October 2013 - Galaxy-France - lists.galaxyproject.org

Fwd: [bioinfo] Galaxy Day Ouverture des inscriptions
by Dave Clements 30 Oct '13

30 Oct '13

And, also from bioinfo. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: INIZAN Olivier <oinizan(a)versailles.inra.fr> Date: 2013/10/28 Subject: [bioinfo] Galaxy Day Ouverture des inscriptions To: bioinfo(a)sfbi.fr Bonjour, Le Groupe de Travail Galaxy-IFB (http://www.ifb-galaxy.org/index.html) organise une journée d'animation autour de la plateforme Galaxy le mercredi 4 décembre à Paris (Institut Curie). Cette journée permettra à la communauté d'exposer des retours d'expériences autour de la plateforme Galaxy. Les inscriptions sont ouvertes et gratuites (limitées à 90 personnes). http://www.ifb-galaxy.org/formations_formulaire.html Un pré-programme est disponible en ligne : http://www.ifb-galaxy.org/4dec2013.html La date limite des inscriptions est le 14 novembre. Le groupe de travail IFB-Galaxy -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] CDD - Ingénieur de Recherche, Gif-sur-Yvette
by Dave Clements 30 Oct '13

30 Oct '13

Hello all, Forwarding from the bioinfo list. Dave C ---------- Forwarded message ---------- From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr> Date: 2013/10/29 Subject: [bioinfo] CDD - Ingénieur de Recherche, Gif-sur-Yvette To: bioinfo(a)sfbi.fr CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage (NGS) Poste : CDD. 2 ans renouvelable jusqu'à 3 ans Localisation : Gif-sur-Yvette, France Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS Contacts : Johann Joets. joets(a)moulon.inra.fr Description du poste : Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS). Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL, SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques. Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté assurera la formation des utilisateurs. Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une forte experience en analyse des NGS. le (la) candidat(e) devra être titulaire d'un master minimum. Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl) et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Des connaissance de base en analyse des données NGS sont demandées. Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux références à joets(a)moulon.inra.fr -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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Fwd: [bioinfo] Stage Master 2 : Développement et intégrationd’outils pour la bioanalyse dans l’environnement Galaxy
by Dave Clements 09 Oct '13

09 Oct '13

Hello all, Forwarded from bioinfo. Dave C. ---------- Forwarded message ---------- From: Emmanuelle Beyne <emmanuelle.beyne(a)inserm.fr> Date: 2013/10/8 Subject: [bioinfo] Stage Master 2 : Développement et intégrationd’outils pour la bioanalyse dans l’environnement Galaxy To: bioinfo(a)sfbi.fr Sujet : Développement et intégration d’outils pour la bioanalyse dans l’environnement Galaxy Lieu : Laboratoire de Génétique des Maladies Rares, IURC UMR_S 827 /CHU Montpellier Date : printemps – été 2014 Durée : 4-6 mois Contexte : Notre équipe a pour objectif la caractérisation moléculaire de maladies héréditaires (myopathie, mucoviscidose, dystrophinopathie, etc), au travers d'une approche intégrative incluant l'étude des causes et conséquences des mutations en relation avec les corrélations entre le génotype et le phénotype. Notre intérêt scientifique couvre les divers champs de la génétique des maladies mendéliennes : altérations de l'ADN en cause dans le phénotype ou dans la modulation de son expression, impact sur la régulation de l'ARN (notamment transcription et épissage), impact sur la fonction protéique, aspects épigénétiques et épidémiologiques (banques de données génétiques et phénotypiques). Notre matériel d'étude biologique est issu essentiellement des sujets malades et de leurs apparentés. Nous veillons à définir nos orientations de recherche en dialogue avec les équipes de diagnostic, afin de conserver un lien permanent avec la pathologie et les applications médicales potentielles. L’objectif du stage est de faciliter les analyses bio-informatiques nécessaires aux différents projets du laboratoire via l’intégration d’outils dans la plate-forme Galaxy, installée en local. Description du stage : - Développer et implémenter des outils (scripts et pipeline) pour la bioanalyse - Intégrer les outils (créés et existants) dans l’environnement Galaxy - Documenter les outils et communiquer avec les équipes de recherche Profil recherché : - Familiarité du système d’exploitation Unix/Mac OS, ligne de commande, script shell, administration système - Solides connaissances en langages de programmation Perl et/ou Python - Bon relationnel - Autonomie - Aisance en anglais écrit et oral recommandée Environnement de travail : Le/la stagiaire travaillera sur un système d'exploitation de type Mac OS. Il/elle sera encadré(e) par une ingénieure en bio-informatique du laboratoire et sera en interaction avec les différentes équipes du laboratoire. Rémunération : 436 euros. Envoi des CV et lettre de motivation, contact : Emmanuelle Beyne : emmanuelle.beyne(a)inserm.fr Emmanuelle Beyne CHRU Montpellier - INSERM IURC UMR_S 827 Laboratoire de Génétique Moléculaire 641 avenue du Doyen Gaston Giraud 34093 Montpellier -- http://www.sfbi.fr Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo -- http://galaxyproject.org/ http://getgalaxy.org/ http://usegalaxy.org/ http://wiki.galaxyproject.org/

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