Bonjour à tous,
Je me présente, je m'appelle Fabien Mareuil et je suis Ingénieur Bioinformaticien au Centre d'Informatique pour la Biologie de l'Institut Pasteur (http://www.pasteur.fr/ip/easysite/pasteur/fr/recherche/Centre-Informatique-p...).
J'ai en charge la maintenance et le support de 4 instances Galaxy dédiées à 4 plateformes de l'Institut Pasteur. De même, je travaille sur des projets liés à Galaxy et au cloud computing (Amazon, StratusLab).
Nous disposons actuellement de : -4 instances Galaxy en accès privé permettant le lancement de programmes sur un cluster SGE.
-Une instance Toolshed
-Une instance locale de développement
Nous avons commencé à utiliser galaxy en 2011.
Nous avons notamment installé et adapté à notre système les outils disponibles dans Nebula (http://nebula.curie.fr/). Les Bioinformaticiens des différentes plateformes et moi-même intégrons régulièrement de nouveaux outils développés soit en interne soit en externe (Bowtie2 par exemple en attendant la version officielle).
Nous travaillons actuellement à l'intégration dans le code de galaxy d'un système permettant de gérer plus facilement module (http://modules.sourceforge.net/) utilisé sur de nombreux clusters pour la gestion des versions de programmes.
La mise en place d'une instance unique pour l'ensemble de l'Institut Pasteur est aussi à l'étude.
Comme dit par d'autres, Galaxy et cette communauté est une grande opportunité pour s'échanger bonnes pratiques, savoir-faire et connaissances aussi bien au niveau outil que système.
A bientôt,
Fabien
galaxy-france@lists.galaxyproject.org