Salut Ahmed,
Je reposte ton message avec un nouvel intitulé (tu avais posté en réponse au mail de présentation de la liste):
Bonjour à tous, J'ai installé une instance galaxy qui tourne sous linux fedora 17 x86_64. Je l'ai configuré pour qu'elle utilise MySQL à la place de la base de donnée par défaut. J'utilise aussi un cluster local sous PBS/Torque. J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit servie sous apache + le module XSendFile. Cela tourne sans problème du moins pour uploader les fichier et lancer les jobs. il n'y a aucune erreur pour le lancerment des jobs et les fichiers résultats sont accessibles dans la path files/000/data... Cependant je n'arrive pas à télécharger les fichers visibles sous l'historique de galaxy, j'obtiens toujours des fichiers 0 bytes. Aussi le preview est possible mais pas le full display. Sachant que j'ai activé le module XSendFile à la fois dans httpd.conf et dans universe.ini .
J'ai cherché dans les différents log le seul hic que je vois c'est un conflit, le suivant: galaxy-dist/lib/galaxy/__init__.py:79: UserWarning: Module markupsafe was already imported from /usr/lib64/python2.7/site-packages/markupsafe/__init__.pyc, but galaxy-dist/eggs/MarkupSafe-0.12-py2.7-linux-x86_64-ucs4.egg is being added to sys.path self.check_version_conflict()
quelqu'un a une idée de la source de ce problème?
Merci d'avance
Ahmed Essagir
Salut,
Nous n'avons pas installé ce module de notre côté, mais des problèmes similaires ont été reportés sur la liste galaxy-dev.
De ce que j'ai pu lire, la config du httpd.conf doit ressembler à ça: / /To enable it (module xsendfile):
/ // 1. Download, Compile, Install mod_xsendfile // http://tn123.ath.cx/mod_xsendfile/ // // 2. Make sure your apache configuration has the correct "LoadModule" for xsendfile. // // 3. In the apache's configuration relevant to galaxy, add the two directives: // XSendFile ON // and // XSendFileAllowAbove ON // // Example: // ReWriteEngine on // ReWriteRule ^/galaxy$ /galaxy/ [R] // RewriteRule ^/galaxy(.*) http://127.0.0.1:8080$1 http://127.0.0.1:8080$1/ [P] // <Location "/galaxy" > // order allow,deny // allow from all // XSendFile on // XSendFileAllowAbove on // </Location> // // // 4. In "universe_wsgi.ini", add the following parameter: // apache_xsendfile = true
Sinon voici la liste des posts concernant ce module:
/http://lists.bx.psu.edu/pipermail/galaxy-dev/2010-January/001794.html
http://lists.bx.psu.edu/pipermail/galaxy-dev/2012-June/010281.html
http://lists.bx.psu.edu/pipermail/galaxy-dev/2012-July/010501.html
Pour ma part, je pencherais pour un problème de droits (mais cela n'a pas l'air d'apparaitre dans tes logs).
En esperant que ça t'aiguille..
Peux tu faire un retour sur la liste dès que tu as résolu ton problème, cela pourrait interesser d'autres personnes.
Bonne journée,
Alban
Le 1 oct. 2012 à 10:49, Alban Lermine alermine@curie.fr a relayé :
J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit servie sous apache + le module XSendFile.
Bonjour Ahmed,
Lors d'un récent upgrade d'ubuntu (notre OS), nous avons eu un soucis avec XSendFile.
Nous avons modifié le fichier de conf d'apache pour galaxy dans la section approprié, comme suit :
<Location "/galaxy"> AuthType Basic AuthName "Galaxy Gate" AuthUserFile /etc/apache2/users require valid-user XSendFile on XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/ # Compress all uncompressed content. SetOutputFilter DEFLATE SetEnvIfNoCase Request_URI .(?:gif|jpe?g|png)$ no-gzip dont-vary SetEnvIfNoCase Request_URI .(?:t?gz|zip|bz2)$ no-gzip dont-vary # XSendFileAllowAbove on #problem with 'precise' release of ubuntu </Location>
Où j'ai laissé commenté la ligne qui causait le bug, et remplacé par XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/ , ou le path est le path absolu pour le code galaxy
Je ne suis pas certain que cela t'aide, mais en lisant en diagonale tes problèmes, ça me rappelait ce qu'on avait observé au moment de l'upgrade.
Chris
--- Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biologie du Développement – UMR7622 CNRS – Université Pierre & Marie Curie 5ème étage - pièce 517 Case 24, 9 quai Saint Bernard 75252 Paris cedex 05 France
Phone: +33 1 44 27 34 39 Fax: +33 1 44 27 34 45 Mobile: +33 6 68 60 51 50 web site http://drosophile.org
Salut, Merci Alban et Christophe, Après acharnement et arrâchage de cheveux (que je n'ai pas d'ailleurs :) ) j'ai abandoné et j'ai opté pour ne plus utilisé le module xsendfile et ça marche à merveil, en tout cas pour l'instant. tous les symtômes décrits auparavant ont disparus. Malheureusement je n'ai pas réussi à décerner où était le problème exactement, ce qui est sûr c'est que ça vient du module xsendfile.
bonne fin de journée à tous
2012/10/1 Christophe Antoniewski christophe.antoniewski@snv.jussieu.fr
Le 1 oct. 2012 à 10:49, Alban Lermine alermine@curie.fr a relayé :
J'ai aussi configué galaxy de telle façon à ce qu'elle soit servie sous apache + le module XSendFile.
Bonjour Ahmed,
Lors d'un récent upgrade d'ubuntu (notre OS), nous avons eu un soucis avec XSendFile.
Nous avons modifié le fichier de conf d'apache pour galaxy dans la section approprié, comme suit :
<Location "/galaxy"> AuthType Basic AuthName "Galaxy Gate" AuthUserFile /etc/apache2/users require valid-user XSendFile on XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/ # Compress all uncompressed content. SetOutputFilter DEFLATE SetEnvIfNoCase Request_URI .(?:gif|jpe?g|png)$ no-gzip dont-vary SetEnvIfNoCase Request_URI .(?:t?gz|zip|bz2)$ no-gzip dont-vary # XSendFileAllowAbove on #problem with 'precise' release of ubuntu
</Location>
Où j'ai laissé commenté la ligne qui causait le bug, et remplacé par XSendFilePath /home/galaxy/galaxy-dist/ , ou le path est le path absolu pour le code galaxy
Je ne suis pas certain que cela t'aide, mais en lisant en diagonale tes problèmes, ça me rappelait ce qu'on avait observé au moment de l'upgrade.
Chris
Christophe Antoniewski
Drosophila Genetics and Epigenetics Laboratoire de Biologie du Développement – UMR7622http://bio-dev.snv.jussieu.fr/umr7622/index.php?lang=an CNRS – Université Pierre & Marie Curie 5ème étage - pièce 517 Case 24, 9 quai Saint Bernard 75252 Paris cedex 05 France
Phone: +33 1 44 27 34 39 Fax: +33 1 44 27 34 45 Mobile: +33 6 68 60 51 50 web site http://drosophile.org
Galaxy-France mailing list Galaxy-France@lists.bx.psu.edu http://lists.bx.psu.edu/listinfo/galaxy-france
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