Bonjour à tous,
Je me présente, je m'appelle Fabien Mareuil et je suis Ingénieur
Bioinformaticien au Centre
d'Informatique pour la Biologie de l'Institut Pasteur
(
http://www.pasteur.fr/ip/easysite/pasteur/fr/recherche/Centre-Informatiqu...).
J'ai en charge la maintenance et le support de 4 instances Galaxy
dédiées à 4 plateformes de l'Institut Pasteur. De même, je travaille sur
des projets liés à Galaxy et au cloud computing (Amazon,
StratusLab).
Nous disposons actuellement de :
-4 instances Galaxy en accès privé permettant le lancement de
programmes sur un cluster SGE.
-Une instance Toolshed
-Une instance locale de développement
Nous avons commencé à utiliser galaxy en 2011.
Nous avons notamment installé et adapté à notre système les outils
disponibles dans Nebula (
http://nebula.curie.fr/).
Les Bioinformaticiens des différentes plateformes et moi-même
intégrons régulièrement de nouveaux outils développés soit en interne soit en
externe (Bowtie2 par exemple en attendant la version officielle).
Nous travaillons actuellement à l'intégration dans le code de galaxy d'un
système permettant de gérer plus facilement module
(
http://modules.sourceforge.net/) utilisé sur de nombreux clusters pour la
gestion des versions de programmes.
La mise en place d'une instance unique pour l'ensemble de l'Institut
Pasteur est aussi à l'étude.
Comme dit par d'autres, Galaxy et cette communauté est une grande
opportunité pour s'échanger bonnes pratiques, savoir-faire et
connaissances aussi bien au niveau outil que système.
A bientôt,
Fabien
--
Fabien Mareuil | Centre d'Informatique pour la Biologie
fabien.mareuil(a)pasteur.fr | Institut Pasteur
25,28 rue du Docteur Roux 75015 Paris, France