Dear all, I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, galaxy version 2.7.1) from working with GTF annotation files: The pre-processing step that converts gtf to the genepred format needs two extra parameters (marked red): gtfToGenePred -genePredExt -geneNameAsName2 'test.gtf' refFlat.tab.raw The format of my GTF is: Seqname Source Feature Start End Score Strand Frame Attributes 3R FlyBase gene 722370 722621 . - . gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene"; I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl) How's the best way to make this type of thing known...? Cheers, Christopher -- *Dr. Christopher Previti* Genomics and Proteomics Core Facility High Throughput Sequencing (W190) Bioinformatician German Cancer Research Center (DKFZ) Foundation under Public Law Im Neuenheimer Feld 580 69120 Heidelberg Germany Room: B2.102 (INF580/TP3) Phone: +49 6221 42-4661 christopher.previti@dkfz.de <http://www.dkfz.de/> www.dkfz.de <http://www.dkfz.de/> Management Board: Prof. Dr. Michael Baumann, Prof. Dr. Josef Puchta VAT-ID No.: DE143293537 Vertraulichkeitshinweis: Diese Nachricht ist ausschließlich für die Personen bestimmt, an die sie adressiert ist. Sie kann vertrauliche und/oder nur für den/die Empfänger bestimmte Informationen enthalten. Sollten Sie nicht der bestimmungsgemäße Empfänger sein, kontaktieren Sie bitte den Absender und löschen Sie die Mitteilung. Jegliche unbefugte Verwendung der Informationen in dieser Nachricht ist untersagt.