Bonjour à tous,
Je m'appelle Olivier Inizan et je travaille à l'Unité de Recherche en
génomique info de l'INRA de Versailles (
http://urgi.versailles.inra.fr/)
où je m'occupe des aspects développement logiciel liés aux chaînes de
bioanalyse (pipelines & workflows).
Nous disposons actuellement de deux type d'instances Galaxy:
-Un serveur de production avec des accès publics et des accès privés
(
http://urgi.versailles.inra.fr/galaxy)
-Des instances locales de développement
Nous avons débuté le développement en 2010 avec l'intégration d'un
pipeline de détection de SNP et d'indels (MAPHITS:
http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/MAPHiTS).
Une boîte à outils dédiée à l'analyse de données RNA-Seq à également été
intégrée (S-MART:
http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart).
Nous travaillons actuellement, dans le cadre du projet AppliBio, et en
collaboration avec d'autre plateforme d'Ile de france, à la mise au point
de divers pipelines (analyse d'expression différentielle, détection de
petits ARN).
Nous envisageons également la mise à disposition dans le ToolShed de ces
outils, mais actuellement le temps nous manque ...
Galaxy me parait être un outil puissant pour la mise à disposition et le
partage des outils et des données.
L'ambition accessibilité/reproductibilité/transparence affichée par
l'équipe Galaxy, la constitution d'un environnement d'analyse intégré, le
rapprochement des différents acteurs des disciplines (informatique,
bioinformatique et biologie), tous ces aspects me paraissent cruciaux et à
expérimenter.
Et la communauté française Galaxy est un lieu possible pour justement,
expérimenter :)
A très bientôt,
Olivier
--
Olivier Inizan
Unité de Recherche en Génomique Info
INRA URGI - Bat 18
Route de Saint Cyr,
78026 Versailles
oinizan(a)versailles.inra.fr
01 30 83 38 25