Bonjour à tous,
En guise d'introduction dans la communauté Française Galaxy, je vous propose de vous présenter ainsi que votre travail avec Galaxy via un mail à la liste de diffusion.
Pour une meilleure lisibilité, taguer l'objet de votre mail avec le tag [PRESENTATION] Prénom Nom - Laboratoire.
J'ouvre donc les hostilités:
Je m'appelle Alban Lermine et je travaille à l'Institut Curie sur la plate-forme de Bioinformatique en tant que data-manager pour les données de grand séquençage. Nous travaillons avec Galaxy depuis Juin 2011 et nous avons à l'heure actuelle trois instances de Galaxy installées:
- Un serveur local de développement - Un serveur local de production - Un serveur public dédié à l'analyse de données type ChIP-seq (http://nebula.curie.fr)
Nous utilisons Galaxy pour l'analyse mais aussi pour le management des données. Une de nos motivations dans l'utilisation de Galaxy est de mettre à disposition pour chacun (bioinformaticien comme biologiste) le panel d'outils le plus fourni possible (outils publiés et largement utilisés - outils développés en interne).
Nous disposons aujourd'hui d'outils pour différents types de données (principalement Exome-seq, ChIP-seq et RNA-seq), mais nous continuons de diversifier notre panel avec entre autre (en dev) des outils pour l'analyse des petits ARN ainsi que des outils orientés diagnostiques.
Depuis quelques mois, nous mettons à disposition via le toolshed certains de nos outils développés en interne:
- SVdetect (Bruno Zeitouni) - Permet la détection de réarrangements inter et intra chromosomaux. - GFAP (Romain Daveau) - Pour l'annotation génomique et fonctionnelle des variants (type SNP,indels) - Nebula (Valentina Boeva) - Suite d'outils pour l'identification de sites de fixations de facteurs de transcription / l'annotation des experiences de ChIP-sequencing - Upload local file (Moi) - Permet d'uploader des fichiers dans Galaxy sans passer par un upload via le réseau
Nous souhaitons continuer dans cette voie de partage (d'outils comme de connaissances), c'est pourquoi j'essaierais d'être le plus actif possible au sein de la communauté.
A très bientôt,
Alban