Bonjour à toutes et à tous.
Je m'appelle Christophe Antoniewski.
Je suis Directeur de Recherche au CNRS et je suis responsable du groupe
"Génétique et Epigénétique de la Drosophile" dans l'UMR7622 (Laboratoire de
Biologie du Développement) situé sur le quai Saint-Bernard, Université
Paris 6 Pierre & Marie Curie. Nous étudions la biogenèse et les fonctions
des petits ARN: siRNA, miRNA et piRNA. Dans ce contexte, nous avons
participé au développement des premiers séquenceurs Illumina à l'Institut
Pasteur (2008), et nous avons été tôt confrontés à la difficulté d'intégrer
les compétences des biologistes et des informaticiens pour parvenir à des
analyses pertinentes.
Nous avons commencé à évaluer Galaxy pendant l'été 2010, en local, puis sur
le cloud Amazon après la parution de l'article décrivant le système
Cloudman. Nous utilisons Galaxy en configuration de production depuis notre
arrivée à l'Université Pierre et Marie Curie, en janvier 2012.
A l'heure actuelle, nous travaillons également avec trois instances.
- Un serveur local de développement installé sous MacOS
- Un serveur distant installé sur le Cloud Amazon, également destiné à
tester l'analyse en environnement déporté
- Un serveur de production sous Ubuntu, accessible depuis
http://drosophile.org (onglet Galaxy). Cet accès est soumis à une demande
de credentials, pour gérer la charge de la machine. Mais je souhaite
vivement améliorer notre infrastructure (en local ou en cloud) pour que
l'instance soit ouverte sans aucune restriction.
Nous utilisons Galaxy pour analyser les données de small RNAseq. A cet
effet, nous avons développé un portefeuille d'outils et de workflows
(Mississipi tools) disponibles pour tous les utilisateurs de l'instance. Ce
portefeuille inclus des procédures d'établissement de cartes, d'annotation
génomique des petits ARNs, d'analyse statistique de "signatures" (par
exemple la signature ping-pong des piRNA) et enfin d'analyse statistique
pour profiling (encapsulation de packages R pour unrooted clustering,
DESeq, tests de fisher, etc...)
Nous n'utilisons pas encore ToolShed pour partager les outils, par manque
de temps pour implémenter le "feature", mais nous souhaitons trouver du
temps pour le faire !
Nos moyens en temps et personnels étant limités, notre priorité est
d'améliorer nos outils d'analyses des petits ARN et de travailler à
l'implementation de Trackster car nous pensons que ce génome browser
intégré à Galaxy est une excellente opportunité pour améliorer le travail
de recherche en collaboration.
Je suis partisan de l'open source - open science, et je pense que ce
modèle, pas toujours partagé, peux faire avancer la recherche plus
rapidement.
Il me semble que la recherche en biologie et en médecine est aujourd'hui
sérieusement freinée à cause de la difficulté de communication entre les
biologistes et les informaticiens. Comme Alban, je crois que Galaxy
représente une belle opportunité (parmi d'autres) pour partager
savoir-faire et connaissances, pour le bénéfice de tous.
Il m'arrive d'intervenir sur la liste galaxy-dev (christophe -
drosofff(a)gmail.com), et je me demande déjà si discuter de Galaxy en
français ce n'est pas se couper un peu d'une source majeure de solutions.
Mais, je suis un bavard invétéré et tous les moyens pour chatter à propos
de bio, de médecine, de codes, de projets collaboratifs, sont bons...
Christophe
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Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics
Laboratoire de Biolologie du Développement
9, Quai St Bernard, Boîte courrier 24
75252 Paris Cedex 05
Tel +33 1 44 27 34 39
Fax +33 1 44 27 34 45
Mobile +33 6 68 60 51 50
http://drosophile.org