13 Sep
2012
13 Sep
'12
6:04 a.m.
Bonjour,
J'ai préféré de mon coté implémenter un outil qui fait une copie de la donnée demandée par l'utilisateur dans un répertoire précis (accessible à l'utilisateur) en limitant la taille possible du répertoire (pour éviter trop de copies de données) et la syntaxe du nom de fichier de sortie (pour des problèmes de sécurité). Cela permet d'éviter les problèmes de liens symboliques cassés et de modifier les xml qui sont du coup plus difficiles à distribuer.
Si ce code vous intéresse, je peux vous envoyer le code shell et le xml correspondant.
Bonne journée
Fabien
--
Fabien Mareuil | Centre d'Informatique pour la Biologie
fabien.mareuil@pasteur.fr | Institut Pasteur
25,28 rue du Docteur Roux 75015 Paris, France
> Le 12 sept. 2012 à 15:36, Alban Lermine alermine@curie.fr a écrit :
>> <!-- Attribution d'un label "parlant" à notre output-->
>> <data format="txt" name="output" label="${file_name}"/>
>> </ouputs>
> Super, ça s'éloigne du sujet initial mais je trouve que ça va bien aider
à
> s'y retrouver dans les histoires.
> Next step : faire qu'un label soit passé de job en job dans un workflow
... ;-) afin de visualiser plus facilement les résultats de ce workflow
(une sorte de préfix qui se rajouterait sur tous les labels de datasets
générés par un workflow - sans avoir à éditer le workflow complet à
chaque
> fois évidement !)
> Chris
> ---
> Christophe Antoniewski
> Drosophila Genetics and Epigenetics
> Laboratoire de Biologie du Développement UMR7622
> CNRS Université Pierre & Marie Curie
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