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Dave C
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From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr>
Date: 2013/1/10
Subject: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage
(NGS)
To: bioinfo(a)sfbi.fr
CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage
(NGS)
Poste : CDD. 1 an renouvelable jusqu'à 3 ans
Localisation : Gif-sur-Yvette, France
Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS
Contacts :
Johann Joets joets(a)moulon.inra.fr
Paul Leadley paul.leadley(a)u-psud.fr
Description du poste :
Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau
de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un
bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS).
Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la
capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable
d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL,
SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques.
Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les
génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat
retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes
bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire
la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les
résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques
représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés
dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté
assurera la formation des utilisateurs.
Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes (
http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinf...)
qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une
forte experience en analyse des NGS, le bioinformaticien bénéficiera
également de collaborations avec les plateformes de bioinformatique d’Ile
de France (Aplibio
http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/,) du projet
européen Transplant (
http://transplantdb.eu) et du programme Investissement
d’Avenir AMAIZING (
http://www.amaizing.fr/)
Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl)
et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Une expérience
avec les données de NGS serait appréciée bien que non requise.
Le poste est ouvert pour un an renouvelable deux fois (total de trois ans)
Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux
références à joets(a)moulon.inra.fr
INRA - UMR de Genetique Vegetale
Ferme du Moulon
91190 Gif-sur-Yvette - France
tel 33169332378
--
http://www.sfbi.fr
Archives :
http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
<
http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/
http://getgalaxy.org/
http://usegalaxy.org/
http://wiki.galaxyproject.org/