Galaxy + NetCDF datatype support?
Goodday, I am experimenting with the Galaxy tool and adding a module itself is no problem. Furthermore there are a lot of datatypes supported (FASTA etc.), but it seems NetCDF is not yet 'supported'. So I found out that you can add your own datatype ( http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/AddingDatatypes ), but before doing that, I was wondering how to support reading the NetCDF datatype - especially for mass spectrometry data? Or is there another datatype which I can use to read mass spectrometry NetCDF's in Galaxy? Thanks in advance and with kind regards, Tjeerd Abma Scientific programmer/Bioinformatician UMCU Metabolomics Centre Dept. Metabolic and Endocrine Diseases Wilhelmina Childrens Hospital, UMC Utrecht T: 088-7554330 E: t.w.abma@umcutrecht.nl http://www.metabolomics-utrecht.nl ------------------------------------------------------------------------------ De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197. Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt. ------------------------------------------------------------------------------ This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197. Please consider the environment before printing this e-mail.
Dear Tjeerd: The Galaxy Team itself never really dealt with MS datatypes, so you may be the first one ;). Let us know if you have problems. anton galaxy team On Jan 21, 2010, at 5:36 AM, Abma, T.W. wrote:
Goodday,
I am experimenting with the Galaxy tool and adding a module itself is no problem. Furthermore there are a lot of datatypes supported (FASTA etc.), but it seems NetCDF is not yet 'supported'. So I found out that you can add your own datatype ( http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-central/wiki/AddingDatatypes ), but before doing that, I was wondering how to support reading the NetCDF datatype - especially for mass spectrometry data?
Or is there another datatype which I can use to read mass spectrometry NetCDF's in Galaxy?
Thanks in advance and with kind regards,
Tjeerd Abma
Scientific programmer/Bioinformatician UMCU Metabolomics Centre Dept. Metabolic and Endocrine Diseases Wilhelmina Childrens Hospital, UMC Utrecht T: 088-7554330 E: t.w.abma@umcutrecht.nl
http://www.metabolomics-utrecht.nl
------------------------------------------------------------------------------
De informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is uitsluitend bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht ontvangt, wordt u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct te informeren door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch Centrum Utrecht is een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de W.H.W. (Wet Hoger Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd bij de Kamer van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
Denk s.v.p aan het milieu voor u deze e-mail afdrukt.
------------------------------------------------------------------------------
This message may contain confidential information and is intended exclusively for the addressee. If you receive this message unintentionally, please do not use the contents but notify the sender immediately by return e-mail. University Medical Center Utrecht is a legal person by public law and is registered at the Chamber of Commerce for Midden-Nederland under no. 30244197.
Please consider the environment before printing this e-mail.
_______________________________________________ galaxy-dev mailing list galaxy-dev@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-dev
Anton Nekrutenko http://nekrut.bx.psu.edu http://usegalaxy.org
participants (2)
-
Abma, T.W. -
Anton Nekrutenko