@I. XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:28^G8 +081017-and-081020:1:25:1466:511 16 PHIX174 1179 37 21M1D15M * 0 0 CTATTGACTCTACTGTAGACATTTTACTTTTTATGT :I<=IIIIII5IIGI5IIIIAIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:21^T15 +081017-and-081020:1:94:1649:147 16 PHIX174 2755 37 15M2D21M * 0 0 TATACCGTCAAGGACTGTGACTATTGACGTCCTTCC 4IIIIII@I7IIIIDEIIIIIIIIIIIIIIIIIIII XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:1 XG:i:2 MD:Z:15^TG21
--- a/test-data/sam_indel_filter_out2.sam +++ b/test-data/sam_indel_filter_out2.sam @@ -1,1 +1,1 @@ -1378_69_800 16 chr11.nib:1-125234658 241 255 15M1D8M * 0 0 CGTGGCCGGCGGGCCGAAGGCAT IIIIIIIIIICCCCIII?IIIII +1378_56_324 153 chr2.nib:1-242951149 80324999 37 7M1I14M = 80324999 0 TTTAGCCCGAAATGCCTAGAGCA 4;?AA@@IE@GGI0110////00 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22
--- a/test-data/sam_indel_filter_in1.sam +++ b/test-data/sam_indel_filter_in1.sam @@ -1,15 +1,17 @@ -1378_28_770 89 chr11.nib:1-134452384 72131356 37 17M1I5M = 72131356 0 CACACTGTGACAGACAGCGCAGC 00/02!!0//1200210AA44/1 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_28_770 89 chr11.nib:1-134452384 72131356 37 16M1I5M = 72131356 0 CACACTGTGACAGACAGCGCAGC 00/02!!0//1200210AA44/1 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 1378_28_770 181 chr11.nib:1-134452384 72131356 0 13M2I6M1D5M = 72131356 0 TTGGTGCGCGCGGTTGAGGGTTGG $$(#%%#$%#%####$%%##$### 1378_33_1945 113 chr2.nib:1-242951149 181247988 0 23M chr12.nib:1-132349534 41710908 0 GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG PQRVUMNXYRPUXYXWXSOSZ]M XT:A:R CM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:163148 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 1378_33_1945 177 chr12.nib:1-132349534 41710908 0 23M chr2.nib:1-242951149 181247988 0 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA SQQWZYURVYWX]]YXTSY]]ZM XT:A:R CM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:163148 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 1378_35_263 115 chr16.nib:1-88827254 19671878 0 23M = 19671877 -1 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCT 77543:<55#"4!&=964518A> XT:A:R CM:i:2 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:4 X1:i:137 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 1378_35_263 179 chr16.nib:1-88827254 19671877 0 13M1I4M1I5M = 19671878 1 GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTC LE7402DD34FL:27AKE>;432 XT:A:R CM:i:0 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:265 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 +1378_35_469 4 * 0 0 * * 0 0 TTAAGGGGAACGTGTGGGCTATTTAGGCTTTATG BBB=?BBA?>;?=B=AA=;A@B>=;;>:A=?:?9 1378_51_1671 117 chr2.nib:1-242951149 190342418 0 24M = 190342418 0 CTGGCGTTCTCGGCGTGGATGGGT #####$$##$#%#%%###%$#$## -1378_51_1671 153 chr2.nib:1-242951149 190342418 37 16M1I6M = 190342418 0 TCTAACTTAGCCTCATAATAGCT /<<!"0///////00/!!0121/ XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_51_1671 153 chr2.nib:1-242951149 190342418 37 15M1I6M = 190342418 0 TCTAACTTAGCCTCATAATAGCT /<<!"0///////00/!!0121/ XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 1378_56_324 117 chr2.nib:1-242951149 80324999 0 24M = 80324999 0 TCCAGTCGCGTTGTTAGGTTCGGA #$#$$$#####%##%%###**#+/ -1378_56_324 153 chr2.nib:1-242951149 80324999 37 8M1I14M = 80324999 0 TTTAGCCCGAAATGCCTAGAGCA 4;6//11!"11100110////00 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_56_324 153 chr2.nib:1-242951149 80324999 37 7M1I14M = 80324999 0 TTTAGCCCGAAATGCCTAGAGCA 4;?AA@@IE@GGI0110////00 XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 1378_67_1795 81 chr16.nib:1-88827254 26739130 0 23M chrY.nib:1-57772954 57401793 0 TGGCATTCCTGTAGGCAGAGAGG AZWWZS]!"QNXZ]VQ]]]/2]] XT:A:R CM:i:2 SM:i:0 AM:i:0 X0:i:3 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 1378_67_1795 161 chrY.nib:1-57772954 57401793 37 23M chr16.nib:1-88827254 26739130 0 GATCACCCAGGTGATGTAACTCC ]WV]]]]WW]]]]]]]]]]PU]] XT:A:U CM:i:0 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 -1378_69_800 16 chr11.nib:1-125234658 241 255 15M1D8M * 0 0 CGTGGCCGGCGGGCCGAAGGCAT IIIIIIIIIICCCCIII?IIIII +1378_68_1186 4 * 0 0 * * 0 0 GTTAATAGGGTGATAGA AB/BC==CC%ACBC/CB +1378_69_800 16 chr11.nib:1-125234658 241 255 14M1D8M * 0 0 CGTGGCCGGCGGGCCGAAGGCAT IIIIIIIIIICCCCIII?!IIII 1378_69_1777 170 chrX.nib:1-59090954 59090793 37 23M chr16.nib:1-88827254 26739130 0 TATCAATAAGGTGATGTAACTCG ]WV]ABAWW]]]]]P]P//GU]] XT:A:U CM:i:0 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:23 -1378_72_1612 151 chrY.nib:1-124295114 190342418 37 19M1I3M = 190342418 0 TCTAACTTAGCCTCATAATAGCT /<<!"0/4//7//00/BC0121/ XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22 +1378_72_1612 151 chrY.nib:1-124295114 190342418 37 18M1I3M = 190342418 0 TCTAACTTAGCCTCATAATAGCT /<<!"0/4//7//@@?BCIIIII XT:A:U CM:i:2 SM:i:37 AM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:1 XG:i:1 MD:Z:22