Hello all,
Forwarding from the SFBI list.
And, by the way, there is a lot going on in France this fall, starting with ECCB on Saturday:
https://wiki.galaxyproject.org/Events
Dave C
---------- Forwarded message ---------- From: Claire Hoede Claire.Hoede@toulouse.inra.fr Date: 2014-09-05 1:28 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Prochains cycles d'apprentissage organisés par la plateforme Bioinfo Genotoul et l'équipe Sigenae. To: bioinfo@sfbi.fr
Chers collègues,
(Désolée pour les éventuels doublons.)
La plateforme bioinfo Genotoul organise en collaboration avec l'équipe Sigenae plusieurs cycles d'apprentissage cet automne.
Du 3 au 6 novembre 2014 : *Galaxy training days* : 4 jours indivisibles de formation aux traitements de données des séquenceurs haut débit sous environnement Galaxy.
Après une initiation à l’environnement Galaxy, cette formation vous permettra d'effectuer un alignement de séquences, la recherche de polymorphisme et l'analyse de données RNA-Seq sous environnement Galaxy. Ce cycle ne nécessite aucune connaissance préalable en ligne de commande.
Du 1er au 3 décembre : *RNA-Seq de novo assembly* : 2 jours et demi indivisibles consacrés à l'assemblage de novo des données de transcriptome de novo obtenues grâce aux nouvelles technologies de séquençage.
Vous apprendrez comment vérifier la qualité des données et pré-traiter les lectures en conséquences, comment fonctionne un assembleur et comment l'utiliser sur ce type de données. Enfin, ce stage vous donnera des clefs pour appréhender la qualité d'un assemblage et choisir le meilleur.
Du 8 au 10 décembre : *Phylogénie et évolution de séquences* : 3 journées divisibles constituées de 4 modules indépendants.
Module 1 (8 déc.) : Initiation à l'alignement de séquences et à la phylogénie. Aucun pré-requis n'est nécessaire. Public visé : biologistes et bioinformaticiens souhaitant s'initier à l'analyse phylogénétique. Module 2 (9 déc.) : Présentation est mise en œuvre de différentes méthodes de construction d'arbres phylogénétiques. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences. Module 3 (10 déc. au matin) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de phylogénomique. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres phylogénétiques. Module 4 (10 déc. après-midi) : Présentation et mise en œuvre de méthodes de détection de pression de sélection. Public visé : biologistes avertis en ligne de commandes et bioinformaticiens souhaitant découvrir l'analyse phylogénétique. Pré-requis : Savoir générer et interpréter un alignement de séquences, connaître les principaux modèles évolutifs et les méthodes de constructions d'arbres phylogénétiques.
Ces formations sont organisées sur le site de l'INRA de Toulouse Auzeville. Toutes les informations sont sur notre site web : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php?id=10 Les tarifs sont disponibles ici : http://bioinfo.genotoul.fr/ index.php?id=115
Cordialement,
Claire Hoede