29 Jan
2019
29 Jan
'19
11:21 a.m.
Dear all,
I just fixed a bug that prevented CollectRNAmetrics (a Picard-Tool, galaxy version 2.7.1) from working with GTF annotation files:
The pre-processing step that converts gtf to the genepred format needs two extra parameters (marked red):
gtfToGenePred -genePredExt -geneNameAsName2 'test.gtf' refFlat.tab.raw
The format of my GTF is:
Seqname Source Feature Start End Score Strand Frame Attributes 3R FlyBase gene 722370 722621 . - . gene_id "FBgn0085804"; gene_name "CR41571"; gene_source "FlyBase"; gene_biotype "pseudogene";
I'm assuming this is the "standard" GTF format (according to ensembl)
How's the best way to make this type of thing known...?
Cheers, Christopher
--
*Dr. Christopher Previti*
Genomics and Proteomics Core Facility
High Throughput Sequencing (W190)
Bioinformatician
German Cancer Research Center (DKFZ)
Foundation under Public Law
Im Neuenheimer Feld 580
69120 Heidelberg
Germany
Room: B2.102 (INF580/TP3)
Phone: +49 6221 42-4661
christopher.previti@dkfz.de http://www.dkfz.de/
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