Bonjour,
Nous menons un projet dans notre laboratoire qui vise à annoter une liste de SNPs se trouvant dans l'ADN non-codant résultant de GWAS réalisée au sein de notre laboratoire. Nous aimerions identifier le plus de caractéristiques possibles pour les régions chromosomiques dans lesquelles se situent ces SNPs (annotations putatives ou validées). Nous avons déjà lu des publications sur Galaxy et GalaxyENCODE, nous avons aussi cherché des requêtes similaire sur la FAQ mais n'avons trouvé aucune demande datant de 2013, ors de nouveaux outils ont vu le jour récemment et nous aimerions avoir des information sur les derniers ajouts a Galaxy.
Notre question est:
-Quels sont les outils disponibles dans Galaxy qui prennent en entrée une liste de SNPs non-codant (ou régions d'ADN) identifiés dans nos GWAS et donne en sortie les caractéristique des régions ADN sur lesquelles se situent ces SNPs (annotations telles que la modification des histones, les sites de liaison aux facteur de transcription, et autres caractéristiques de l'ADN non-codant)?
Nous n'avons pas trouvé d'option de recherche sur Galaxy qui nous permet de rechercher des outils par mots-clés liés à leur fonction ou leur options. Si jamais cela était possible, merci de nous indiquer à quel endroit cette recherche peut être effectuée.
Merci beaucoup pour le temps que vous nous accorderez,
Bien cordialement,
Sultana
The Center for Neurogenomics and Cognitive Research De Boelelaan 1085
1081 HV Amsterdam The Netherlands