Bonjour,
Voici une offre de stage M2 PRO.
*_Contexte :_*
Mathématique, Informatique et Génome (MIG) est une unité de l'INRA de Jouy-en-Josas qui regroupe des mathématiciens, des informaticiens, des physico-chimistes et des biologistes autour de l'analyse des génomes. MIG héberge la plateforme bioinformatique MIGALE, qui regroupe un ensemble de ressources dédiéees à la bioinformatique. MIGALE a ainsi installé le gestionnaire de workfl ows Galaxy et cherche à y intégrer progressivement des pipelines utilisés dans l'analyse de données de type "Next-Generation Sequencing".
_*Travail à réaliser :*_
Le stagiaire devra intégrer des pipelines existants ou en cours de développement dans Galaxy. Ces work flows concernent l'assemblage de données de type NGS et l'annotation de génomes bactériens. Cela implique l'intégration d'outils developpés dans le laboratoire dans Galaxy ainsi que la mise à disposition de cette intégration via le tool-shed Galaxy. Pour faciliter la communication et l'échange de données avec les autres outils du laboratoire (plateforme d'annotation de génomes Agmial, . . .), il sera envisagé d'utiliser l'API REST de GALAXY.
_*Pré-requis :*_
Interêt dans les problématiques abordées : NGS, assemblage et annotation de génomes bactériens, workflows bioinformatiques. Connaissances en Python/Perl.
_*Contacts :*_
* Valentin Loux : valentin.loux@jouy.inra.fr * Sandra Derozier : sandra.derozier@jouy.inra.fr
_*Références :*_
* MIG http ://mig.jouy.inra.fr * MIGALE http ://migale.jouy.inra.fr * Galaxy http ://galaxyproject.org/