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Dave C.
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From: <abarre(a)u-bordeaux2.fr>
Date: 2013/11/7
Subject: [bioinfo] Stage Master2 "Annotation du transcriptome de
l’esturgeon"
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Sujet : Première annotation du transcriptome de l’esturgeon européen
(Acipenser sturio)
L’esturgeon européen est une espèce en danger critique d’extinction. La
dernière population sauvage vit actuellement dans le bassin versant de la
Gironde. La surpêche, la destruction des zones de frayères, la construction
de barrages … ont sans doute historiquement contribué au déclin de cette
espèce. L’impact de la pollution des eaux et du réchauffement climatique
sur la dynamique de la population n’a jamais été étudié. Ces facteurs
pourraient compromettre la reconstitution des effectifs de cette espèce en
Gironde et dans d’autres estuaires européens.
Un ambitieux projet de recherche financé par L’Agence National de la
Recherche (ANR CESA) et la région Aquitaine a été récemment lancé pour
étudier la vulnérabilité et l’adaptabilité de l’esturgeon européen à la
pollution, à l’hypoxie et à la l’hyperthermie (projet SturTOP). Il est
prévu notamment d’étudier les réponses biologiques de larves d’esturgeon
soumises à des stress multiples d’ordre chimique, thermique ou hypoxique
afin de déterminer précisément leur gamme de tolérance à ces facteurs. Le
séquençage et l’analyse du transcriptome des larves d’esturgeon européen
doit permettre d’identifier les gènes exprimés à ce stade de développement
et de caractériser les séquences traduites.
Quatre échantillons de larves provenant de deux couples de géniteurs ont
été soumis à un séquençage haut débit (RNA-Seq) de type Illumina GAIIx. Les
séquences obtenues feront l'objet d'un assemblage ab initio car il n'existe
pas de génome de référence. A la suite de cet assemblage le principal défi
est d'annoter les séquences obtenues.
Le stage proposé se situe dans cette dernière étape et vise à définir et
mettre en place des méthodes bioinformatiques permettant de réaliser
l'annotation fonctionnelle des séquences. En liaison avec les biologistes,
le candidat devra analyser précisément les besoins, réaliser un cahier des
charges, proposer et mettre en œuvre une solution logicielle intégrée
répondant à la demande.
La solution mise en œuvre pourra être intégrée sur la plateforme web GALAXY
(
http://galaxyproject.org/) du CBiB afin de permettre aux biologistes de
visualiser et de valider les résultats obtenus.
Ce stage est susceptible de faire appel aux concepts et langage de
programmation suivants : base de données, python, interface web, shell
script, perl.
Le stage sera réalisé au sein du Centre de de Bioinformatique de Bordeaux
(CBiB –
http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/). Cette plate-forme scientifique et
technologique située sur le campus de l'Université Bordeaux Segalen (campus
Carreire) est adossée à l'équipe MaBioVis du LaBRI (UMR 5800). Elle
regroupe des compétences d'ingénieurs et de chercheurs entre autre dans le
domaine de l'analyse de séquences NGS et de la comparaison des génomes.
Durée du stage : 6 mois
Début du stage : mars 2014
Rémunération : application de la convention pour la rémunération des
stagiaires
Laboratoire d'accueil :
Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
Plateforme Génomique Fonctionnelle de Bordeaux (CGFB)
Université Bordeaux Segalen
146 Rue Léo Saignat
33076 Bordeaux - France
Les candidatures ou demandes de renseignement sont à envoyer en format
électronique à: Aurélien BARRE (abarre(a)u-bordeaux2.fr)
--
http://www.sfbi.fr
Archives :
http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
http://galaxyproject.org/
http://getgalaxy.org/
http://usegalaxy.org/
http://wiki.galaxyproject.org/