Bonjour Alois,
Nous avons pas mal travaillé sans succès pour inclure miRdeep2 dans notre serveur (http://134.157.184.144/galaxy)... et finalement mirdeep* est sorti qui lui s'est beaucoup mieux laissé emballer dans du xml... Ce n'est pas encore en configuration de production mais, mais passe me voir (je vois que tu n'es pas loin à ton mail ?) et je te montrerai directement. Note : mirdeep* est un dérivé amélioré de mirdeep2. Voir An, J., Lai, J., Lehman, M.L., and Nelson, C.C. (2013). miRDeep*: an integrated application tool for miRNA identification from RNA sequencing data. Nucleic Acids Res. *41*, 727-737.
Christophe
Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biologie du Développement 9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24 75252 Paris Cedex 05 http://bio-dev.snv.jussieu.fr/
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Le 14 mars 2014 16:53, Alois GARAUD alois.garaud@crc.jussieu.fr a écrit :
Bonjour,
Je cherche à analyser des données de séquençage de miRs. Je cherche à utiliser miRdeep2. Il est présent sur Galaxy Tool Shed ( http://galaxy-contrib.genouest.org:9009/repository? repository_id=430d510d851ae816). Mais je n'arrive pas à l'utiliser pour mes données. Comment dois-je procéder?
Merci beaucoup
Aloïs
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