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Sujet: [galaxy-user] 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013)
Training Day: Please vote!
Date : Mon, 28 Jan 2013 11:55:38 -0800
De : Dave Clements <clements(a)galaxyproject.org>
Pour : Galaxy Announcements List <galaxy-announce(a)bx.psu.edu>, Galaxy
Dev List <galaxy-dev(a)bx.psu.edu>, Galaxy User List <galaxy-user(a)bx.psu.edu>
Hello all,
A list of possible topics <http://bit.ly/gcc2013td> for the GCC2013
Training Day <http://bit.ly/gcc2013td> is now available at
http://bit.ly/gcc2013td. Please take a few minutes to review these
possibilities <http://bit.ly/gcc2013td> and *then vote for your three
favorite topics* at http://bit.ly/gcc2013tdpoll*
Your votes will determine not only the topics that are offered, but also
which topics should be offered more than once, assigned to the larger
rooms, and which ones should not be scheduled at the same time. Your
vote matters.
Once voting closes on 11 February, we will contact possible instructors
and publish a Training Day schedule before registration opens on 22
February.
*About the GCC2013 Training Day*
The 2013 Galaxy Community Conference (GCC2013)
<http://galaxyproject.org/GCC2013> will start on 30 June with a Training
Day <http://bit.ly/gcc2013td> featuring 4 parallel tracks, each with
three workshops, each of which are two hours long, for a total of twelve
sessions. There will be at least one complete track (3 consecutive
workshops) about using Galaxy for biological research, and at least one
full track on deploying and managing Galaxy instances.
As always, please let us know if you have any questions.
Thanks, and hope to see you in Oslo!
Dave Clements, on behalf of the GCC2013 Organizing Committee
* Note: You don't have to vote for exactly three topics. You can vote
for fewer topics and have each vote count for more, or you can vote for
more topics and have each vote count for less.
Links:
http://bit.ly/gcc2013td - Training Day possible topics list
http://bit.ly/gcc2013tdpoll - Vote!
http://galaxyproject.org/GCC2013 - Conference home page
http://bit.ly/gcc2013prom - help get the word out
--
http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Bonjour,
Quelques mots pour vous présenter un service que nous proposons et qui peut intéresser la communauté Galaxy. Nous ne sommes pas des spécialistes NGS mais nous avons mis en place en 2011 une infrastructure de cloud pour la Biologie, à vocation interne dans un premier temps mais que nous ouvrons maintenant à la communauté académique. Avec cette infrastructure cloud, nous avons créé des machines virtuelles prédéfinies, des appliances, dont une concerne le portail Galaxy. En 2 mots, nous avons pré-configuré un serveur Galaxy avec les logiciels standard et le stockons sous la forme d'une appliance prête à être lancée à la demande. Vous pouvez ainsi lancer très simplement votre propre portail Galaxy sous la forme d'une machine virtuelle utilisant les ressources de notre cloud (700 coeurs, 2,5 To de mémoire). Vous vous connectez sur votre portail Galaxy de la même manière qu'un autre, simplement ce portail et cette partie de nos ressources sont dédiées à vos analyses.
Pour plus d'informations, vous pouvez me contacter ou vous rendre dans la rubrique "Cloud" sur notre site web http://idee-b.ibcp.fr
Cordialement
Christophe Blanchet
plateforme Infrastructure distribué pour la Biologie
CNRS IBCP FR3302
christophe.blanchet(a)ibcp.fr
Hello all,
Cross-posting from bioinfo.
Dave C
---------- Forwarded message ----------
From: <daniel.gautheret(a)u-psud.fr>
Date: 2013/1/18
Subject: [bioinfo] Ingénieur en intégration de données NGS –Université
Paris-Sud
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Un poste d'ingénieur contractuel d'une durée de 12 à 18 mois est ouvert à
l'Université Paris-Sud dans le domaine de l'intégration de données de
séquençage à haut débit (NGS).
Mission – Dans le cadre de l'initiative France Génomique, l'ingénieur sera
responsable de l'évaluation et de l'implémentation de méthodes
bioinformatiques permettant d'intégrer des données de transcriptome à haut
débit (RNA-seq) dans le but de mettre en évidence des réseaux
d'interaction, impliquant notamment des ARN régulateurs. Le travail
s'effectuera au sein de l'une des plateformes de bioinformatique de
l'Université Paris-Sud, à l'Institut Gustave Roussy (Villejuif) ou
l'Institut de Génétique et Microbiologie (Orsay).
Diplômes et salaire – Le candidat sera diplômé de master ou d'école
d'ingénieur en bioinformatique. Nous pouvons considérer également les
candidats de niveau doctorat désireux de s'impliquer dans des projets
technologiques en bioinformatique. Le salaire est établi en fonction du
niveau d'étude et d'expérience selon la grille des ingénieurs CNRS (master:
IE, doctorant: IR).
Compétences attendues – Très bonne maîtrise du système Unix/Linux, d'un
langage de programmation (C, Java), d'un langage de scriptage (Perl ou
Python)et d'un système de gestion de bases de données (MySQL, postgreSQL).
Un bon niveau en statistiques, une connaissance des techniques d'analyse
NGS et du gestionnaire de workflow Galaxy seront des atouts importants.
Contact – Envoyer lettre et CV, à Pr. Daniel Gautheret:
daniel.gautheret(a)u-psud.fr. Laboratoire: Université Paris-Sud, IGM. Bat
400. 91405 Orsay.
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
<http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Hello all,
Saw this on Bioinfo.
Dave C
2013/1/11 <helene.reynier-legeron(a)pasteur.fr>
> Ingénieur Bio-informaticien -H/F-
>
>
> L’Institut Pasteur, fondation privée de 2500 personnes contribue à la
> prévention et au traitement des maladies, en priorité infectieuses, par la
> recherche, l’enseignement et des actions de santé publique.
>
> Un poste d’Ingénieur bio-informaticien est à pourvoir à l’Institut Pasteur
> à Paris, dans le cadre d'un programme de recherche collaboratif
> public-privé. Le projet consiste à développer des stratégies et des outils
> bio-informatiques pour la détection d’agents pathogènes par des
> technologies de séquençage à très haut débit (NGS). Il s’agit d’un
> programme pluridisciplinaire, mené par deux équipes de l’Institut Pasteur
> (plate-forme de Génotypage des Pathogènes et Santé Publique et plate-forme
> de Bioanalyse Génomique), en partenariat avec un partenaire privé et le
> Genoscope).
>
> Caractéristiques du poste : CDD de 12 mois – Paris.
>
> Activité :
>
> Vous serez chargé(e) de poursuivre la conception d’un environnement
> d'analyse de données issues du séquençage à très haut débit. Vous
> finaliserez l'intégration des outils d'analyse bio-informatique développés
> par les partenaires du projet dans le système de gestion de « workflow »
> Galaxy. La mission principale aura pour objectif la conception d’une
> interface web permettant de consulter les analyses déjà effectuées, les
> résultats obtenus sur les échantillons traités mais aussi de lancer de
> nouvelles analyses bio-informatiques. Cette interface sera en communication
> avec les bases de données pour la gestion des analyses et l’interprétation
> des résultats ; ces bases de données existent déjà, mais il faudra les
> pérenniser et éventuellement les adapter. La quantité de données à traiter
> ne cessant de croître, un important travail d'optimisation sera à réaliser.
> Cela concernera le choix et l’amélioration des méthodes d’analyse, mais
> aussi leur intégration dans des environnements informatique
> s de calcul intensif.
>
>
> Profil : Diplôme d’ingénieur / Master 2 en bio-informatique, ou
> informatique complété par une expérience en biologie.
>
> Compétences:
>
> - Maîtrise indispensable de la programmation, notamment connaissance
> des langages de scripts (Python de préférence) et de la programmation
> d’interfaces web,
> - Maîtrise des bases de données relationnelles (My/PgSQL),
> - Connaissance des systèmes de gestion de « workflow », si possible
> Galaxy,
> - Maîtrise de l'environnement UNIX et des systèmes de gestion de
> versions (SVN / Hg ou Git),
> - Constituerait un plus : une première expérience d’utilisation de
> frameworks web tels que Django, Symfony ou Play,
> - Expérience dans le domaine du traitement des données NGS appréciée,
> - Aptitude au travail en équipe multidisciplinaire,
> - Anglais : lu et écrit.
>
> --------------------------------------
> Merci d’envoyer CV + lettre de motivation S/ ref : 12255LN à
> recrutement(a)pasteur.fr ou Institut Pasteur, le Département Recrutement,
> Formation et Développement des Compétences, 28 rue du Docteur Roux, 75724
> Paris cedex 15.
>
>
> --
> http://www.sfbi.fr
> Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
>
--
<http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Hello all,
Cross posting from bioinfo list.
Dave C
---------- Forwarded message ----------
From: Johann Joets <joets(a)moulon.inra.fr>
Date: 2013/1/10
Subject: [bioinfo] CDD recherche de variants structuraux par reséquençage
(NGS)
To: bioinfo(a)sfbi.fr
CDD en bioinformatique : recherche de variants structuraux par reséquençage
(NGS)
Poste : CDD. 1 an renouvelable jusqu'à 3 ans
Localisation : Gif-sur-Yvette, France
Equipe d’accueil : UMR de Génétique Végétale, INRA-Université Paris Sud-CNRS
Contacts :
Johann Joets joets(a)moulon.inra.fr
Paul Leadley paul.leadley(a)u-psud.fr
Description du poste :
Le labEx BASC (Biodiversité, Agroécosystèmes, Société, Climat), un réseau
de 13 laboratoires du cluster scientifique Paris-Saclay, recherche un
bioinformaticien pour l’analyse de données de reséquençage massif (NGS).
Dans le cadre d’un projet phare destiné à comprendre et à améliorer la
capacité adaptative des agroécosystèmes, il sera crucial d’être capable
d’exploiter les relations entre les variations génétiques (SNP, INDEL,
SV,…) fonctionnelles (expression des gènes et protéines) et phénotypiques.
Dans un premier temps plusieurs génotypes de plusieurs espèces dont les
génomes sont structurellement complexes seront reséquencés. Le candidat
retenu sera en charge d’identifier et d’adapter les méthodes
bioinformatiques nécessaires à l’analyse de ces séquences pour en extraire
la variabilité génétique structurale. Il devra ensuite utiliser les
résultats pour construire les séquences core et pan-génomiques
représentatives de ces organismes. Les outils développés seront intégrés
dans la plateforme bioinformatique Galaxy et le bioinformaticien recruté
assurera la formation des utilisateurs.
Accueilli dans une équipe de bioinformatique de 7 personnes (
http://moulon.inra.fr/index.php/fr/equipestransversales/atelier-de-bioinfor…)
qui dispose d’une importante infrastructure informatique propre et d’une
forte experience en analyse des NGS, le bioinformaticien bénéficiera
également de collaborations avec les plateformes de bioinformatique d’Ile
de France (Aplibio http://www.renabi.fr/platforms/aplibio/,) du projet
européen Transplant (http://transplantdb.eu) et du programme Investissement
d’Avenir AMAIZING (http://www.amaizing.fr/)
Le poste requière une solide expertise en écriture de script (python/perl)
et de bonnes connaissances en développement de pipelines. Une expérience
avec les données de NGS serait appréciée bien que non requise.
Le poste est ouvert pour un an renouvelable deux fois (total de trois ans)
Les candidats doivent adresser un CV ainsi que les coordonnées de deux
références à joets(a)moulon.inra.fr
INRA - UMR de Genetique Vegetale
Ferme du Moulon
91190 Gif-sur-Yvette - France
tel 33169332378
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
<http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/
Hello all,
Cross-posting from bioinfo.
Bonne Année !
Dave C
PS: I hope I just wished everyone a happy New Year. :-)
---------- Forwarded message ----------
From: Claudine Medigue <cmedigue(a)genoscope.cns.fr>
Date: 2013/1/7
Subject: [bioinfo] CDD bio-informaticien en métagénomique au
CEA/IG/Genoscope
To: bioinfo(a)sfbi.fr
Poste d’ingénieur bio-informaticien en métagénomique au Laboratoire
d’Analyses
Bioinformatiques en Génomique et Métabolisme (LABGeM)
Contexte :
Le Genoscope (http://www.genoscope.cns.fr - Institut de Génomique du
Commissariat
à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives) est une grande
plateforme de réputation
internationale dans le domaine de la génomique. A l'issue des étapes de
séquençage et
d'analyse primaire de l'ADN, l'exploitation biologique des données
originales et massives
nécessite des techniques informatiques de calcul intensif et des méthodes
bioinformatiques
en constante évolution. Dans le cadre de l'Infrastructure France Génomique
(Investissements
d'Avenir, https://www.france-genomique.**org/<https://www.france-genomique.org/>),
qui vise à intégrer à l'échelon national les capacités
d'analyse du génome et de traitement bio-informatique des données à haut
débit ainsi générées,
un poste d'Ingénieur Bio-informaticien (CDD de 18 mois à 36 mois),
spécialisation métagénomique,
est à pourvoir au sein du LABGeM (CEA/IG & CNRS UMR8030).
Missions :
- Veille technologique et mise en œuvre de programmes d’assemblage de
métagénomes et
de métatranscriptomes
- Développement de workflows dédiés à l'analyse qualitative et quantitative
de metagénomes
(prédiction de gènes, comparaison de métagénomes, taxonomie) dans le cadre
de la PF
MicroScope (http://www.genoscope.cns.fr/**agc/microscope<http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope>)
et des développements réalisés au
CCRT (Centre de calcul du CEA)
- Participation au développement d'une extension de la PF MicroScope dédiée
à l'analyse de
métagénomes/métatranscriptomes s'appuyant sur une expertise interne issue
du projet SynBioWatch
(http://www.genoscope.cns.fr/**synbiowatch/<http://www.genoscope.cns.fr/synbiowatch/>
).
Compétences/connaissances :
- Langages : Java, R, PHP
- Connaissance des SGBD (Mysql, PostgreSQL) ainsi que du langage SQL et des
systèmes NoSQL (MongoDB)
- Maîtrise des systèmes Unix/Linux et des langages de scripts
- Connaissance des outils bioinformatiques utilisés pour l'analyse des
données métagénomiques
- Expérience dans le domaine de l'analyse des données en métagénomique et
métatranscriptomique.
- Connaissance des gestionnaires de workflow bioinformatiques (e.g.,
Galaxy, JBPM/Drools)
Durée du contrat : 18 à 36 mois
Candidature :
Pour postuler merci de nous faire parvenir une lettre de motivation, un CV,
des copies de vos
principales productions scientifiques ainsi que trois référents
à scruveil(a)genoscope.cns.fr, flefevre(a)genoscope.cns.fr, et
cmedigue(a)genoscope.cns.fr.
Date limite de dépôt des candidatures : 31/01/2013
--
http://www.sfbi.fr
Archives : http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo
--
<http://galaxyproject.org/wiki/GCC2012>http://galaxyproject.org/http://getgalaxy.org/http://usegalaxy.org/http://wiki.galaxyproject.org/