Hello all, Saw this on Bioinfo. Dave C 2013/1/11 <helene.reynier-legeron@pasteur.fr>

Ingénieur Bio-informaticien -H/F-

L’Institut Pasteur, fondation privée de 2500 personnes contribue à la prévention et au traitement des maladies, en priorité infectieuses, par la recherche, l’enseignement et des actions de santé publique.

Un poste d’Ingénieur bio-informaticien est à pourvoir à l’Institut Pasteur à Paris, dans le cadre d'un programme de recherche collaboratif public-privé. Le projet consiste à développer des stratégies et des outils bio-informatiques pour la détection d’agents pathogènes par des technologies de séquençage à très haut débit (NGS). Il s’agit d’un programme pluridisciplinaire, mené par deux équipes de l’Institut Pasteur (plate-forme de Génotypage des Pathogènes et Santé Publique et plate-forme de Bioanalyse Génomique), en partenariat avec un partenaire privé et le Genoscope).

Caractéristiques du poste : CDD de 12 mois – Paris.

Activité :

Vous serez chargé(e) de poursuivre la conception d’un environnement d'analyse de données issues du séquençage à très haut débit. Vous finaliserez l'intégration des outils d'analyse bio-informatique développés par les partenaires du projet dans le système de gestion de « workflow » Galaxy. La mission principale aura pour objectif la conception d’une interface web permettant de consulter les analyses déjà effectuées, les résultats obtenus sur les échantillons traités mais aussi de lancer de nouvelles analyses bio-informatiques. Cette interface sera en communication avec les bases de données pour la gestion des analyses et l’interprétation des résultats ; ces bases de données existent déjà, mais il faudra les pérenniser et éventuellement les adapter. La quantité de données à traiter ne cessant de croître, un important travail d'optimisation sera à réaliser. Cela concernera le choix et l’amélioration des méthodes d’analyse, mais aussi leur intégration dans des environnements informatique s de calcul intensif.

Profil : Diplôme d’ingénieur / Master 2 en bio-informatique, ou informatique complété par une expérience en biologie.

Compétences:

- Maîtrise indispensable de la programmation, notamment connaissance des langages de scripts (Python de préférence) et de la programmation d’interfaces web, - Maîtrise des bases de données relationnelles (My/PgSQL), - Connaissance des systèmes de gestion de « workflow », si possible Galaxy, - Maîtrise de l'environnement UNIX et des systèmes de gestion de versions (SVN / Hg ou Git), - Constituerait un plus : une première expérience d’utilisation de frameworks web tels que Django, Symfony ou Play, - Expérience dans le domaine du traitement des données NGS appréciée, - Aptitude au travail en équipe multidisciplinaire, - Anglais : lu et écrit.

-------------------------------------- Merci d’envoyer CV + lettre de motivation S/ ref : 12255LN à recrutement@pasteur.fr ou Institut Pasteur, le Département Recrutement, Formation et Développement des Compétences, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris cedex 15.

-- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo

-- <http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/