[galaxy-dev] [hg] galaxy 1554: add shrimp_color_space mapping tool with funct...

20 Oct 2008

details:   http://www.bx.psu.edu/hg/galaxy/rev/e612b6609af9
changeset: 1554:e612b6609af9
user:      wychung
date:      Mon Oct 13 15:06:42 2008 -0400
description:
add shrimp_color_space mapping tool with functional test data.
add a new datatype called csfasta.
9 file(s) affected in this change:
datatypes_conf.xml.sample
lib/galaxy/datatypes/registry.py
lib/galaxy/datatypes/sequence.py
test-data/Ssuis.fasta
test-data/shrimp_cs_test1.csfasta
test-data/shrimp_cs_test1.out
tool_conf.xml.sample
tools/metag_tools/shrimp_color_wrapper.py
tools/metag_tools/shrimp_color_wrapper.xml
diffs (truncated from 40544 to 3000 lines):
diff -r 248627e7bd58 -r e612b6609af9 datatypes_conf.xml.sample

--- a/datatypes_conf.xml.sample	Mon Oct 13 14:55:13 2008 -0400
+++ b/datatypes_conf.xml.sample	Mon Oct 13 15:06:42 2008 -0400
@@ -8,6 +8,7 @@
     </datatype>
     <datatype extension="binseq.zip" type="galaxy.datatypes.images:Binseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
     <datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
+    <datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/>
     <datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream"/>
     <datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true">
       <converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/>
diff -r 248627e7bd58 -r e612b6609af9 lib/galaxy/datatypes/registry.py
--- a/lib/galaxy/datatypes/registry.py	Mon Oct 13 14:55:13 2008 -0400
+++ b/lib/galaxy/datatypes/registry.py	Mon Oct 13 15:06:42 2008 -0400
@@ -97,6 +97,7 @@
                 'bed'         : interval.Bed(), 
                 'binseq.zip'  : images.Binseq(),
                 'customtrack' : interval.CustomTrack(),
+                'csfasta'     : sequence.csFasta(),
                 'fasta'       : sequence.Fasta(),
                 'fastqsolexa' : sequence.FastqSolexa(),
                 'gff'         : interval.Gff(),
@@ -119,6 +120,7 @@
                 'bed'         : 'text/plain', 
                 'binseq.zip'  : 'application/zip',
                 'customtrack' : 'text/plain',
+                'csfasta'     : 'text/plain',
                 'fasta'       : 'text/plain',
                 'fastqsolexa' : 'text/plain',
                 'gff'         : 'text/plain',
diff -r 248627e7bd58 -r e612b6609af9 lib/galaxy/datatypes/sequence.py
--- a/lib/galaxy/datatypes/sequence.py	Mon Oct 13 14:55:13 2008 -0400
+++ b/lib/galaxy/datatypes/sequence.py	Mon Oct 13 15:06:42 2008 -0400
@@ -90,6 +90,38 @@
         except:
             return False
+class csFasta( Sequence ):
+    """ Class representing the SOLID Color-Space sequence ( csfasta ) """
+    file_ext = "csfasta"
+    
+    def set_peek( self, dataset ):
+        dataset.peek = data.get_file_peek( dataset.file_name )
+        count = size = 0
+        for line in file( dataset.file_name ):
+            if line and line[0] == ">":
+                count += 1
+            else:
+                line = line.strip()
+                size += len(line)
+        if count == 1:
+            dataset.blurb = '%d bases' % size
+        else:
+            dataset.blurb = '%d sequences' % count
+
+    def sniff( self, filename ):
+        """
+        Color-space sequence: 
+            >2_15_85_F3
+            T213021013012303002332212012112221222112212222
+        
+        TODO:
+            add sniff function
+        """
+        
+        return False
+        
+
+                
 class FastqSolexa( Sequence ):
     """Class representing a FASTQ sequence ( the Solexa variant )"""
     file_ext = "fastqsolexa"
diff -r 248627e7bd58 -r e612b6609af9 test-data/Ssuis.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Ssuis.fasta	Mon Oct 13 15:06:42 2008 -0400
@@ -0,0 +1,33460 @@
+>Streptococcus_suis
+ATGAACCAAGAACAACTTTTTTGGCAACGATTTATTGAATTGGCAAAGGTAAATTTTAAG
+CCATCTATTTATGATTTTTATGTCGCTGATGCAAAATTACTCGGAATCAACCAGCAAGTT
+GCCAATATTTTCTTAAATCGTCCATTTAAAAAAGATTTCTGGGAAAAAAACTTCGAAGAG
+TTAATGATTGCCGCTAGTTTTGAAAGCTACGGAGAGCCTCTTACCATCCAATATCAATTT
+ACAGAGGATGAACAGGAGATTAGGAATACTACAAACACAAGAAGTTCAATAGTTCACCAG
+GTACAGACACTTGAGCCGGCTACTCCTCAAGAAACTTTTAAACCGGTTCATTCTGATATA
+AAATCCCAGTACACCTTTGCTAATTTTGTACAAGGAGACAATAATCACTGGGCAAAGGCT
+GCAGCTTTAGCTGTATCTGATAACCTAGGTGAGCTCTACAATCCATTATTCATTTTTGGT
+GGTCCTGGTCTTGGAAAAACTCATATTTTAAATGCGATTGGAAATAAGGTTCTAGCCGAT
+AATCCCCAGGCAAGGATAAAATATGTCTCATCGGAAACATTCATCAATGAATTTTTAGAA
+CACCTCCGTCTCAATGATATGGAAAGTTTCAAAAAAACCTATCGCAATCTGGACTTACTT
+CTAATTGATGACATTCAGTCTCTCCGTAATAAAGCAACAACACAGGAAGAATTTTTCCAT
+ACTTTTAATGCGCTTCATGAAAAAAATAAGCAGATTGTACTCACAAGCGACCGTAATCCC
+GATCACTTAGACAATTTGGAAGAAAGACTAGTAACACGTTTCAAATGGGGGTTAACCAGT
+GAAATCACTCCACCTGATTTTGAAACACGTATCGCAATTTTACGTAACAAGTGCGAGAAC
+CTGCCTTACAACTTTACAAATGAGACGCTATCCTATCTAGCTGGGCAATTTGATTCGAAC
+GTACGTGACCTTGAAGGTGCCTTAAAAGATATCCATTTGATAGCCACTATGCGTCAACTG
+TCTGAGATAAGTGTCGAGGTTGCTGCTGAGGCTATTCGATCAAGAAAACAAACAAATCCA
+CAAAACATGGTTATTCCTATTGAGAAAATCCAAACCGAAGTGGGAAATTTCTACGGTGTC
+AGCTTGAAAGAATTAAAAGGTTCTAAGCGTGTTCAACATATCGTTCACGCGCGACAAGTT
+GCTATGTTTTTAGCACGTGAAATGACAGACAATTCCCTTCCAAAAATTGGGAAAGAATTT
+GGTAATCGAGACCATACAACCGTTATGCATGCATACAATAAAATAAAAACTCTCCTCTTG
+GATGATGAGAATTTAGAAATAGAGATTACCAGTATAAAAAATAAACTTCGTTAACCTGTG
+TATAACTTTTTTAAAAAACTCTGTTTTTTCCACAAGTTGTGAACAAGTTAATTTCCGCAG
+TTTTATTGGTCTTTCATCACTTTTCCACAGAATACACAGAGACTACTATTACTATTAACC
+TTATAGATAATAAATAAAGGAGAATCCATGATTCAATTTTCTATTAATAAAAATATATTT
+CTACAAGCACTTAGTATTACTAAACGGGCAATCAGTACAAAAAATGCTATTCCAATTCTT
+TCAACAGTAAAAATTACAGTAACTAGTGAAGGAATCACTTTAACTGGTTCAAATGGACAA
+ATCTCGATAGAACATTTTATTTCTATTCAAGATGAAAATGCAGGGCTTTTGATCAGTTCT
+CCAGGTTCCATTCTCTTAGAAGCTGGTTTCTTTATTAATGTCGTATCCAGTATGCCGGAT
+TTGGTCCTTGACTTCAATGAAATTGAACAAAAGCAAATCGTTTTGACAAGTGGTAAGTCT
+GAAATCACATTAAAGGGAAAAGAAGCAGAACAGTATCCTCGTTTACAGGAAGTTCCAACT
+TCAAAACCATTGGTGTTAGAAACCAAAGTATTAAAACAAACAATTAATGAAACAGCATTT
+GCAGCTTCTACACAAGAAAGTCGTCCTATTCTTACGGGTGTTCATTTTGTTTTAACAGAA
+AATAAAAATCTAAAAACTGTTGCAACAGATTCACACCGTATGAGCCAACGGAAATTGGTC
+CTTGATACCTCTGGTGATGATTTTAATGTTGTCATTCCAAGTCGTTCTCTCCGTGAATTT
+ACTGCAGTTTTTACAGATGATATTGAAACAGTAGAAGTCTTCTTTTCAAATAATCAAATC
+CTTTTTAGAAGCGAGCATATTAGCTTCTATACACGCTTATTAGAAGGTACCTACCCTGAT
+ACCGACCGCTTAATTCCAACTGAGTTTAAAACAACTGCAATTTTTGATACTGCAAATCTT
+CGTCACTCGATGGAGCGTGCTCGTCTTCTTTCAAATGCAACCCAAAATGGTACAGTAAAA
+CTAGAAATTGCTAATAATGTTGTATCGGCTCATGTAAATTCTCCAGAAGTTGGACGTGTG
+AATGAGGAATTAGATACTGTAGAAGTATCAGGTGAAGATTTAGTAATCAGCTTTAACCCA
+ACTTACTTGATAGAAGCATTGAAAGCCACAACTAGTGAACAAGTGAAAATTAGCTTTATC
+TCTTCTGTCCGTCCATTTACATTGATTCCAAATAATGAAGGGGAAGATTTTATTCAATTG
+GTTACACCAGTTCGTACCAACTAAATAATATTAAGAACGGCTAAACTAGCCGTTTTTATG
+TTATACTAAAAAATAGCACCTAGCTTATTTTTATATATTTAGTGATGGGGAATAAATGAC
+GTTATATATATTAGCTAATCCTAATGCTGGTAGCCATACTGCTGAACATATCATATTCAA
+AATAAAAGAAAGTTATCCACAGCTTGCAGTTAACATTTTTATGACAGTTGGTCCTGAGGA
+TGAAAAAAGTCAAATAGAGGCTATTTTAAAGGAGTTTGTCAGTAGTGAAGATCAATTAAT
+GATTTTAGGCGGAGACGGCACACTATCTAAAGCTTTGCGTTTTTGGCCAGCTAGTCTACC
+GTTTGCTTATTATCCAACAGGATCTGGAAATGATTTTGCTAAGGCAATGAATATAACATC
+GCTATATAGAAGTGTAGATGCCATTTTAGAGAGAAAAACAAGTCGGATATATGTTTTAAA
+CAGTTCATACGGAACGGTTGTAAACAGTATGGATTTTGGCTTTGCAGCTCAAGTTATCAA
+TGGTTCAACGAATTCAATTTTGAAAAAAATTCTGAACAAGGTAAAACTTGGGAAGTTAAC
+TTATCTATTCTTTGGTATTAAAACATTATTTTCAAAACAAGCTATAAACTTAGAATTAAC
+TCTTGATGAAAAATCTTATCAGTTAGATAATCTCTTTTTTATTTCTGTAGCAAATAGTCT
+TTATTTTGGTGGAGGAATCATGATATGGCCAACAGCAAGTGCTAAAAAGAAGGAAGTAGA
+TATTGTTTACTTCAAAAATGGAAATTTCTACCAACGTCTACAATCATTGTTAGCCTTATT
+AACGAAGAGGCATGAATCTTCTCATACGATTCAGCATTTAACAGGGGTAGATGTAGTTTT
+AAAATCAAAAGAAAAATTATTATTGCAAATAGATGGAGAGACATGCACTGCAAATGAGGT
+AACGTTAACCTATCAGGAAAGAAGTATGTATCTTTAAGGAGGAAGTATGTACCAATTAGG
+AACCTTTGTCGAAATGAAAAAGCCCCATGCCTGTGTCATCAAATCGACCGGAAAGAAGGC
+TAATAAATGGGAGGTTATCCGTCTAGGAGCGGATATTAAAATCCGCTGTACCAACTGTGA
+CCATGTCGTTATGATGAGCCGGCATGATTTTGAACGAAAAATGAAACAAGTTCTGCCAAG
+TGAAGCCTAGTTGACAGTTTGCAACTACTGGTTGCGAATTTTTCCTAAAAAGTGCTAGTC
+AACTGTTCCTTTCTAAACTATAATAGACTTAGAAAAAAGAGGAGGAAATGATCATGAAGC
+AGTTAGCACAGCAAATTCGAGTTTTACGCACAGCCAAGAACCTATCCCAAGATGAGTTGG
+CAGAGAAACTCTATATTTCCCGTCAGGCTGTTTCCAAGTGGGAAAATGGTGAAGCCACAC
+CAGATATTGACAAACTGGTCCAGCTGGCAGAAATCTTTGGTGTCAGTCTGGATTATCTGG
+TTTTAGGGAAAGAACCTGAGAAGGAAATTGTGGTGGAACAACGAGGAAAAATGAATGGTT
+GGGAATTCTTGAACGAAGAATCCAAACGACCTCTTACAAGAGGAGATGTTGTCCTTCTCA
+TTTTTCTTGCAGTTATGCTTTTAGGTGGATTATTTATTAAGCATTATTTTTAACGAAGCT
+TGCCAAACAGCAAGCTTTTTCTCTACTTTTCTGCTATAATAGTCATGATTGAATTTTTAA
+TTGGAGAGTAAAAAAAACATGTCTTTAACAGCAGGAATCGTCGGTTTGCCAAACGTTGGT
+AAATCAACCCTATTTAACGCAATTACCAAGGCAGGAGCAGAAGCTGCAAACTACCCTTTC
+GCAACTATTGATCCAAACGTCGGCATGGTAGAAGTGCCCGATGAGCGTCTGCAGAAGTTG
+ACCGAACTCATCATCCCTAAAAAGACAGTGCCAACGACTTTTGAATTTACTGATATTGCT
+GGTATCGTAAAAGGTGCTTCTAAAGGTGAAGGACTTGGAAATAAATTCTTGGCCAATATC
+CGCGAAGTTGATGCGATTGTCCACGTTGTGCGTGCCTTTGACGATGAAAATGTCATGCGT
+GAACAAGGCCGTGAAGATGCCTTTGTGGATCCAATCGCTGATATTGATACCATTAACCTA
+GAATTGATTTTGGCGGACCTAGAGAGCATCAACAAGCGTTATGCGCGTGTAGAAAAAATG
+GCCCGTACGCAAAAAGACAAAGATTCTGTCGCAGAATTTGCAGTTCTTGAAAAAATCAAA
+CCTGTCCTAGAAGACGGAAAATCTGCCCGCACAGTTGAGTTCACAGATGAAGAACAAAAA
+ATCGTTAAGCAACTCTTCCTCTTGACCACTAAACCCGTCCTCTATGTTGCCAATGTTGAT
+GAAGACAAGGTAGCAGATCCTGAGGCTATCAGTTATGTTCAGCAAATCCGTGACTTTGCA
+GCAACAGAAAATGCAGAAGTGGTGGTGATCTCTGCGCGTGCTGAAGAAGAAATTTCAGAA
+CTCGACGATGAAGACAAGGGCGAGTTTTTAGAAGCACTCGGATTAACAGAATCTGGCGTG
+GACAAATTAACACGTGCAGCCTATCACTTGCTTGGTCTAGGCACCTACTTTACAGCAGGG
+GAGAAGGAGGTTCGTGCTTGGACCTTCAAACGTGGTATGAAAGCTCCTCAGTGTGCAGGC
+ATTATCCATTCAGACTTCGAAAAAGGTTTTATCCGTGCCGTTACCATGTCATACGATGAT
+TTAATGACCTACGGCTCTGAGAAGGCTGTTAAAGAAGCAGGACGCCTTCGTGAAGAAGGA
+AAAGAGTACGTGGTTCAAGATGGGGACATCATGGAGTTCCGCTTTAACGTTTGATTGCTA
+AACTGTCCTTATTCTTCGTTGTTTTACCTTGCCATACCATCAGTATTGTCTGCGGTTTCA
+ACGCCTAGACTAAGAACAGTTTATCGCATCAAAGAGGATGATTACTTGGTTGGAAAGCTT
+TTTCCAGCCTTTTGGTATTTAAGGAGAAAAAATGACACGATTGATTATCGGTTTGGGAAA
+TCCCGGAGACCGCTATTTTGAAACAAAACATAACGTTGGTTTTATGCTGCTGGATAAGAT
+TGCTAAGCGTGAAAATGTGACCTTTAACCACGATAAGATTTTCCAAGCAGACATTGCCAC
+AACCTTTATTGATGGTGAAAAAATTTACCTGGTCAAACCAACGACTTTCATGAATGAATC
+AGGTAAGGCTGTCCATGCCTTAATGACTTATTATGGTCTGGATGCAACTGATATTTTAGT
+AGCTTATGACGACTTGGACATGGCTGTTGGAAAAATCCGTTTCCGTCAAAAAGGCTCAGC
+TGGTGGCCACAATGGTATCAAATCCATTGTCAAGCATATTGGAACACAGGAATTTGACCG
+TATCAAGATTGGTATTGGGCGTCCTAAAGGAAAAATGAGCGTTGTAAACCATGTCTTGTC
+TGGCTTTGATATAGAGGACCGTATTGAAATCGACTTAGCACTAGATAAACTTGACAAGGC
+TGTCAACGTATATCTCGAAGAAGATGATTTTGATACAGTAATGAGAAAGTTTAACGGATA
+ATGAATATACTCGATTTACTTCACAAGAACAAGCAAATCAATCAATGGCAGTCAGGATTG
+AATCAATCAACACGTCAGTTATTATTAGGACTATCTGGGACTAGTAAGTCACTTATAATG
+GCGACTGCCTATGATTGTTTGGCCGAAAAGATTATGATTGTGACTGCCACTCAAAATGAT
+GCTGAGAAATTAGTTGCAGATTTAACAGCCATTATTGGAAGTGAGAATGTTTACAACTTT
+TTTACAGATGATAGTCCTATTGCCGAGTTTGTTTTTGCATCAAAAGAACGGACTCAATCA
+AGGATTGACAGTTTAAATTTCTTGACAGATTCTACCAGTTCAGGAATTTTAGTTGCTAGT
+ATAGTTGCTTGTCGGGTCTTATTGCCGAGTCCTGAGACTTATAAAGGTTCTAAAATACAG
+CTTGAAGTTGGTCAAGAAATAGAAGTTGACAAACTTGTAAAGAACCTTGTCAACATCGGC
+TACAAAAAAGTGTCTCGTGTATTAACCCAGGGAGAATTTAGCCAACGAGGTGATATTCTA
+GATATTTTTGACATGCAATCAGAAACACCTTACCGAATAGAATTTTTTGGAGATGAGATT
+GATGGCATTCGTATCTTTGATGTTGACAGTCAAAAATCCTTAGAAAATCTAGACGAAATC
+TCGATCTCTCCAGCTTCCGATATCATTTTGTCTTCAGAAGACTATAGTAGAGCTAGCCAA
+TACATTCAGACAGCTATTGAACAATCGACTCTAGAGGAGCAACAGTCTTACTTACGAGAA
+GTCTTAGCTGATATGCAGACGGAGTACCGGCATCCAGATTTGCGTAAATTCTTGTCCTGT
+ATCTATGAACAATCATGGACATTGTTGGATTACTTGCCAAAGAGTTCTCCCTTATTTTTG
+GATGATTTTCATAAAATCGCTGATAAGCAGGCTCAATTTGAAAAAGAAATTGCAGACTTG
+TTGACAGATGATTTACAGAAGGGTAAAACAGTGTCAAGTTTGAAATATTTTGCCTCAACT
+TATGCTGAATTGAGAAAATACAAACCTGCCACCTTCTTTTCAAGTTTTCAAAAAGGTTTA
+GGAAATGTAAAGTTTGATGCTCTTTATCAATTCACACAGCATCCTATGCAGGAATTTTTC
+CACCAGATTCCACTGTTAAAAGATGAATTGACTCGGTATGCGAAATCAAACAATACCGTT
+GTTATTCAAGCGAGTTCTGATGTAAGTTTACAGACTTTACAGAAAAATTTACAAGAGTAT
+GATATCCATCTTCCAGTACATGCAGCAGATAAGTTAGTAGAAGGTCAGCAACAGGTTACG
+ATTGGTCAGTTAGCTTCAGGTTTTCATTTGATGGATGAGAAACTAGTTTTCATCACTGAA
+AAAGAGATTTTCAATAAGAAAATGAAGCGTAAGACACGTAGAACCAATATTTCTAACGCT
+GAACGTATTAAGGACTATAGTGAATTAGCAGTTGGTGACTATGTTGTTCACCATGTTCAT
+GGTATCGGTCAATACTTAGGAATTGAGACTATTGAAATTTCAGGCATTCATCGTGATTAT
+TTAACGGTTCAATATCAAAACTCCGATCGCATTTCTATTCCTGTAGAACAAATTGATCTT
+CTCTCCAAATACTTAGCGTCCGATGGGAAAGCTCCAAAAGTTAATAAACTAAACGATGGC
+CGGTTCCAACGAACCAAGCAAAAAGTTCAGAAGCAAGTGGAGGATATTGCAGATGATTTG
+ATTAAGCTTTATGCGGAGCGTAGTCAGCTGAAAGGCTTTGCCTTTTCACCTGATGATGAA
+AATCAAGTTGAATTTGACAACTACTTTACACACGTGGAAACCGATGACCAACTCCGTTCC
+ATTGATGAAATCAAAAAAGACATGGAAAAAGACTCTCCAATGGACCGTCTGTTAGTAGGA
+GATGTCGGATTTGGTAAGACAGAGGTAGCCATGCGCGCTGCTTTCAAAGCAGTCAATGAT
+GGCAAGCAAGTAGCTATTCTTGTACCTACGACTGTTTTAGCCCAGCAACACTATGCTAAT
+TTCCAAGAACGGTTTGCAGAATTTCCCGTCAATGTGGATGTTATGAGTCGTTTTAAAACA
+AAGGCAGAGCAGGAAAAAACACTTGAGAAGTTGAAAAAAGGCCAAGTTGACATCTTGATT
+GGTACCCATCGCCTTCTATCAAAAGATGTTGTTTTTGCTGATTTAGGTTTACTGGTTATT
+GACGAAGAGCAACGGTTTGGTGTCAAGCATAAGGAACGCTTGAAGGAACTGAAAAAGAAA
+ATAGATGTCCTAACCTTGACTGCAACTCCGATTCCTCGGACATTGCAAATGTCCATGCTG
+GGAATCCGCGACTTATCAGTAATTGAGACTCCACCGACAAATCGCTATCCTGTACAAACT
+TATGTGATGGAAACAAATCCTTCCGTTATCCGAGATGCAATGCTTCGAGAGATAGATCGC
+GGAGGTCAGGTTTACTATCTTTACAATAAAGTTGATACCATTGAACAGAAAGTGTCTGAA
+TTAAAAGAATTGGTTCCAGAAGCTACTATAGGATACGTCCATGGACAAATGTCGGAGATC
+CAATTAGAAAATACTCTCTATGCTTTTGTAGAGGGTGAATATGATATTCTAGTGACCACA
+ACAATCATCGAAACAGGTGTTGATATTCCAAATGCTAATACACTGTTTATTGAAAATGCA
+GATCATATGGGACTGTCAACTCTTTATCAACTTAGAGGACGTGTTGGCCGTTCCAGTCGG
+ATTGCCTATGCCTATCTCATGTACCGTCCAGACAAGTCCTTGACAGAAGTAGCTGAAAAA
+CGTTTGGAGGCAATCAAGGGCTTTACAGAACTAGGATCAGGTTTCAAGATTGCCATGCAA
+GATTTGTCCATTCGTGGTGCGGGAAATATTTTAGGTGCTGCTCAGTCAGGTTTTATTGAT
+TCTGTGGGATATGAGATGTATTCACAATTGCTGGAACAAGCTATCTTGGAAAAACAAGGT
+AAGGCAACCCAACGTCAGAAGAGTAATTCCGAGGTCAATTTACAGATTGATGCCTATTTA
+CCAAGTGATTATATTGGTGATCAGCGACAAAAAATTGAAATTTACAAGCGTATAAAGAAT
+ATTGACAGTCGTGTCAACTATCAAGAATTGCAAGAAGAATTGATTGACCGTTTTGGAGAG
+TATCCTGATGTAGTAGCCTACTTGCTTGAAATCGGTCTACTGAAGTCATTTTTAGACCAA
+GTTTTCTGTCATACAGTTCTTAGACGACAACATCAAGTGACAGTAACATTCGAACCTATG
+GCTGGTCAAATTTTCCTAACGCAAGATTACTTTGAAGCTTTATCTGTGACAAATTTGAAA
+GCTCAGATAACGGAAAATAAAGGAAAACTAGCTGTTGTGTTTAACATTCAACAGAAAAAA
+GAATATGAAATATTAGAGGAATTGATTTCTTTTGCCGAAAAATTAAAAGAAATTAAAGCA
+AGGAAGGCAGAATAAATTTCTCAAATACCTTGAAAAATGGTAAAATAATGAACTGAGGTA
+AAGTATGAGACTAGATAAATATTTGAAAGTATCCCGCATTATCAAGCGTCGAACAGTTGC
+GAAGGAAGTTGCCGATAAAGGACGAATAAAAGTCAATGGGATTTTGGCGAAATCTTCAAC
+AGATTTAAAAGTAAATGATCAGGTTGAAATCCAATTTGGTAATAAACTACTCACTGTAAA
+AGTACTTGAAATGAAAGATTCGACTAAAAAAGAAGACGCACTGAAAATGTATGAAATTAT
+CAGTGAAAAAAGGATAGAAAAAGATGAAGAAATCTAAAATTCTACAACTGAATAATGCCT
+TTATTCAGTCGGAGCGTAAAAAAACTCAGCATCAATTGGCAGAACGCCAACAAAAAAATC
+GTTTTATGGGTGCAATTCTCATTCTAGTTATCTTTCTTTTTATGTTGCCTGCCTATAATC
+TTGTTGGGACTTACACTAATATTCAGCAGCAGGAAAAGAAACTTGCTGAATTGGAAAAAA
+ATTACGAAGAACTGACCAAAGAACAGAAGCAGGAAGCAGAGATGGTTGCAAAATTGAAAA
+ATGAGGAATACGCAGCAAAGTATGTTCGGGCTAAGTATCAATACTCTAAAGAAGGGGAAT
+TTGTCTACAATATTCCAGGGTTACCAAAATGACCGAATCTATTTTTAAAATTGTAGAGCA
+ATTTTTACAGCATTCTGATGAAAAATTAGAAGAGTTGAATCAAAAGAATAGAGAATTAAA
+GTTAGAAGAAAATGAATCGTAGAAAGGAGGGAGTATGCAGAAAAAACTGCTCGTATGGTT
+ATTGCCAGTTTTATTTGGATGGCAGGTGGTCGATAGTACAGAAATACCATTTGAACTCAC
+AGCGCAAGAAGAATACGAATTGACTCATACTATCTATGATCAGTATTTTCAAACTATCCC
+TCAAAACCCAAATGTTTTTCAAACTGAGAATCTTTATTCGGATGAAGAATTGACTATAGC
+AGGTGGACAATTACAGCCGAACCAACATTTTTCTATTACGGATGTTCTAGTCAATAGCAA
+AAAAGAATTGGTTTTCCAAATAGATGACAAGGGTTACATTCTTGCAAGTAGGCATCTACT
+ATTTGATGATGTAATTGTTACAGAAACTACTGTTGAGCAAACTTATTGGACAAAAAAAGG
+TTTCACATTGTTAACCTCACCAATTGCTAACGAAGCTACGGAAATAAAAAATGATTTACA
+ACCCTATCAAGCTGTTATGGTTTCTAAAATTGTGACAACTTCCCTAGGTGATTTTGCCTA
+TGTTACAGATAAAGGTTGGATTGCAGTAAATAATCTTTCTAAAACGGATAATAGAGTAGA
+AGCCGTTCAAGAGTTGTTGACTAACAAATATTCCAAAGATACTATTGGTATATATGTGAA
+ACAATTGTCAACAGGTCAAACTGCAGGTGTAAATCAAGAGAAACTATTCTATTCTGCCAG
+CATTGCTAAACTACCAATTCTTTATTACGTTCAAGAGCAACTGAATGCTGGATATATTGA
+TTTGACTACTAAAGTGAAATATACAGCCGAATCTATATCCTTCCCAGGAGCTTATGTTGC
+TGGAGGAAGTGGTTCACTGTCAAAAACTCCTGACAACAAAGATTATTCAGTGGAAGAATT
+GATCAATAAGACTGCTAAAGAGTCAGATAATGTAGCTAGTAATTTACTTTCTTATTATGT
+AGCTAATAAATTCGATTCTAATTTTTATCAAGTAATAACTGCTAAAACAGGTAGTGAGTG
+GAGTATGGTTACACGTGAAACTTCAGCTGAGATTGCAGGGAAAATGATGGAAGCCTTATA
+TATTCAAAATGGCTATGTGCTAGAAAGTTTGTTATCTACTCAATTTGATAATCAACGTAT
+TTCGAAAGACATCTCAGTTCCAGTTGCTCATAAAATTGGCGATGCAGACGATGTCAAACA
+CGATGTAGCGATTGTTTACGCAGGGTCTCCCTTTGTTTTATCTATTTTTACAGATAAATC
+AAATTATGATGAGATTACACAAATTGCAAATGATATTTACAGGATTTTAAAGTAAATGAA
+AGATAGATTTTTAAAAGTGACACTGGATGGTCACTTTTTTGATAAACATAAGAAAGTACT
+AGTAGCCGTATCTGGTGGGTTAGATTCTATGAACCTATTCCATCTTTTATACGAATGCAA
+ACAAGTGTTAGGGATTGAACTTGGAATTGCTCATATTAATCATGGACAGAGAGAAGAATC
+TGTCATTGAGGAAAAATATCTTAGACAGTTAGCAGAAGAAAGTAATGTTCCCTTTTATCT
+GTCCTATTTTGAAGGTGTTTTTTCAGAAGAAGCGGCGCGAAAATGGCGTTATGGATTTTT
+TGCTACAATCATGGAGAAGGAAGGCTACACTGCACTAGTGACAGCCCACCATGCAGATGA
+TCAAGCAGAAACTGTCTTTATGCGATTGATTAGAGGCGGGCGTTTACGTCACTTATCAGC
+AATTCAACCGACTCAGCCTTTTGCAACAGGGGAACTTATTCGACCACTTTTATCTTTTAA
+AAAGGCAGATTTTGAAAAGCTATTTCATTTTGAAGATTGCAGCAATGCAGATTTCAAATA
+TTTTCGAAATAGAGTCAGAAATGACTATTTACCAAAGTTAAAACAGGAAAATCCTAAAAT
+CGAACTTACTCTCAATAATCTTGCAGTTGATACAAATAATCTATTTCAAGCGCTAAGAGA
+TTTGACACAGGATTTATCCGTTACAGATGTGATGAGTTTTCAACAACAGACACCTGCGGT
+ACAAAGTTATCTATTAGAGGAATATTTGGAAAAATTTCCTGATTTACAGCTCTCTCGTCC
+ACAATTTAATGAAGTATTACACATCTTGCGTTCAAAAGCTAACTACTATCATTTATTGAA
+AAATGATTACATGCTAGAAAAGGATTATCATCGTTTTCAAATTTATAAAATAGGACCAGA
+GACGGATAGTCAACCAGAAAAAATCATGATAGAATCAGAGGGGATTTTTTCTTACGGTTC
+ATATATTTTTTCTCTCAATCATCCTTTGGAAGAAGCGGATAGTATTTTATATTTTCCTAC
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