Hi all,
Thank you for these elements of response, I will try to explain in English ...
The number of users "expected" is ~ 15, simultaneously must be provided 4-5 person.
This server will be calculating, analysis of targeted exome (NGS mapping, annotation of variants), to perform the analysis of small projects (small workflows, unique tool).
This Galaxy server is connected to other computing servers (2 servers linux 2x8 cores). An internal database will be accessible from Galaxy.
This deployment is to avoid consuming too much time in software development ...
Using a cluster is mandatory? In fact we are a small structure and a cluster requires hiring a dedicated computer engineer (which will increase budget ...)
Thank you again for your help
Antoine
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De: Christophe Caron [mailto:christophe.caron@sb-roscoff.fr] Date: mer. 08/01/2014 22:40 À: Dave Clements; Antoine ROUSSELIN Cc: galaxy-france@lists.bx.psu.edu Objet : Re: [Galaxy-france] Configuration Serveur Galaxy
Bonsoir,
pour compléter le message de Dave, cela va dépendre évidemment du contexte.
Il faudrait disposer de plus d'informations sur les usages prévus (nombre d'utilisateurs simultanés, etc.) et de l'architecture (connexion à des ressources calcul externes, base de données externaliser ou pas, etc.) pour préciser les choses.
Dans le cas où le serveur n'effectuera pas les calculs, le nombre de coeur a surtout son importance si les étapes des workflows sont nombreuses, et si on en lance simultanément un nombre conséquent. Si les traitements se font en local, cela renforce évidemment ce point.
Galaxy ne consomme pas énormément de mémoire en tant que tel.
Ensuite, on pourrait discuter des I/O, connexions au SGBD...
Voilà pour ma courte contribution.
Le 08/01/2014 18:23, Dave Clements a écrit :
Hi Antoine,
First, I apologize for the response in English. I am hoping that your English is orders of magnitude better than my French.
Although this question gets asked a lot, there is no definitive answer. It all depends on the type of analysis and the number of users.
The best places to look for answers are:
The Galaxy Deployments Catalog https://wiki.galaxyproject.org/Community/Deployments This describes how Galaxy is deployed at different institutions. (And if you deploy Galaxy locally, I strongly encourage you to describe your instance here)
The GalaxyAdmins Survey https://wiki.galaxyproject.org/Community/GalaxyAdmins/SurveyResults This is now two years old, but it contains a lot of great information.
Espérons que cette aide,
Dave C
2014/1/7 Antoine ROUSSELIN a.rousselin@baclesse.fr
Bonjour à tous,
Notre structure aimerait se doter d'un serveur dédié "Galaxy" pour une installation en locale. D'après vous quelle est la meilleure configuration ?
Par exemple, le société BioTeam propose :
- INTEL® XEON® E5 PROCESSORS (16 CORES)
- 384 GB RAM
- 100GB SOLID STATE DRIVE
-16TB INTEGRATED HIGH-SPEED STORAGE
Merci d'avance pour votre aide
Antoine
Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Pour rechercher des listes de diffusion Galaxy utiliser la recherche unifiée à l'adresse: http://galaxyproject.org/search/mailinglists/
Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
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Christophe Caron
Station Biologique / Service Informatique et Bio-informatique Place Georges Teissier - CS 90074 29688 Roscoff Cedex
Analysis and Bioinformatics for Marine Science http://abims.sb-roscoff.fr/
christophe.caron@sb-roscoff.fr
tél: +33 (0)2 98 29 25 43 / +33 (0)6 07 83 54 77