Le 03/09/2012 11:35, Olivier Inizan a écrit :
Bonjour à tous,
Je m'appelle Olivier Inizan et je travaille à l'Unité de Recherche en génomique info de l'INRA de Versailles (http://urgi.versailles.inra.fr/) où je m'occupe des aspects développement logiciel liés aux chaînes de bioanalyse (pipelines & workflows).
Nous disposons actuellement de deux type d'instances Galaxy:
-Un serveur de production avec des accès publics et des accès privés (http://urgi.versailles.inra.fr/galaxy) -Des instances locales de développement
Nous avons débuté le développement en 2010 avec l'intégration d'un pipeline de détection de SNP et d'indels (MAPHITS: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/MAPHiTS).
Une boîte à outils dédiée à l'analyse de données RNA-Seq à également été intégrée (S-MART: http://urgi.versailles.inra.fr/Tools/S-Mart).
Nous travaillons actuellement, dans le cadre du projet AppliBio, et en collaboration avec d'autre plateforme d'Ile de france, à la mise au point de divers pipelines (analyse d'expression différentielle, détection de petits ARN).
Nous envisageons également la mise à disposition dans le ToolShed de ces outils, mais actuellement le temps nous manque ...
Galaxy me parait être un outil puissant pour la mise à disposition et le partage des outils et des données. L'ambition accessibilité/reproductibilité/transparence affichée par l'équipe Galaxy, la constitution d'un environnement d'analyse intégré, le rapprochement des différents acteurs des disciplines (informatique, bioinformatique et biologie), tous ces aspects me paraissent cruciaux et à expérimenter.
Et la communauté française Galaxy est un lieu possible pour justement, expérimenter :)
A très bientôt,
Olivier
Olivier Inizan Unité de Recherche en Génomique Info INRA URGI - Bat 18 Route de Saint Cyr, 78026 Versailles oinizan@versailles.inra.fr 01 30 83 38 25
Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
Merci Olivier!