Bonjour Thierry,
D’après la doc de BWA, une valeur de -1 pour la taille de seed ne transforme pas l’alignement local en global..
Pour avoir l’équivalent d’un alignement global, il faudrait que tu mettes -l <readSize> en adaptant le nombre de mismatches autorisés dans ta seed (qui fait maintenant l’intégralité de ton read). Je mettrais donc l’option -k 5 (par ex.)
even though the difference is marginal.
Ce n’est pas vraiment étonnant étant donné la qualité des séquences brutes..
++,
Alban
-- Alban Lermine Unité 900: INSERM - Mines ParisTech - Institut Curie " Bioinformatics and Computational Systems Biology of Cancer" 11-13 rue Pierre et Marie Curie (1er étage) - 75005 Paris - France Tel: +33 (0) 1 56 24 69 84
Le 18 févr. 2014 à 17:39, Thierry Grange thierry.grange@univ-paris-diderot.fr a écrit :
Bonjour à tous
I would like to disable seeding when doing a sequence mapping using bwa. Apparently, this is commonly performed using the aln –l option set at a value higher than the read length, and is often set at values above 1000. In Galaxy, the default option is -1 for this parameter, and it is indicated that -1 corresponds to infinity. Does that mean that seeding can be disabled using -1, and that it is disabled by default on Galaxy? I don’t obtain exactly the same thing using -1 or 16000 for this parameter, even though the difference is marginal.
Thanks for your insights
Thierry Institut Jacques MONOD Paris
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