Hello all,
Forwarding from the SFBI list.
And, by the way, there is a lot going on in France this fall, starting with
ECCB on Saturday:
https://wiki.galaxyproject.org/Events
Dave C
---------- Forwarded message ----------
From: Claire Hoede <Claire.Hoede(a)toulouse.inra.fr>
Date: 2014-09-05 1:28 GMT-07:00
Subject: [bioinfo] Prochains cycles d'apprentissage organisés par la
plateforme Bioinfo Genotoul et l'équipe Sigenae.
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Chers collègues,
(Désolée pour les éventuels doublons.)
La plateforme bioinfo Genotoul organise en collaboration avec l'équipe
Sigenae plusieurs cycles d'apprentissage cet automne.
Du 3 au 6 novembre 2014 : *Galaxy training days* : 4 jours indivisibles de
formation aux traitements de données des séquenceurs haut débit sous
environnement Galaxy.
Après une initiation à l’environnement Galaxy, cette formation vous
permettra d'effectuer un alignement de séquences, la recherche de
polymorphisme et l'analyse de données RNA-Seq sous environnement Galaxy. Ce
cycle ne nécessite aucune connaissance préalable en ligne de commande.
Du 1er au 3 décembre : *RNA-Seq de novo assembly* : 2 jours et demi
indivisibles consacrés à l'assemblage de novo des données de transcriptome
de novo obtenues grâce aux nouvelles technologies de séquençage.
Vous apprendrez comment vérifier la qualité des données et pré-traiter les
lectures en conséquences, comment fonctionne un assembleur et comment
l'utiliser sur ce type de données. Enfin, ce stage vous donnera des clefs
pour appréhender la qualité d'un assemblage et choisir le meilleur.
Du 8 au 10 décembre : *Phylogénie et évolution de séquences* : 3 journées
divisibles constituées de 4 modules indépendants.
Module 1 (8 déc.) : Initiation à l'alignement de séquences et à la
phylogénie. Aucun pré-requis n'est nécessaire. Public visé : biologistes et
bioinformaticiens souhaitant s'initier à l'analyse phylogénétique.
Module 2 (9 déc.) : Présentation est mise en œuvre de différentes méthodes
de construction d'arbres phylogénétiques. Public visé : biologistes avertis
en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse
phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de
séquences.
Module 3 (10 déc. au matin) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de
phylogénomique. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et
bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis
: Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les
principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres
phylogénétiques.
Module 4 (10 déc. après-midi) : Présentation et mise en œuvre de méthodes
de détection de pression de sélection. Public visé : biologistes avertis en
ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse
phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de
séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de
constructions d'arbres phylogénétiques.
Ces formations sont organisées sur le site de l'INRA de Toulouse Auzeville.
Toutes les informations sont sur notre site web :
http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10
Les tarifs sont disponibles ici :
http://bioinfo.genotoul.fr/
index.php?id=115
Cordialement,
Claire Hoede
--
Claire Hoede
INRA, MIAT & PF GenoToul Bioinfo
24 Chemin de Borde Rouge - Auzeville
CS 52 627
31326 Castanet Tolosan cedex
Tel : 33 (0) 5 61 28 53 05
email :Claire.Hoede@toulouse.inra.fr
web :http://bioinfo.genotoul.fr
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