Hello all, Cross-posting from SFBI. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: <olivier.inizan@inra.fr> Date: 2017-03-20 12:13 GMT-07:00 Subject: [bioinfo] Formation détection et annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryote To: bioinfo@sfbi.fr Bonjour à tous, L’URGI (Unité de Recherche en Génomique-Info) organise une formation sur la "détection et l'annotation des éléments transposables dans les génomes eucaryotes", du 6 au 9 juin 2017, sur le site de l'INRA de Versailles. Objectifs : 1. Acquérir des connaissances sur les éléments transposables. 2. Réaliser l’annotation des éléments transposables dans un génome en utilisant les pipelines REPET. 3. Pouvoir être autonome sur ces propres données. Programme : Partie 1 : REPET-Lite - Introduction générale sur les éléments transposables - Présentation des pipelines REPET et des différentes stratégies d’annotation - Présentation et utilisation de l’environnement Galaxy - TP : lancement de REPET-Lite sous Galaxy : paramètrage, analyse des résultats, masquage des répétitions dans un génome, ... Partie 2 : Curation manuelle des éléments transposables - Présentation des différentes démarches possibles pour la curation - TP "curation manuelle" : lancement des outils sous Galaxy, analyse des résultats, visualisation des données sous IGV, ... La journée du 9 juin est optionnelle : nous proposons aux participants qui le souhaitent d’analyser leurs propres données. Nous les accueillerons à l'URGI où ils pourront travailler de façon autonome sur leur machine, avec un support en cas de problème. Public​ : Cette formation ne nécessite pas de pré-requis. Elle est ouverte à la fois aux biologistes et aux bioinformaticiens. La formation est gratuite; le nombre de place est limité (10 max). Les inscriptions se font directement par mail auprès de : nathalie.choisne@inra.fr "ET" olivier.inizan@inra.fr Lors de votre inscription, veuillez préciser si vous êtes intéressés par la journée du 9 juin. Dans ce cas, vous recevrez un questionnaire qui nous permettra d’évaluer la faisabilité de vos analyses. ​Bien cordialement, Nathalie et Olivier -- ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ Pour plus de lisibilité des offres d'emploi, merci de les poster en priorité sur le site de la SFBI. Elles seront ainsi présentes sur le site et la liste ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ http://www.sfbi.fr Abonnements et archives : http://listes.sfbi.fr/wws/info/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ https://wiki.galaxyproject.org/